今天是第1780期日報,。

陳家亮、黃秀娟等：糞菌移植+生活方式干預(yù),，對肥胖+糖尿病患者效果如何,？

Gut[IF:19.819]

① 61名2型糖尿病+肥胖患者隨機分為3組：糞菌移植（FMT）+生活方式干預(yù)（LSI）、FMT,、LSI,，每4周干預(yù)一次至第12周，F(xiàn)MT溶液來自6名健康瘦供體,；② FMT+LSI組,、FMT組及LSI組患者達到主要終點（在第24周獲得≥20%的瘦供體相關(guān)菌群）的比例分別為100%、88.2%和22%,；③ 重復(fù)FMT顯著增加了瘦供體相關(guān)菌群的定殖,，F(xiàn)MT或FMT+LSI顯著增加了丁酸鹽產(chǎn)生菌；④ 與基線相比,，F(xiàn)MT+LSI組在第24周時,，總膽固醇、LDL膽固醇及肝臟硬度顯著降低,。

Microbiota engraftment after faecal microbiota transplantation in obese subjects with type 2 diabetes: a 24-week, double-blind, randomised controlled trial
03-30, doi: 10.1136/gutjnl-2020-323617

【主編評語】香港中文大學(xué)團隊近期在Gut上發(fā)表一項隨機雙盲對照試驗研究,，肥胖+2型糖尿病患者進行為期糞菌移植和生活方式的單獨干預(yù)或聯(lián)合干預(yù)，發(fā)現(xiàn)重復(fù)糞菌移植可顯著促進供體菌群的定殖,，而糞菌移植+生活方式干預(yù)可減少總膽固醇及LDL膽固醇,，并降低肝臟硬度。（@szx）

Nature子刊：用微生物組科學(xué)造福大眾健康（觀點）

Nature Medicine[IF:36.13]

① 把微生物組科學(xué)整合到公共衛(wèi)生研究和實踐中,，將助力發(fā)現(xiàn)新的生物標記物,、療法和分子機制；② 需完善微生物組流行病學(xué)研究設(shè)計,、相關(guān)資源平臺和分析方法,；③ 微生物組在保健、發(fā)育和衰老、營養(yǎng),、慢性病,、傳染病和環(huán)境衛(wèi)生等公共衛(wèi)生領(lǐng)域有轉(zhuǎn)化應(yīng)用前景；④ 大量基于微生物組的標記物和治療產(chǎn)品正處于早期研發(fā)階段,，微生物組在制藥和臨床試驗中也將發(fā)揮更大作用,；⑤ 微生物組學(xué)需納入教育課程，公共衛(wèi)生從業(yè)人員也應(yīng)學(xué)習(xí),，政策法規(guī)也需跟上,。

A framework for microbiome science in public health
04-05, doi: 10.1038/s41591-021-01258-0

【主編評語】微生物組與人類健康息息相關(guān)。如何將迅猛發(fā)展的微生物組科學(xué)整合到公共衛(wèi)生領(lǐng)域中,？Nature Medicine本周發(fā)表的觀點文章，從科學(xué)研究,、產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化,、教育和政策制定等方面，圍繞該問題展開詳細探討,，對相關(guān)領(lǐng)域的未來發(fā)展具有指導(dǎo)意義,，值得專業(yè)人士仔細閱讀。（@mildbreeze）

Cell子刊：0-5歲的腸道菌群發(fā)育軌跡

Cell Host and Microbe[IF:15.923]

① 對471名瑞典兒童從出生,、4個月,、12個月、3歲,、5歲進行腸道菌群分析,，并與成年瑞典人的腸道菌群進行對比；② 兒童腸道菌群的成熟具有相似的軌跡,，但是速度不同,，其中甲烷諾桿菌和克里斯滕森菌科定植較晚，5年后未達到成年水平,，且這些晚期定植菌與兒童和成人的α多樣性增加相關(guān),；③ 不同的微生物在發(fā)育中的腸道菌群中遵循離散的軌跡；④ 剖腹產(chǎn)影響腸道菌群,，但這種影響在3-5歲消失,；⑤ 5歲兒童的腸道菌群尚未達到成人的復(fù)雜程度。

Developmental trajectory of the healthy human gut microbiota during the first 5 years of life
03-31, doi: 10.1016/j.chom.2021.02.021

【主編評語】腸道是一個復(fù)雜的生態(tài)系統(tǒng),，出生時就建立了腸道菌群,。然而，不同細菌進入腸道微生物群的順序仍然相對未知,。Cell Host and Microbe近期發(fā)表的文章,，對471名兒童的腸道菌群發(fā)育進行縱向研究，發(fā)現(xiàn)5歲兒童已經(jīng)獲得高群落豐富度的微生物，但腸道菌群仍然在發(fā)育中,，未達到成人的復(fù)雜程度,。腸道菌群發(fā)育具有個體動態(tài)性，可能表明腸道菌群在生命早期發(fā)育中具有不同時間的敏感點,。（@愛的抉擇）

分娩方式對新生兒會產(chǎn)生哪些影響,？這些影響能持續(xù)多久？

ISME Journal[IF:9.18]

① 剖腹產(chǎn)（CSD）組嬰兒兩歧雙歧桿菌,、糞便擬桿菌,、活潑瘤胃球菌豐度降低，順產(chǎn)（VD）組嬰兒柔嫩梭菌,、短雙歧桿菌等增多,；② 出生1年后，CSD組嬰兒的促炎免疫反應(yīng)升高,；③ VD組嬰兒1歲時碳青霉烯和吩嗪的合成顯著增加,，VD和CSD組均存在細菌耐藥(AMR)基因，CSD組嬰兒出生后第5天,，抗利膽醇,、截短側(cè)耳素和二氨基嘧啶的基因豐度開始增加；④ 包括噬菌體和質(zhì)粒在內(nèi)的可移動遺傳元件,，能編碼AMR基因,，如糖肽、二氨基嘧啶和多藥耐藥相關(guān)基因,。

Persistence of birth mode-dependent effects on gut microbiome composition, immune system stimulation and antimicrobial resistance during the first year of life
03-26, doi: 10.1038/s43705-021-00003-5

【主編評語】剖腹產(chǎn)(CSD)破壞了母親對新生兒的特定微生物菌株的傳遞以及相關(guān)的免疫系統(tǒng)啟動,。ISME Journal近期發(fā)表的文章，研究了嬰兒微生物組成及其對宿主生理的影響是否在1歲時仍然存在差異,。研究納入9對順產(chǎn)母嬰對和11對剖腹產(chǎn)母嬰對,，采集出生后5天、1個月,、6個月和1年后糞便樣品,，進行宏基因組分析。結(jié)果表明,，出生方式對新生兒的影響能持續(xù)到出生后一年,，比如CSD出生嬰兒表現(xiàn)出的延遲免疫刺激可能影響自身的免疫耐受性等。未來需進一步對兒童進行長期跟蹤隨訪,，以了解出生方式對兒童健康的影響,。（@nana）

Nature子刊：構(gòu)建慢性疾病共患病的危險因素-代謝物-疾病關(guān)聯(lián)對應(yīng)圖

Nature Medicine[IF:36.13]

① 基于1.1萬余人數(shù)據(jù)，使用基線非靶向血漿代謝組學(xué)分析超過1000種代謝物,，描述其與27種非傳染性疾?。∟CD）或跨病種的相關(guān)途徑,；② 鑒定出至少2個NCD之間共有的420種代謝物，占所有640種代謝物-疾病顯著關(guān)聯(lián)的65.5％,；③ 整合50多種臨床危險因素和特征的基線數(shù)據(jù),，確定這些代謝物提示的可干預(yù)的共通途徑；④ 肝腎功能,、脂質(zhì)和葡萄糖代謝,、低度炎癥、腸道菌群多樣性以及與健康相關(guān)的特定行為是常見NCD多發(fā)病的前兆,，或可利用它們作早期預(yù)防,。

Plasma metabolites to profile pathways in noncommunicable disease multimorbidity
03-11, doi: 10.1038/s41591-021-01266-0

【主編評語】同時患有多種慢性疾病的共患病是一個日益嚴重的全球健康問題，研究其決定因素是非常急迫的需求,。Nature Medicine近期發(fā)表的文章,，通過對1.1萬的使用電子健康記錄的住院和癌癥人群進行非靶向血漿代謝組學(xué)分析，系統(tǒng)性地建立了全面的危險因素-代謝物-疾病關(guān)聯(lián)之間對應(yīng)關(guān)系,，并發(fā)現(xiàn)肝腎功能,、脂質(zhì)和葡萄糖代謝、低度炎癥,、腸道菌群多樣性以及與健康相關(guān)的特定行為是常見慢性疾病多發(fā)病的前兆,，具有用作早期預(yù)防的潛力,。同時研究結(jié)果整合到一個開放訪問的web服務(wù)器(https:///apps/mwascience/),，可用于進一步的研究和薈萃分析。（@愛的抉擇）

上海交大：幫助控糖的新型口服納米復(fù)合物

Science Advances[IF:13.116]

① 開發(fā)一種能吸收糖類的含硼酸聚合物納米復(fù)合物（Nano-Poly-BA）,，可防止糖類在腸道內(nèi)吸收,，且具不溶性和無毒性；② 在野生型,、1型和2型糖尿病小鼠模型中,，口服Nano-Poly-BA能顯著降低碳水化合物（葡萄糖、麥芽糖,、蔗糖,、糊精）和高碳水化合物食物（可樂、藍莓醬,、粥）的餐后血糖,；③ 在果糖誘導(dǎo)的非酒精性脂肪肝小鼠種，Nano-Poly-BA能減少果糖吸收和肝臟脂肪生成,；④ 口服Nano-Poly-BA或可幫助前驅(qū)糖尿病,、糖尿病、超重患者及健康人群控糖,。

Orally administered saccharide-sequestering nanocomplex to manage carbohydrate metabolism disorders
03-31, doi: 10.1126/sciadv.abf7311

【主編評語】吃過多的碳水化合物,，可能引發(fā)多種代謝疾病，比如糖尿病、脂肪肝和肥胖等,。上海交通大學(xué)張詩宜團隊近期在Science Advances發(fā)表重要研究,，首次報道了一種可口服的納米復(fù)合物，能夠吸收所有類型的糖類,，從而幫助減少糖類在腸內(nèi)的吸收,、控制餐后血糖，或能用于管理與膳食碳水化合物相關(guān)的代謝疾病,。（@mildbreeze）

國內(nèi)團隊：蘆薈多糖的益生效果

Carbohydrate Polymers[IF:7.182]

① 采用超聲波提取法提取蘆薈多糖（APs）,，其分子量為78.8±2.3kDa，單糖組成為甘露糖：葡萄糖：半乳糖：鼠李糖（82.2：7.2：4.6：2.2）,；② 是以β-(1→4)-甘露聚糖為主鏈且支鏈上連有乙?；囊阴８事毒厶牵虎?正常小鼠灌胃APs3周后,，可顯著增加糞便短鏈脂肪酸含量及擬桿菌和Parabacteria（主要降解菌）菌屬豐度,，降低厚壁菌門和梭菌門豐度；④ 通過上調(diào)果糖-二磷酸醛縮酶等17種酶基因表達,，促進果糖和甘露糖代謝,；⑤ APs或具有腸道益生元功能。

Extraction, characterization of aloe polysaccharides and the in-depth analysis of its prebiotic effects on mice gut microbiota
03-02, doi: 10.1016/j.carbpol.2021.117874

【主編評語】大量研究證實蘆薈多糖（AP）有益健康,，然而AP對腸道菌群及短鏈脂肪酸的影響仍不清楚,，國內(nèi)江南大學(xué)錢和團隊在Carbohydrate Polymers上發(fā)表的一項研究，對AP進行超聲提取并對其結(jié)構(gòu)組成進行了分析,，同時發(fā)現(xiàn)AP能促進小鼠腸道中產(chǎn)丁酸的“益生”菌種的豐度,，增強果糖和甘露糖的代謝，推斷AP可能對腸道菌群起到有益作用,。（@Vera）

脫靶擴增或可導(dǎo)致帕金森患者腦部細菌檢測假陽性

Microbiome[IF:11.607]

① 16S rRNA基因擴增子測序在人類和小鼠大腦樣本中能檢測到細菌信號,，但樣本中的細菌生物量極低；② 嚴格分析表明這些細菌信號是由外源DNA污染(54.8%)和宿主DNA假陽性擴增(34.2%,，脫靶擴增子)引起的,；③ 脫靶擴增是低細菌/高宿主DNA情況下的主要混雜因素，脫靶擴增的人類或小鼠DNA序列在多數(shù)測序管道中聚集并被錯誤地匹配為細菌,；④ 在獨立評估樣本中大腦16S rRNA基因序列中也會出現(xiàn)脫靶擴增,；⑤ 脫靶擴增似乎與組織的無菌特性有關(guān)。

Much ado about nothing? Off-target amplification can lead to false-positive bacterial brain microbiome detection in healthy and Parkinson’s disease individuals
03-26, doi: 10.1186/s40168-021-01012-1

【主編評語】最近的研究表明,，人類大腦存在微生物,。這些微生物或與帕金森病(PD)和阿爾茨海默病(AD)中所見的神經(jīng)炎癥變化有關(guān)，或作為健康患者大腦樣本中的大腦微生物組而存在,。Microbiome最近發(fā)表的研究,，通過檢測健康和帕金森患者個體大腦不同區(qū)域微生物組成,，及作為種間對照的小鼠大腦微生物組成，結(jié)果發(fā)現(xiàn),，沒有證據(jù)支持帕金森病患者大腦中存在微生物組或細菌感染,，檢測到的細菌信號是由外源DNA污染和宿主DNA假陽性擴增引起的。（@nana）

用于交互式菌群分析和可視化的R包：animalcules

Microbiome[IF:11.607]

① animalcules是一款易于使用的交互式菌群分析R包,，可用于16S rRNA測序數(shù)據(jù),，鳥槍DNA宏基因組學(xué)數(shù)據(jù)和基于RNA的宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析；② 該工具包結(jié)合了新穎和現(xiàn)有的分析,，可視化方法以及機器學(xué)習(xí)模型,。例如，該工具包具有傳統(tǒng)的菌群分析（alpha/beta多樣性和差異豐度分析）,，同時引入了諸如生物標記識別的新方法,；③ animalcules具有強大的互動和動態(tài)圖形，可通過R Shiny交互式界面或各種命令行進行菌群分析,。

animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R
03-28, doi: 10.1186/s40168-021-01013-0

【主編評語】本文介紹了animalcules,，這是一個R包，用于通過R Shiny提供的交互式界面或各種命令行函數(shù)進行交互式菌群分析,。它是第一個支持所有16S rRNA,、基于DNA的鳥槍宏基因組學(xué)和基于RNA測序的宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)集分析的菌群分析工具包。animalcules可以從GitHub網(wǎng)站https://github.com/compbiomed/animalcules上免費下載,，也可以通過Bioconductor網(wǎng)站https://www./packages/release/bioc/html/animalcules.html進行安裝,。（@劉永鑫-中科院-宏基因組）