上一期給大家介紹了用Graphpadprism繪制細胞周期圖,,不知道大家學會了沒有,。今天這期小編想給大家介紹如何使用Graphpad prism繪制另外一種常用的疊加柱狀圖——物種相對豐度圖,它在微生物菌群分析中是非常常見的,話不多說,,我們先來看一下成品圖,。 接下來,就具體為大家說一下是怎么做出來的,,雖然疊加柱狀圖中帶有柱狀圖,,但本質上是聚類圖,所以應該選擇grouped,; 接下來輸入示例數據,,點擊左下角data 1; 選擇Summarydata下的第三個,,疊加柱狀圖,; 這樣就生成了一個粗略的圖,從圖中可以看出,,不同組別中不同物種的豐度,,但是文章中常用的是物種的相對豐度圖,這就體現了prism的數據處理功能了,; 首先,,我們需要把輸入的數據處理成相對豐度值,打開輸入的數據,,點擊analyze,,在彈出的對話框中將計算方法選為fraction of total(占總體的比例),點擊OK,; 接下來在彈出的對話框中,,計算方式選擇row total(按行計算),結果展示選擇percentage(以百分數的形式展示),; 這樣數據就重新進行了計算,;得到新的計算結果后,點擊左側graphs下方的newgraph,, 在彈出的對話框中選擇處理后的數據,,生成新的graph; 這樣就生成了一個粗略的相對豐度圖,; 接下來對其進行更改,,坐標軸,柱子的更改方法上期都有介紹,,這里就不一一贅述了,,更改完是這樣的; 在這里還要特別說的一點是,,通常文章中習慣將unidentified/unclassified Bacteria(未分類/為鑒定的細菌)放在底下,,這個也是可以調節(jié)的,,選擇下圖中紅框位置,可以反轉柱狀圖的堆疊順序(reverse order of data sets)以及相應的圖例順序(reverselegends order),; 這樣物種相對豐度圖就做好啦,。最后就是導出,選擇file—export,,在彈出的對話框中可以選擇保存格式,,分辨率,位置等信息,,一般文章都會要求矢量圖格式,,常用的是TIF或者JPG格式。 |
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