GEO2R是GEO在線分析工具,，基于此工具可以對部分GEO樣品數(shù)據(jù)進(jìn)行基因差異表達(dá)分析。該工具主要針對芯片數(shù)據(jù),，借助R 及Limma包完成分析過程,，用戶只需要在網(wǎng)業(yè)上進(jìn)行簡單的點(diǎn)擊等手動操作即可獲得分析結(jié)果。

以下內(nèi)容,，將利用案例數(shù)據(jù)GSE106876 （B細(xì)胞淋巴瘤9個樣本數(shù)據(jù)）進(jìn)行演示,。

GEO2R分析頁面

通過GEO主頁Tools，點(diǎn)擊Analyze a Study with GEO2R,，可進(jìn)入GEO2R分析頁面（網(wǎng)址：https://www.ncbi.nlm./geo/geo2r/）,，頁面顯示如下圖A,。

在搜索欄中輸入GEO accession 搜索需要分析的數(shù)據(jù)，注意,，登錄號只能是GSE登錄號,。以GSE106876為例，搜索結(jié)果如下圖B,。若對應(yīng)的GSE數(shù)據(jù)不能利用GEO2R在線工具分析,，網(wǎng)址會進(jìn)行提示。

差異分組

搜索出所有樣品之后,，選擇Define groups,，選定差異比較分組的樣品（如果是多平臺數(shù)據(jù)，請先確定平臺）,。在Define groups下拉輸入框中,，先輸入control，點(diǎn)擊Enter鍵,，確定第一個分組,，同樣輸入第二個分組tumour，設(shè)定第二組,。（注意先后順序,，對照在前，處理在后）,。

選中樣品之后,，點(diǎn)擊分組（control or tumour），例如案例中control選中了三個樣品,，tumour選中三個樣品,，具體見下圖。

設(shè)定分組之后,，點(diǎn)擊Top250,，可以依據(jù)網(wǎng)址的默認(rèn)設(shè)置參數(shù)，進(jìn)行差異分析,，并顯示分析結(jié)果的前250個（如下圖）,。列表結(jié)果中會顯示出計算的相關(guān)數(shù)據(jù)，包括P值,，logFC,，以及相關(guān)的基因信息等等，而通過頁面Save all results,，可以針對所有的數(shù)據(jù)分析下載保存,，不限于Top250。

點(diǎn)擊左側(cè)單個探針I(yè)D,可以查看到該ID對應(yīng)數(shù)據(jù)變化的分布情況,，如下圖所示,由樣本數(shù)據(jù)中該探針對應(yīng)的表達(dá)量變化圖片,，結(jié)合logFC 值-3.68,可以看到,，該探針對應(yīng)的基因出現(xiàn)了下調(diào)（P.adjust=0.0256）。

數(shù)據(jù)分布

基于選中的六個樣品,，選擇Value distribution,，點(diǎn)擊veiw，可以查看該六個樣品的數(shù)據(jù)分布情況,，顯示結(jié)果為box 分布圖（如下圖）,。如果需要所有樣品的數(shù)據(jù)分布圖，刪除分組設(shè)置即可,。

參數(shù)修改

點(diǎn)擊Options,，可以進(jìn)入差異比較的參數(shù)設(shè)置頁面（如下圖），可以對P值矯正方法,，數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換方法,，以及相關(guān)信息顯示進(jìn)行修改。

其他

此外,，還可以通過Profile Graph 查找單基因表達(dá)譜,，以及通過R script，查看改組差異分析對應(yīng)的R代碼,。