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科研 | Nature Communications:真菌細菌群落多樣性及復雜性預測生態(tài)系統(tǒng)功能

 微生態(tài) 2021-04-13

編譯:,,編輯:小菌菌,、江舜堯,。

原創(chuàng)微文,,歡迎轉發(fā)轉載。

導讀

土壤微生物高度多樣化,占地球生物多樣性的四分之一,,目前尚不清楚復雜的微生物群落如何影響生態(tài)系統(tǒng)功能,。微生物群落功能多樣性的意義在于:不同的微生物類群解釋了不同的生態(tài)系統(tǒng)功能。近年來,,微生物共生分析表明微生物群落形成復雜的微生物網絡,,并通過競爭、相互促進和抑制等過程直接或間接地相互聯(lián)系,,微生物群落復雜性的變化,,在生態(tài)系統(tǒng)功能中可能發(fā)揮了重要作用作者做出以下假設:

  微生物群落豐富度和網絡復雜性促進生態(tài)系統(tǒng)的多功能性,。
  復雜多樣的微生物群落直接或間接的解釋了給定的生態(tài)系統(tǒng)功能,,并存在功能冗余。
  微生物豐富度越高,,多樣性越高,,并支持更多的生態(tài)系統(tǒng)功能,因而存在功能微生物唯一性與生態(tài)系統(tǒng)功能多樣性的線性關系,。
作者利用微宇宙實驗模擬草地生態(tài)系統(tǒng),,發(fā)現(xiàn)微生物多樣性及復雜性正積極地影響生態(tài)系統(tǒng)功能與養(yǎng)分循環(huán)。研究結果表明,,真菌和細菌群落內部及二者之間的微生物相互作用對于提高生態(tài)系統(tǒng)功能具有重要意義,,復雜的微生物網絡有助于提高生態(tài)系統(tǒng)功能多樣性。此外,,不同的微生物支持不同的功能,,說明微生物群落多樣性的消失可能會損害生態(tài)系統(tǒng)功能。

論文ID

原名:Fungal-bacterial diversity and microbiome complexity predict ecosystem functioning

譯名:真菌細菌群落多樣性及復雜性預測生態(tài)系統(tǒng)功能

期刊:Nature Communications

IF:11.878

發(fā)表時間:2019.10

通訊作者:Marcel van der Heijden

作者單位:瑞士蘇黎世大學物與微生物學系

實驗設計

微宇宙:將來自草地的土壤通過一系列不同篩孔尺寸(5,、0.25,、0.05,、0.025、0.01mm或無菌)過篩,,未通過篩網的土壤經高壓滅菌后,,與通過篩網的土壤混合,從而建立土壤微生物群落梯度,,空氣和水過濾(0.2μm)后添加,,避免污染。微宇宙種植了牧草,,豆科植物及五種代表瑞士草原群落的雜草,,種子2.5%次氯酸鈉表面消毒。微宇宙保持平均溫度25°C,,土壤含水量在10-25%范圍,,并通過控制光照模擬晝夜交替。
生態(tài)系統(tǒng)功能:測定凋落物降解,、N2O排放,、N和P淋失及植物營養(yǎng)元素吸收量等指標對生態(tài)系統(tǒng)功能進行量化。具體包括在12周和24周后收集每種植物的現(xiàn)存生物量,,評估植物對氮和磷的吸收,。對植物材料進行研磨,元素分析儀及鉬藍比色法測定氮磷含量,。自動N2O分析儀測量N2O通量,,為期10分鐘,每天3次,。培養(yǎng)結束之前,,將微宇宙澆水至飽和以上,收集滲濾液,,測定滲濾液中P(有機,、無機P)和N(NH4+和NO3-)的濃度。黑麥草嫩枝消毒并24周后回收的凋落物質量百分比,,計算凋落物分解率,。
微生物組成及微生物網絡解析:利用16s及ITS擴增子測序,并使用Qiime進行序列去噪,、聚類合并OUT,。使用R包“spieeasi”構建細菌、真菌微生物網絡,,并計算網絡復雜度等多種指標,,并進行回歸分析對微生物物種分類單元與生態(tài)系統(tǒng)功能進行擬合,從而實現(xiàn)對生態(tài)系統(tǒng)功能的預測,。進一步解析微生物物種,、互作及多樣性信息,,研究真菌細菌多樣性、復雜性與生態(tài)系統(tǒng)功能多樣性之間的關系,。

結果

微生物網絡復雜性與生態(tài)系統(tǒng)功能

沿著多樣性梯度過濾土壤有機體對于微宇宙中微生物群落豐富度和復雜性的降低具有明顯效果,,土壤微生物網絡復雜度呈下降趨勢。在構建多樣性梯度下,,篩選土壤微生物在5mm孔徑過濾下,,微生物網絡復雜度豐富度及相互作用最高,而在滅菌處理中微生物豐富度及相互作用最低,。此外真菌和細菌豐富度也與生態(tài)系統(tǒng)功能多樣性呈正相關,。低多樣性下,植物降解凋落物及養(yǎng)分吸收能力均下降,;高多樣性下,,N2O排放、P淋失增加,,生態(tài)系統(tǒng)功能受到損害,。植物對養(yǎng)分的吸收隨微生物群落豐富度和復雜性的降低而增加,。

圖1多樣性梯度簡化的微生物群落與生態(tài)系統(tǒng)功能,。土壤經不同尺寸:<5;<0.25,;<0.05,,<0.025,<0.001mm的網孔,,或加入滅菌的土壤,,建立多樣性梯度。(a)細菌真菌豐富度(b)細菌真菌相互作用關系(c)生態(tài)系統(tǒng)功能的差異,。

2 微生物群落功能多樣性

作者發(fā)現(xiàn)27.1%的細菌分類群和44.9%的真菌分類群至少維持一種生態(tài)系統(tǒng)功能(具有與增加植物養(yǎng)分吸收和凋落物分解或減少養(yǎng)分損失相關的指標),。14.4%的細菌和19.2%的真菌與功能呈現(xiàn)負相關的關系。細菌真菌豐富度越高,,功能性物種越多,。此外,細菌和真菌豐富度與微生物群落功能特異性相關,,表明支持不同功能的微生物豐富度越高,,維系的生態(tài)系統(tǒng)功能也相對較多。作者認為生態(tài)功能多樣性當支持某一功能的分類群增加時,,功能多樣性也隨之增加,。此外,通過增加真菌和細菌的豐富度,,由于支持某一功能的分類群數(shù)量的增加,,支持了更大的功能多樣性,,從而支持了真菌和細菌群落中的功能唯一性。這些結果表明,,土壤微生物群落多樣性十分關鍵,,更為豐富和多樣的微生物群落提供了更多的功能可能性

圖2微生物與功能性多樣性的關系,。豐富度與(a)物種多樣性(b)功能微生物豐度(c)功能特定性(d)微生物功能的關系,。功能多樣性與(e)功能物種豐度(f)特定功能的關系。

3 微生物群落的功能復雜性

通過網絡分析,,作者利用“功能復雜性”指數(shù),,即微生物之間的關系的緊密程度,發(fā)現(xiàn)功能復雜性隨著微生物多樣性的降低而降低,,微生物網絡復雜性與功能多樣性性呈正相關,。考慮到支持大多數(shù)功能的類群之間的網絡復雜性時,,發(fā)現(xiàn)功能多樣性與支持大多數(shù)功能類群的網絡復雜性具有極強的相互關系,。大多數(shù)情況下,功能多樣性與微生物多樣性密切相關,,但同時考慮真菌和細菌群落的指數(shù)更能預測土壤的功能性多樣,,這說明真菌和細菌群落二者互相作用對于支持生態(tài)系統(tǒng)功能多樣性的重要意義。

圖3(a)網絡復雜性與功能多樣性的關系,;系統(tǒng)功能多樣性與微生物復雜性(b)及功能復雜性(c)的關系,。


討論


土壤中含有大量微生物,目前對于微生物群落組成,、網絡關聯(lián)模式和復雜性的構建機制等研究不斷深入,。然而,未來的研究中迫切需要超越對微生物群落組成的簡單描述,,深入研究微生物組成的功能及微生物網絡結構的變化,,以及從各種土壤生態(tài)系統(tǒng)中微生物共生模式的理解轉向微生物網絡結構的差異對微生物及生態(tài)系統(tǒng)的功能研究十分重要。
作者將微生物網絡復雜性與生態(tài)系統(tǒng)多功能性聯(lián)系發(fā)現(xiàn)物種分類學的豐富性是驅動功能多樣性的一個重要特征,。通過考慮各種微生物群落特征,,可以更好地理解微生物群落及其物種豐富度對生態(tài)系統(tǒng)功能的影響,這些特征可能包括:
功能冗余,,即支持共同功能的分類單元數(shù)量不斷增加
支持不同功能的微生物群落多樣性
持不同功能的微生物群落復雜性,。
更為豐富的微生物群進而支持:
更大的功能冗余以保護單個功能
更大的功能多樣性以同時支持多個功能。
土壤微生物群落多樣性,、復雜性越高,,在多種生態(tài)系統(tǒng)功能中發(fā)揮的作用也就越大這些微生物在很大程度上與不同的生態(tài)系統(tǒng)功能相關,。因此維持更高的微生物分類群豐富度對于支持更大的功能冗余和多樣性至關重要,,以解釋為什么需要更大的生物多樣性來維持更大的功能,。
此外,作者同時考慮真菌和細菌可以提高我們預測土壤多功能性的能力,,通過結合真菌和細菌群落對其功能關聯(lián)的結果發(fā)現(xiàn),,更大的微生物豐富度也提供了更大的微生物群落關聯(lián)復雜度,從而同時支持生態(tài)系統(tǒng)功能多樣性,。同時微生物之間存在代謝勞動分工,,從而導致具有獨特生理特性的微生物之間的互補性,例如真菌和細菌之間的互補性,,這說明了微生物界間的聯(lián)系作為生態(tài)系統(tǒng)功能驅動力的重要性,,這種看不見的協(xié)同作用對于土壤微生物的功能可能比以前認為的更為廣泛和生態(tài)上更為重要。

在自然界中,,土壤生態(tài)系統(tǒng)是高度異質的,,空間異質性可能對微生物之間的相互作用以及更復雜多樣的群落在小空間尺度上驅動各種養(yǎng)分循環(huán)過程的機制起著重要作用。因此使用具有相對均質土壤環(huán)境的模型系統(tǒng)的方法可能低估了土壤微生物多樣性的復雜性及其在支持生態(tài)系統(tǒng)功能中的作用,,未來需要在原位環(huán)境中進行進一步的研究,。并且不同生態(tài)系統(tǒng)類型之間的微生物網絡復雜度不同,在較高關聯(lián)復雜性的系統(tǒng)(有機管理農田,、演替后期領域)中水平功能多樣性(即真菌等生物群落內的多樣性)和垂直或界間功能多樣性(如真菌和細菌等功能群落間的多樣性)對維持生態(tài)系統(tǒng)功能都很重要,,地下復雜生態(tài)相互作用的消失可能會損害土壤提供給我們的重要生態(tài)系統(tǒng)服務。

評論

 
本文結合高通量測序手段,,研究了不同微宇宙環(huán)境微生物多樣性梯度下細菌,、真菌多樣性、豐富度及復雜性與生態(tài)系統(tǒng)功能多樣性之間的關系,。結果表明微生物多樣性、復雜性在生態(tài)系統(tǒng)功能多樣性中發(fā)揮重要作用,,尤其與維持包括養(yǎng)分循環(huán)在內的多個生態(tài)系統(tǒng)功能密切相關,,在復雜性更高的生態(tài)系統(tǒng)中,微生物對生態(tài)系統(tǒng)功能的貢獻更高,。

盡管高通量測序使我們能夠捕捉到大量多樣的土壤微生物,,但檢測到的許多分類群可能在感興趣的生態(tài)系統(tǒng)功能中沒有發(fā)揮重要作用從而導致“噪音”,,可能掩蓋已實現(xiàn)的多樣性-功能關系,。因此,通過鑒定功能微生物的存在與否,,推定某些特定功能,,這為我們提供了支持某種功能(直接或間接)的真菌和細菌分類群的身份,從而消除了評估多樣性-功能關系時的這種“噪音”,。當生態(tài)功能更加多樣化時則需要更多的細菌,、真菌同時支持多種功能,,更為豐富和多樣化的微生物群落提供了更多的生態(tài)系統(tǒng)功能可能性。

當前大多數(shù)研究點多關注物種多樣性,,豐度等基本的微生物信息上,,而在研究更為復雜的生態(tài)系統(tǒng)時,需要我們將聚焦點擴展到微生物群落的其他關鍵因素,,例如群落復雜性及特定功能物種等因素,。作者發(fā)現(xiàn)包含土壤真菌和細菌的土壤微生物群二者內部和彼此的微生物相互作用對于提高生態(tài)系統(tǒng)功能具有重要意義。但這些結果也暗示,,包括來自真菌和細菌以外的其他群落可能進一步提高我們預測土壤多功能性的能力,。

對于這些未關注的群體,也可能直接或間接地促成了觀察到的效果,。復雜的土壤微生物群落中個體成員之間仍然存在著許多促進,、拮抗和營養(yǎng)競爭的相互作用,對于這種垂直多樣性如何影響土壤的多功能性,,人們仍然知之甚少,,需要進一步探索。因此,,下一個挑戰(zhàn)是將土壤生物群落的組成,,包括多營養(yǎng)水平,與生態(tài)系統(tǒng)功能聯(lián)系起來,。

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