從臨床進(jìn)入基因檢測(cè)流程是入口，檢測(cè)結(jié)果結(jié)合臨床信息進(jìn)行合理解讀是出口,，這一入一出之間需經(jīng)歷檢測(cè)前臨床咨詢部分,、實(shí)驗(yàn)室部分、信息分析部分,、臨床解讀部分共四個(gè)環(huán)節(jié),。其中的第四部分臨床解讀部分即是根據(jù)檢測(cè)結(jié)果、患者信息,、醫(yī)生共識(shí)綜合判斷,，臨床和遺傳咨詢有效銜接、充分溝通,，最終出具臨床解讀報(bào)告,。

在做成臨床解讀報(bào)告之前，首先需要將解讀的各個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行明確,，包括解讀的步驟流程,，解讀的技術(shù)細(xì)節(jié)。這樣才有可能真正的做到解讀的規(guī)范化,，使解讀過程有據(jù)可依，有章可循,，才能出具一份好的臨床解讀報(bào)告,，基因檢測(cè)才能更好的服務(wù)患者和臨床醫(yī)生。從大的框架講,，基因檢測(cè)數(shù)據(jù)解讀可分為三個(gè)步驟：原始數(shù)據(jù)→分析數(shù)據(jù),、基于數(shù)據(jù)庫(kù)的解讀→與患者個(gè)體表征/臨床病例結(jié)合的解讀。

1,、讀懂原始數(shù)據(jù)

將測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù)（FASTQ）去除接頭及低質(zhì)量序列,，經(jīng)BWA軟件比對(duì)至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人類基因組參考序列上，Picard去除重復(fù)序列,，使用GATK檢測(cè)SNV與Indel變異,，使用ANNOVAR進(jìn)行變異注釋。最后獲得一份.vcf文件（圖1）,。

圖1 從測(cè)序的原始序列數(shù)據(jù)到vcf文件的流程

一份vcf文件包含如下基本信息,。

Chr：變異所在的染色體

Start：變異在染色體上的起始位置

End：變異在染色體上的結(jié)束位置

Ref：參考基因組的序列

Alt：檢測(cè)樣本基因組的序列

Func.refGene：變異所處參考基因的功能區(qū)（exonic，intronic,，UTR3,，UTR5，splicing，upstream,，downstream,，intergenic）（此處的exonic特指外顯子編碼氨基酸區(qū)，不包括外顯子的UTR區(qū)）

Gene.refGene：變異所處參考基因名稱（如果是基因間,，則是兩側(cè)的基因）

GeneDetail.refGene：非外顯子區(qū)處于特定轉(zhuǎn)錄本中的具體位置（如果是基因間,，則是距離兩側(cè)的基因的距離）

ExonicFunc.refGene：外顯子區(qū)的變異類型（frameshift insertion，frameshiftdeletion,，stopgain,，stoploss，nonframeshift insertion,，nonframeshiftdeletion,，synonymous SNV，nonsynonymous SNV）,，如果這一欄是一個(gè)“.”的話,，就說明該變異不在外顯子區(qū)

AAChange.refGene：氨基酸水平的改變（同一個(gè)基因可能具有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，氨基酸改變的位置在不同的轉(zhuǎn)錄本中有可能不一樣）

經(jīng)注釋后的vcf文件還會(huì)包含如下信息：

CLINSIG：該變異在ClinVar數(shù)據(jù)庫(kù)中的臨床意義（Benign,，Likely benign,，Uncertain significance，Likelypathogenic,，Pathogenic,，Drug-response）

CLINDBN：該變異所引起的疾病名稱

CLINACC：該變異的登記號(hào)和版本號(hào)（VariantAccession and Versions）

CLINSDB：該變異所引起疾病所在數(shù)據(jù)庫(kù)名稱

CLINSDB：該變異所引起疾病所在數(shù)據(jù)庫(kù)中的ID

PopFreqMax：該變異人群中的最大等位基因頻率

1000_All：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率

1000_AFR：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中非洲人群的等位基因頻率

1000_AMR：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中美國(guó)人群的等位基因頻率

1000_EAS：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中東亞人群的等位基因頻率

1000_EUR：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中歐洲人群的等位基因頻率

1000_SAS：該變異在千人基因組計(jì)劃數(shù)據(jù)庫(kù)中南亞人群的等位基因頻率

Snp138：該變異在dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中的ID

Cosmic70：該變異在癌癥體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)庫(kù)COSMIC中的ID

ESP6500siv2_ALL：該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率

ESP6500siv2_AA：該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的非洲裔人群等位基因頻率

ESP6500siv2_EA：該變異在美國(guó)國(guó)家心肺血液研究所的ESP6500數(shù)據(jù)庫(kù)中的歐洲裔人群等位基因頻率

ExAC_All：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率

ExAC_AFR：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中非洲人群的等位基因頻率

ExAC_AMR：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中美國(guó)人群的等位基因頻率

ExAC_EAS：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中東亞人群的等位基因頻率

ExAC_FIN：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中芬蘭人群的等位基因頻率

ExAC_NFE：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中非芬蘭歐洲人群的等位基因頻率

ExAC_OTH：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中除已指定人群之外的人群等位基因頻率

ExAC_SAS：該變異在ExAC數(shù)據(jù)庫(kù)中南亞人群的等位基因頻率

CG46：該變異在CG46數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群等位基因頻率。CG46是由CompleteGenomics（BGI）公司對(duì)46個(gè)樣本的全基因組測(cè)序而建立的數(shù)據(jù)庫(kù),，截止2017年,，他們已經(jīng)對(duì)超過20000個(gè)樣本進(jìn)行了全基因組測(cè)序和分析。

ICGC_Id：國(guó)際癌癥基因協(xié)作組中各研究的ID

ICGC_Occurrence：該變異在ICGC數(shù)據(jù)庫(kù)中的發(fā)生情況,。該欄數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如COCA-CN|1|187|0.00535,，指中國(guó)結(jié)直腸癌的研究（https:///），在187例患者中有1例發(fā)生突變,，突變比例為0.00535

Nci60：該變異在nci60數(shù)據(jù)庫(kù)中的等位基因頻率,。Nci60是被廣泛用于藥物篩選的人類60種腫瘤細(xì)胞系組合，已經(jīng)進(jìn)行了全外測(cè)序,。隨著研究的進(jìn)步,，美國(guó)癌癥研究所NCI在2016年宣布NCI-60細(xì)胞系“退休”，PDX新模型“上任”,。

Interpro_domain：InterPro算法預(yù)測(cè)的突變所處的保守結(jié)構(gòu)域（http://www./interpro/）

dbscSNV_ADA_SCORE：基于adaptive boosting預(yù)測(cè)變異對(duì)剪接位點(diǎn)改變的可能性

dbscSNV_RF_SCORE：基于Random Forest預(yù)測(cè)變異對(duì)剪接位點(diǎn)改變的可能性,。得分代表剪接影響的可能性大小，如果dbscSNV_ADA_SCORE和dbscSNV_RF_SCORE得分均小于0.6,，則對(duì)剪接位點(diǎn)沒有影響（PMID: 28132688）,。

Omim_phenotype：在OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)中該基因（不是該變異）對(duì)應(yīng)的表型

QUAL：測(cè)序質(zhì)量分?jǐn)?shù),，計(jì)算方法為Q = -10log10(e)，可衡量堿基未正確檢出的概率,。

FILTER：對(duì)變異位點(diǎn)做進(jìn)一步的過濾,。無(wú)論你用什么方法對(duì)變異位點(diǎn)進(jìn)行過濾，過濾完了之后,，在FILTER一欄都會(huì)留下過濾記錄,，如果是通過了過濾標(biāo)準(zhǔn)，那么這些通過標(biāo)準(zhǔn)的好的變異位點(diǎn)的FILTER一欄就會(huì)注釋一個(gè)PASS,，如果沒有通過過濾,，就會(huì)在FILTER這一欄提示除了PASS的其他信息（other FILTER flag）。如果這一欄是一個(gè)“.”的話,，就說明沒有進(jìn)行過任何過濾

INFO&FORMAT：該欄數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)GT:AD:AF:ALT_F1R2:ALT_F2R1:FOXOG:QSS:REF_F1R2:REF_F2R1,。GT：基因型，對(duì)于一個(gè)二倍體生物,，0表示跟REF一樣,，1表示表示跟Alt一樣；2表示第二個(gè)Alt,；AD：對(duì)應(yīng)兩個(gè)以逗號(hào)隔開的值,，這兩個(gè)值分別表示覆蓋到REF和Alt堿基的reads數(shù)，相當(dāng)于支持REF和支持Alt的測(cè)序深度,；AF：支持Alt的測(cè)序深度占總測(cè)序深度的比例,，即等位基因豐度

NORMAL：與腫瘤組織對(duì)應(yīng)的正常組織中的信息，一般通過外周血測(cè)序獲得

TUMOR：腫瘤組織中的信息

此外還可能包含各種算法對(duì)非同義突變保守性預(yù)測(cè)值,，這些算法包括SIFT prediction(T: tolerated; D: deleterious),，PolyPhen HumanDiv prediction (D:Probably damaging, P: possibly damaging; B: benign)、LTR,、MutTaster、MutationAssessor,、FATHMM,、CADD、GERP++等等,。

2,、分析挖掘數(shù)據(jù)

對(duì)全外顯子檢測(cè)（或者屬于較大pannel范疇的情況也可以），可以進(jìn)行腫瘤突變負(fù)荷（Tumor mutationburden）計(jì)算,。臨床研究表明,，使用PD1/PD-L1抑制劑等免疫治療藥物時(shí)，具有較高突變負(fù)荷的患者具有較好的客觀緩解率(ORR),、較長(zhǎng)的無(wú)進(jìn)展生存期(PFS),，同時(shí)持續(xù)臨床療效(DCB)也更佳。然而，由于目前沒有統(tǒng)一的腫瘤突變負(fù)荷計(jì)算方法,，在做縱向比較時(shí)需謹(jǐn)慎,。該分析使用的計(jì)算方法為，腫瘤組織中突變豐度大于等于5%,，正常組織中突變豐度小于等于1%,，ExonicFunc.refGene一欄去除“.”、synonymous SNV,、unknown標(biāo)簽的數(shù)據(jù),，PopFreqMax一欄去除人群等位基因頻率大于0.1%的數(shù)據(jù)（注意保留“.”）。此外,，免疫治療相關(guān)的一些基因突變（如EGFR,、干擾素信號(hào)通路的JAK、B2M等）值得關(guān)注,。

對(duì)全外顯子檢測(cè),，能夠發(fā)現(xiàn)大量的體細(xì)胞突變。有的突變是致病性的稱為為驅(qū)動(dòng)突變或司機(jī)突變（與之對(duì)應(yīng)的稱為乘客突變或繼發(fā)性突變）,，這些突變或?qū)е翫NA修復(fù)缺陷,，或?qū)е录?xì)胞不受調(diào)控的增殖生長(zhǎng)，或?qū)е录?xì)胞不能正常凋亡,，或?qū)е录?xì)胞侵襲性增強(qiáng),，或?qū)е旅庖咛右荨Ｒ蚨鴱拇罅康捏w細(xì)胞突變中鑒定腫瘤的驅(qū)動(dòng)基因突變既是基因檢測(cè)的重要目的之一,，同時(shí)也是一項(xiàng)艱難的工作,。一般來說一個(gè)腫瘤的發(fā)生其驅(qū)動(dòng)基因突變的數(shù)目為0-8個(gè)，且他們不會(huì)分布于同一個(gè)關(guān)鍵的腫瘤相關(guān)信號(hào)通路中（比如BRAF和KRAS,，比如APC和CTNNB1）或并行的兩個(gè)重要信號(hào)通路中（比如PIK3CA和KRAS）,。一般來說原癌具有較為明顯突變熱點(diǎn)聚集傾向（比如KRAS和PIK3CA），而抑癌基因的突變位點(diǎn)較為分散（比如RB1和VHL）,。

對(duì)全外顯子檢測(cè)目前已經(jīng)在腫瘤中得到較為廣泛的應(yīng)用,，如何高效尋找驅(qū)動(dòng)基因突變急需指導(dǎo)和規(guī)范化的文件，但由于由于腫瘤細(xì)胞突變多為體細(xì)胞突變,，遺傳性突變領(lǐng)域的規(guī)范化文件（后面會(huì)具體講）難以照搬使用,。因?yàn)轶w細(xì)胞突變的意義和遺傳性突變的意義比如致病性突變這樣的描述有所不同，比如我們可以采用響應(yīng)藥物的突變（responsive）,、耐藥突變（resistant）,、驅(qū)動(dòng)性突變（driver）、繼發(fā)性突變（passenger）來描述突變的意義,。值得慶幸的是,，2017年伊始,，分子病理協(xié)會(huì)（Association forMolecular Pathology, AMP）、美國(guó)臨床腫瘤協(xié)會(huì)（American Societyof Clinical Oncology）和美國(guó)病理學(xué)家聯(lián)盟（College ofAmerican Pathologists）對(duì)高通量測(cè)序在腫瘤診療領(lǐng)域的應(yīng)用從突變記載（HGVS）,、注釋解讀,、報(bào)告進(jìn)行了指導(dǎo)和規(guī)范（PMID: 27993330）。該指導(dǎo)規(guī)范中對(duì)參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)（如NCBI）,、人群基因頻率數(shù)據(jù)庫(kù)（如1000G,、ExAC）、腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)（如COSMIC,、ICGC）,、疾病數(shù)據(jù)庫(kù)（如HGMD、ClinVar）,、預(yù)測(cè)軟件（如PolyPhen2,、Human Splicing Finder）的使用和注意事項(xiàng)給出了意見。該規(guī)范還推薦對(duì)腫瘤細(xì)胞的體細(xì)胞變異劃分為四個(gè)級(jí)別：具有確定性臨床意義的突變（variants withstrong clinical significance,，Level A和Level B）,、可能具有臨床意義的突變（variants with potential clinicalsignificance，Level C和Level D）,、臨床意義不明的突變（variants of unknown clinical significance）,、良性或可能良性的突變（variants deemed benign or likely benign），并詳細(xì)闡述如何將檢測(cè)到突變結(jié)合數(shù)據(jù)庫(kù)以歸類到這四個(gè)級(jí)別中,。其中具有確定性臨床意義/可能具有臨床意義的突變包括四個(gè)等級(jí)的證據(jù)：

Level A：可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的FDA批準(zhǔn)的針對(duì)特定類型腫瘤（適應(yīng)癥）的治療的突變,；或者已經(jīng)被包括在專業(yè)指南中（如腫瘤的NCCN）作為特定類型腫瘤的治療、診斷或預(yù)后的突變,；Level B,，可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的基于充分研究和專家共識(shí)的治療的突變，或者是基于充分研究和專家共識(shí)的具有特定疾病診斷,、預(yù)后意義的突變,；

Level C，可作為預(yù)測(cè)藥物反應(yīng)或耐藥性的FDA或?qū)I(yè)協(xié)會(huì)批準(zhǔn)的跨適應(yīng)癥的治療的突變,，或者是已經(jīng)作為臨床試驗(yàn)的入組參考標(biāo)準(zhǔn),，或者是基于多項(xiàng)研究的具有特定疾病診斷、預(yù)后意義的突變,；

Level D，基于臨床前研究,、案例報(bào)道的可能具有臨床意義的突變,；或者有研究表明該突變有助于疾病診斷和預(yù)后判斷。

目前,，尋找腫瘤驅(qū)動(dòng)基因突變的具體策略可以說是多種多樣（圖2）,。通過尋找熱點(diǎn)基因的熱點(diǎn)突變（recurrent mutation）是一種較為確定的策略,，相關(guān)的研究證據(jù)較為充分。例如EGFR的突變主要發(fā)生在胞內(nèi)酪氨酸激酶（TK）區(qū)域的前四個(gè)外顯子上（18~21）,，目前發(fā)現(xiàn)的TK區(qū)域突變有30多種,。缺失突變主要發(fā)生在外顯子19上，最常見的是del E746-A750,，替代突變最常見的是發(fā)生在外顯子21上的L858R,，復(fù)制或插入突變發(fā)生在外顯子20上。發(fā)生在外顯子20上的替代突變T790M為耐藥突變,，研究還發(fā)現(xiàn)L858Q,、D761Y、T854A等耐藥突變,。HER2基因在乳腺癌,、膀胱癌、結(jié)直腸癌,、胃癌中主要突變方式是擴(kuò)增或者表達(dá)上調(diào),，鮮有突變，在20～30%的乳腺癌中存在HER2基因明顯擴(kuò)增或過表達(dá),，但是在肺癌中,，其激活機(jī)制為擴(kuò)增、過表達(dá)及點(diǎn)突變,，點(diǎn)突變?cè)诜伟┲械陌l(fā)生概率約占2-4%,，多發(fā)生在其激酶結(jié)構(gòu)域中，常見的激活性點(diǎn)突變包括p.S310, p.L755,，p.G776L, p.V777L,，p.S855I，p.N857S 等,。BRAF V600E突變臨床意義在Pubmed中有上百遍報(bào)道,。BRAF突變存在于1%–3%的非小細(xì)胞肺癌中。V600E是最常見的腫瘤驅(qū)動(dòng)突變,，在肺癌中也有多種其他類型的BRAF突變被報(bào)道,，包括G466V、G469A和D594G,。盡管性藥物例如vemurafenib在包含BRAF V600E突變的黑色素瘤中高度有效,，但這些藥物對(duì)BRAF其他位點(diǎn)突變，或者V600E突變肺癌中的腫瘤驅(qū)動(dòng)活性還需評(píng)估,。

圖2  鑒定驅(qū)動(dòng)基因突變策略（PMID: 24479672）

熱點(diǎn)基因的熱點(diǎn)突變?cè)诤芏鄶?shù)據(jù)庫(kù)中有不完全的收錄,，這些數(shù)據(jù)庫(kù)有Civic數(shù)據(jù)庫(kù)，OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù),，Personalized cancer therapy數(shù)據(jù)庫(kù),，Clinical Knowledgebase數(shù)據(jù)庫(kù)等等,。

預(yù)測(cè)變異對(duì)蛋白質(zhì)功能的影響，可以作為尋找腫瘤驅(qū)動(dòng)突變的一種有益補(bǔ)充方法,。比較常見的預(yù)測(cè)工具如SIFT,、PolyPhen2、MutationAssessor等等,，這些算法的原理一般是基于氨基酸的進(jìn)化保守性,，有的考慮到蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的功能（例如TP53蛋白的有害突變多位于DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域），還有的會(huì)考慮蛋白的空間結(jié)構(gòu),。對(duì)于檢測(cè)到的變異各算法預(yù)測(cè)值在上述的vcf文件中可查閱,。對(duì)于SIFT，值越小變異有害性的可能性越大,，推薦閾值0.05,；對(duì)于PolyPhen2，值越大變異有害性的可能性越大,，推薦閾值0.3,；對(duì)于MutationAssessor，值越大變異有害性的可能性越大,，推薦閾值8,，需要注意的是，不同的參考文獻(xiàn)閾值可能不同（PMID: 23819521）,。

將基因放在信號(hào)通路中分析,，這對(duì)于不是十分常見的小眾腫瘤驅(qū)動(dòng)基因?qū)ふ矣泻艽髱椭Ｔ诿绹?guó),，每年有大約18,000名患者被確診為腦膜瘤,。它們約占原發(fā)性腦腫瘤的三分之一，女性患病比率高一倍,。但是一直以來對(duì)于腦膜瘤的遺傳突變了解甚少,。在一項(xiàng)研究中（PMID: 23334667），科學(xué)家們對(duì)17個(gè)腦膜瘤樣本進(jìn)行了全基因組或是外顯子組測(cè)序,。在這些腫瘤中發(fā)現(xiàn)改變基因后,，研究人員隨后又對(duì)另外兩組腫瘤進(jìn)行了測(cè)序。研究人員發(fā)現(xiàn),，相比大多數(shù)類型的腫瘤,，腦膜瘤具有較少數(shù)量的遺傳改變或損傷。在一些腫瘤中,，他們發(fā)現(xiàn)兩個(gè)在已知致癌信號(hào)通路中發(fā)揮作用的基因存在突變,。在3個(gè)腫瘤中發(fā)現(xiàn)的SMO，是Hedgehog信號(hào)的成員。在5個(gè)腫瘤中發(fā)現(xiàn)了AKT1,，該基因參與了與乳腺癌、結(jié)直腸癌和肺癌相關(guān)的PI3K-AKT-mTOR信號(hào),。第6個(gè)腫瘤具有一個(gè)從前已知的,，與mTOR信號(hào)通路相關(guān)的突變?？偟膩碚f,，這些突變基因信號(hào)通路構(gòu)成了所研究的15%腦膜瘤的重要驅(qū)動(dòng)子。

對(duì)于遺傳性腫瘤,，可以借助遺傳病致病基因鑒定的方案,，流程即1、了解臨床資料2,、核心表型轉(zhuǎn)化為中文人類表型標(biāo)準(zhǔn)用語(yǔ)(CHPO)3,、基因檢測(cè)及其質(zhì)控4、生信分析5,、遺傳學(xué)分析,，包括關(guān)聯(lián)候選基因、遺傳變異位點(diǎn)分析解讀和家系驗(yàn)證6,、表型相似度分析,。2013年ACGM推薦的與遺傳性腫瘤/遺傳病相關(guān)基因包括BRCA1、BRCA2,、TP53,、STK11、MLH1,、MSH2,、MSH6、PMS2,、APC,、MUTYH、VHL,、MEN1,、RET、PTEN,、RB1,、SDHC、SDHD,、TSC1,、TSC2、WT1、NF2等（PMID：23788249）,。查找正常對(duì)照組織突變豐度（N_Freq）≥40%,，比對(duì)遺傳性腫瘤相關(guān)突變基因，是否有遺傳性腫瘤相關(guān)胚系突變,，查看并按照下述步驟進(jìn)行確認(rèn),。按照基因名+c.__或基因名+p.__進(jìn)行g(shù)oogle搜索或進(jìn)入NCBI、HGMD,、OMIM等網(wǎng)站查閱是否有相關(guān)致病性報(bào)道,，按照ACMG指南進(jìn)行位點(diǎn)致病性判定或可借助InterVar在線輔助判定（僅適用于exon范圍內(nèi)突變）。發(fā)現(xiàn)遺傳性腫瘤相關(guān)的基因突變,，還應(yīng)推薦家族其他直系血親進(jìn)行基因檢測(cè)做進(jìn)一步的確認(rèn),。

美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)（American Collegeof Medical Genetics and Genomics, ACMG）和分子病理協(xié)會(huì)（Association forMolecular Pathology, AMP）在2015年對(duì)臨床實(shí)驗(yàn)室的基因檢測(cè)進(jìn)行了指導(dǎo)和規(guī)范（PMID: 25741868）。該指導(dǎo)規(guī)范主要就是適用于孟德爾遺傳病相關(guān)基因變異或者是生殖系變異,。指導(dǎo)規(guī)范推薦記載突變遵循統(tǒng)一的規(guī)范——人類基因組變異協(xié)會(huì)（Human GenomeVariation Society, HGVS）,，并將變異根據(jù)人群基因頻率（population data）、軟件預(yù)測(cè)（computational data）和功能試驗(yàn)（functional data）等參數(shù)分為五個(gè)級(jí)別：致病性突變（pathogenic）,、可能致病性突變（likelypathogenic）,、意義不明突變（uncertain significance）、可能良性突變（likely benign）和良性多態(tài)性突變（benign）,。這五個(gè)級(jí)別如何認(rèn)定,？該規(guī)范列出了致病性/可能致病的各種情況的支持證據(jù)，證據(jù)強(qiáng)度依次包括超強(qiáng)證據(jù)（PVS1）,、強(qiáng)證據(jù)（PS1-4,，注意這里的數(shù)字不代表證據(jù)強(qiáng)度的區(qū)別，僅表示同一證據(jù)強(qiáng)度的不同的證據(jù)情況,，下同）,、中度證據(jù)（PM1-6）、支持性證據(jù)（PP1-5）,，良性多態(tài)性/可能良性證據(jù)強(qiáng)度依次包括獨(dú)立證據(jù)（BA1）,、強(qiáng)證據(jù)（BS1-4）、支持性證據(jù)（BP1-6）,。需要特別指出的是對(duì)于致病性突變和引起蛋白功能缺失的突變區(qū)別開來,，只有一種突變對(duì)某種疾病具有因果關(guān)系（causative），才能夠被認(rèn)定為致病性突變,。應(yīng)當(dāng)注意到致病性突變這個(gè)定義對(duì)于多基因遺傳病其實(shí)不太適合,。同時(shí)應(yīng)該注意到當(dāng)一個(gè)突變被報(bào)道為致病性的時(shí)候，對(duì)于個(gè)人或者健康管理人員可能認(rèn)為它是一個(gè)可干預(yù)的突變（actionable）,。此外,，該規(guī)范還對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)使用、文獻(xiàn)使用、軟件預(yù)測(cè)使用給出了指導(dǎo)性的建議,。

最后也是最重要的是報(bào)告的呈現(xiàn)形式,，標(biāo)注突變判定依據(jù)，功能注釋,，文獻(xiàn)出處,，遺傳規(guī)律，及其他可能的相關(guān)疾病癥狀,。在研究進(jìn)展更新后，特別是以前被認(rèn)定為意義不明突變時(shí),，最好能夠?qū)ν蛔償?shù)據(jù)進(jìn)行再分析更新,。將突變進(jìn)行分類也是有幫助的，比如該突變意義不明,，但該突變所在的基因與已知疾病建立了明確的關(guān)系,；比如突變屬于偶然性發(fā)現(xiàn)（Incidental Findings）。

3,、面向臨床干預(yù)的解讀

首先應(yīng)充分收集患者個(gè)體表型數(shù)據(jù),、家族病史、臨床病理和臨床治療的資料,，這些信息對(duì)鑒定驅(qū)動(dòng)基因,、了解發(fā)病機(jī)制、指導(dǎo)用藥和治療方案,、耐藥與預(yù)后分析具有很大的價(jià)值,。

其次在進(jìn)行臨床干預(yù)解讀時(shí)應(yīng)考慮到FDA批準(zhǔn)靶向治療藥物及其伴隨檢測(cè)、NCCN指南推薦的治療方案,。對(duì)于FDA和NCCN指南未涉及的,，可參考文獻(xiàn)（包括基于FDA/NCCN和文獻(xiàn)編輯的二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)），但是要考慮到文獻(xiàn)報(bào)道的證據(jù)強(qiáng)度,，比如是什么機(jī)構(gòu)的研究,，發(fā)表在什么期刊上；要考慮到文獻(xiàn)的證據(jù)級(jí)別比如是臨床試驗(yàn),、還是案例報(bào)道,、還是臨床前的研究。具體可參考AMP關(guān)于體細(xì)胞突變和遺傳性突變的證據(jù)強(qiáng)度劃分的指導(dǎo)意見,。

最后還應(yīng)考慮和制藥公司/醫(yī)療機(jī)構(gòu)/研究機(jī)構(gòu)的臨床試驗(yàn)盡可能對(duì)接,。

凝結(jié)數(shù)據(jù)分析和臨床注釋于一張紙的報(bào)告可以說并不容易，而且它決定了終端客戶的最終體驗(yàn),。臨床解讀報(bào)告應(yīng)當(dāng)做到簡(jiǎn)潔明了,、重點(diǎn)突變的原則，體現(xiàn)嚴(yán)謹(jǐn)而縝密的邏輯機(jī)構(gòu)，達(dá)到便于閱讀,、理解和指導(dǎo)臨床干預(yù)的目的,。