推薦：江舜堯

編譯：厭氧菌

編輯：馬莉

基因組學(xué)權(quán)威期刊《Genome Biology》于4月18日刊登了中國科學(xué)院昆明動物研究所吳東東與伊朗克爾曼沙希德巴霍納爾大學(xué)（Shahid Bahonar University of Kerman）Ali Esmailizadeh為共同通信作者,，題為《Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio》的研究。

在全基因組和轉(zhuǎn)錄組水平揭示阿月渾子（開心果）的適應(yīng)和馴化,。了解這種作物的環(huán)境適應(yīng)性和經(jīng)濟特征無疑將促進不同沙漠地區(qū)的種植和育種計劃,。

文章摘要

背景

阿月渾子（Pistacia vera，俗稱開心果）是世界上最重要的商業(yè)堅果作物之一。它對非生物脅迫具有良好的適應(yīng)性,，并且耐受干旱和鹽脅迫,。

結(jié)果

在本研究中，作者提供了開心果的從頭測序基因組草圖以及大規(guī)模的基因組重新測序,。比較基因組分析顯示,，開心果的應(yīng)激適應(yīng)可能歸因于擴大的細胞色素P450和幾丁質(zhì)酶基因家族。尤其需要指出的是,，比較轉(zhuǎn)錄組分析表明,，茉莉酸（JA）生物合成途徑在開心果的耐鹽性中起到了重要作用。此外,，作者重新測序了93個品種和14個野生P.rara基因組以及35個密切相關(guān)的野生黃連木基因組,，以提供對種群結(jié)構(gòu)、遺傳多樣性和馴化的見解,。作者發(fā)現(xiàn)在不同的野生黃連木種間發(fā)生了頻繁的遺傳混合,。比較群體基因組分析顯示，開心果在大約8000年前被馴化,。與樹木和種子大小相關(guān)的馴化關(guān)鍵基因經(jīng)歷了人工選擇,。

結(jié)論

此項研究提供了對開心果局部適應(yīng)和馴化遺傳基礎(chǔ)的深入了解。黃連木基因組序列有助于將來對于沙漠作物的農(nóng)藝學(xué)遺傳基礎(chǔ)和環(huán)境相關(guān)性狀的研究,。

文中主要圖片說明

圖1 | 開心果基因組進化,。

圖2 | 鹽處理下開心果的轉(zhuǎn)綠組分析。

圖3 | 由TreeMix程序檢測到的不同野生種間的基因滲入信號,。

圖4 | 野生和馴化心果的系統(tǒng)發(fā)育分析,。

圖5 | 開心果樹大小的人工選擇。