最近對國內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)療行業(yè)最令人興奮的就是,，國家藥品監(jiān)督管理局于7月23日頒發(fā)了意義深遠(yuǎn)的 “腫瘤NGS第一證”,，即批準(zhǔn)廣州燃石醫(yī)學(xué)的高通量檢測試劑盒 “人EGFR/ALK/BRAF/KRAS基因突變聯(lián)合檢測試劑盒（可逆末端終止測序法）”的三類醫(yī)療器械產(chǎn)品的注冊。除市場上已出現(xiàn)的針對單個基因的傳統(tǒng)技術(shù)試劑盒,，二代測序目前沒有試劑盒,。所以該產(chǎn)品成為中國首個獲得CFDA批準(zhǔn)的NGS腫瘤多基因檢測試劑盒。那么NGS檢測試劑盒和傳統(tǒng)的單基因檢測試劑盒的區(qū)別究竟是什么,？目前NGS檢測方法在精準(zhǔn)醫(yī)療的臨床應(yīng)用的價值又是什么呢,？

對于NSCLC,，目前的有效應(yīng)用靶點(diǎn)已經(jīng)擴(kuò)展到8-9種之多,，但是已進(jìn)入醫(yī)院的傳統(tǒng)技術(shù)試劑盒都是單基因的檢測試劑盒，不能滿足臨床同時檢測多基因的需求,。其次兩種基因檢測試劑盒依托的檢測方法也不一樣,，NGS檢測試劑盒是通過高通量測序，一次性的檢出其中的突變、插入缺失,、融合（重排）等不同種類的DNA變異,。而傳統(tǒng)的檢測試劑盒是通過PCR，F(xiàn)ISH等傳統(tǒng)一代檢測方法進(jìn)行單基因已知位點(diǎn)的分析,。

目前基因檢測的手段大致分為四類：PCR,，F(xiàn)ISH，基因芯片,，基因測序,。下圖比較分析這4類分子診斷方法，每個診斷方法的特點(diǎn)也梳理如下：

簡單地來說,，NGS的技術(shù)原理是基于探針捕獲的方法,，通過預(yù)先設(shè)計的探針來抓取涵蓋目標(biāo)區(qū)域的DNA片段，之后通過對這些片段所形成的文庫進(jìn)行高通量測序,，一次性檢出其中的突變,、插入缺失、融合（重排）等不同種類的DNA變異,。

與PCR等傳統(tǒng)方法相比,，NGS最大的優(yōu)勢有三點(diǎn)：

①不局限于已知的突變熱點(diǎn)，以往大家都認(rèn)為這對于耐藥階段的檢測尤為重要,，但事實(shí)上對于初診患者來說,，罕見位點(diǎn)的有效覆蓋也變得越來越有價值；

②可以進(jìn)行多基因多種變異形式的平行檢測,，隨著靶向藥物的選擇越來越多,，平行檢測替代順序檢測的模式演化會是未來的必然,；

③使得檢測數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化與深度分享更為可能,，NGS檢測對于人工判讀的依賴性遠(yuǎn)低于大多數(shù)的傳統(tǒng)方法,，而NGS數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)化的程度和其中承載的信息豐富度遠(yuǎn)勝傳統(tǒng)的分子檢測方法，這兩個特點(diǎn)的結(jié)合使得它可以更方便地在醫(yī)生間和醫(yī)院間實(shí)現(xiàn)分享,，體現(xiàn)檢測大數(shù)據(jù)對于精準(zhǔn)醫(yī)療的推動力,。

下面透過兩個案例，去體會NGS在腫瘤治療中的神奇魅力,。

2016年N Engl J Med報道了一例ALK陽性的NSCLC患者，經(jīng)歷了一代ALK抑制劑,、二代甚至到三代ALK抑制劑治療后,，竟然又回歸了一代ALK抑制劑的治療。

患者,，女,，52歲，ALK重排晚期NSCLC患者

治療過程：

● 一線克唑替尼治療，緩解18個月,。

● 腹部淋巴結(jié)活檢發(fā)現(xiàn)ALK C1156Y突變,，對克唑替尼耐藥，改用ceritinib治療,。

●使用ceritinib 5周后新發(fā)多個肝部病灶,。患者使用熱休克蛋白90抑制劑（AUY922）治療,，疾病迅速惡化,。

● 之后，使用卡鉑聯(lián)合培美曲塞治療,，緩解6個月,。

● 在化療進(jìn)展后，患者再次使用克唑替尼治療,，但是沒有反應(yīng),。

● 患者入組第三代ALK抑制劑——lorlatinib的I期研究，5周后顯示腫瘤縮小了41%,，緩解持續(xù)8個月,。隨后，CT顯示肝部病灶惡化,。

● 肝部病灶惡化后,，行肝部病灶活檢（第3次活檢）發(fā)現(xiàn)C1156Y-L1198F雙突變，且兩者突變頻率相似,，提示這兩個突變發(fā)生在同一等位基因上,，即發(fā)生在同一細(xì)胞內(nèi)。L1198F突變導(dǎo)致Lorlatinib耐藥,，但是對克唑替尼治療敏感,，患者再次接受克唑替尼治療，腫瘤迅速緩解,，肝功能恢復(fù),，腫瘤緩解長達(dá)6個月。

吳一龍教授團(tuán)隊的文獻(xiàn)報道了NSCLC患者在一代EGFR抑制劑耐藥后,，4次耐藥,，跟著4次基因檢測，不斷地在基因檢測中尋找最佳治療方式的案例,。這是第一次在非小細(xì)胞肺癌患者中檢測到MET基因的D1231Y突變,。

該患者，女性,，44歲,，IV期肺腺癌

治療過程：

●第一次基因檢測發(fā)現(xiàn)L858R突變,，一線使用吉非替尼治療，

●進(jìn)展后,，第二次基因檢測發(fā)現(xiàn)T790M突變,，換用奧希替尼治療，緩解持續(xù)19個月,，然后出現(xiàn)右腎上腺轉(zhuǎn)移進(jìn)展而耐藥,。

●第三次基因檢測即液體活檢，發(fā)現(xiàn)MET基因擴(kuò)增突變,，伴有EGFR基因L858R,、T790M突變，所以采用奧希替尼聯(lián)合克唑替尼（250mg,，每天兩次）治療,，患者肺部病灶獲得了部分緩解，90%的腹膜后淋巴結(jié)和右腎上腺也減小,。但3個月后,，病情復(fù)發(fā)， CT掃描顯示右腎上腺病灶增大,，雙側(cè)肺部和腹膜后淋巴結(jié)增多,，伴有胸腔積液增加。

●患者接受了第四次基因檢測,，即第二次液體活檢,，發(fā)現(xiàn)MET基因的D1228N/H，Y1230H和D1231Y突變（新的突變,，之前也未見有報道）,，伴有T790M突變?；颊唛_始使用卡博替尼（XL184,，每日80mg）聯(lián)合奧希替尼進(jìn)行治療。一周聯(lián)合用藥后,，療效顯著,，患者的呼吸困難和不適的癥狀得到緩解，可以下床活動,，胸部X光片檢查顯示左側(cè)胸腔積液減少,，雙側(cè)肺結(jié)節(jié)縮小。但是一個月后,，患者病情PD進(jìn)展,，床邊胸部X光片顯示雙側(cè)肺部有新的病變。

●第五次基因檢測,，即第三次液體活檢發(fā)現(xiàn)D1228N突變，而其他三種突變消失，D1228N突變從44%增加到65%,?？上У氖轻槍H有MET D1228N突變，如何用藥尚未得知,，期待后續(xù)治療進(jìn)展,。

1.晚期初診方案的制定需要NGS檢測

目前在肺癌NCCN指南中，針對于晚期腺癌以及部分鱗癌患者是推薦進(jìn)行基因檢測的,，一旦有有效的靶點(diǎn)突變,，特別是EGFR/ALK/ROS1，靶向治療是優(yōu)于化療及其他治療的,。而隨著基因檢測的發(fā)展,，肺癌目前的有效應(yīng)用靶點(diǎn)已經(jīng)擴(kuò)展到8-9種之多。如下表,，雖然其中并不是所有靶點(diǎn)都優(yōu)先考慮使用靶藥,，但靶藥的存在為這類患者提供了一種多樣的治療手段。靶藥高效低毒,、口服使用的優(yōu)勢也讓患者痛苦感明顯減少,。但一次性將這些靶點(diǎn)同時檢測，一代的檢測方法很難做到或流程復(fù)雜,，而NGS一個小小的panel,，一塊組織或一管血即可搞定。同時有些檢測公司提供的大型PANEL,包含幾百種基因,，基本能把目前研究的相關(guān)致病基因都檢測到,，這又大大增加了發(fā)現(xiàn)可用靶點(diǎn)的可能性。為一些不能承受放化的患者帶來希望,。還需要強(qiáng)調(diào)的一點(diǎn)是,，即使一類基因突變?nèi)鏓GFR突變，也是分不同的突變形式,，如常見突變L858R,，如罕見突變L861Q，如特殊突變20ins,，這些突變的靶藥是非常不同的,。而NGS可以廣泛檢測EGFR18-21外顯子上的所有基因，精準(zhǔn)到具體的位點(diǎn)及形式,。這是一代不可handle的,。

除此，具有EGFR突變的早期患者采用TKI靶藥術(shù)后輔助的研究也獲得陽性結(jié)果,，相信靶藥的使用空間也將逐漸增大,。

除了肺癌,，其他癌種一樣需要NGS的使用。如在靶向藥荒蕪的卵巢癌腹膜癌中,，BRCA突變是新型的也是唯一的治療性靶標(biāo),，且其在上皮性腫瘤的發(fā)生中較為頻繁，50%的高級別漿液癌都具有這類突變,。因此此類患者需積極檢測,，如果有陽性突變，靶藥PARP抑制劑如奧拉帕尼,、尼拉帕尼等即可用上,，增加一種有效的口服治療。特別在維持治療上優(yōu)勢明顯,，一般患者化療后只能維持5-6個月不復(fù)發(fā),，但如果具有BRCA突變，采用靶藥維持的,，可維持19個多月不復(fù)發(fā),，口服用藥，方便高效,。因此,，在國外（歐洲、美國等國家）著名的婦瘤權(quán)威機(jī)構(gòu)同意推薦卵巢癌,、輸卵管癌和腹膜癌都需要檢測BRCA,。而BRCA突變有一個特點(diǎn)，是散發(fā)性突變,，我們經(jīng)驗(yàn)性選取一些位點(diǎn)檢測是無法覆蓋的,，因此只有NGS二代才能做到。而意義更為廣大的是,，BRCA代表的一類DNA修復(fù)缺陷基因包含很多種,，而BRCA的突變在其他實(shí)體瘤種特別是乳腺癌、前列腺癌,、胰腺癌中都有一定的突變率,，這種源于基因形式的治療理論意義廣泛。

2.一代靶藥耐藥后的處理

小編在前天的匯總文章中《肺癌八大基因耐藥處理》中也展示了各種靶藥的耐藥處理,，而其中,，繼發(fā)耐藥突變導(dǎo)致的一代靶藥結(jié)合不穩(wěn)或無法結(jié)合位點(diǎn)是最重要的耐藥原因，因此有效的發(fā)現(xiàn)繼發(fā)突變,，采用相應(yīng)的靶藥對抗,，就能很好的逆轉(zhuǎn)。另外,，第二大原因旁路激活即其他基因突變?nèi)鏜ET,，也有很好的靶向解決之法,。因此在耐藥的關(guān)卡處進(jìn)行二次甚至三次基因檢測，廣泛精準(zhǔn)的基礎(chǔ)上發(fā)現(xiàn)繼發(fā)突變是NGS的優(yōu)勢,。

另外重要一點(diǎn)不部分患者不愿接受第二次組織穿刺,，而抽取外周血提取血液中ctDNA進(jìn)行基因檢測的NGS血檢已經(jīng)發(fā)展的非常成熟，多項(xiàng)研究證實(shí),，相比組織，NGS血檢敏感性和一致性最高(均超過70%),，敏感性也在90%以上,。而嚴(yán)格專業(yè)的質(zhì)控會讓這些指標(biāo)接近完美。

3.未來發(fā)展方向之一：動態(tài)監(jiān)測,、預(yù)測轉(zhuǎn)歸

近日,，由醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院王潔教授及燃石醫(yī)學(xué)領(lǐng)銜的前瞻性臨床研究——BENEFIT研究的成果今日在Lancet Respiratory Medicine雜志（影響因子21.466）在線發(fā)表。

研究運(yùn)用了ddPCR及NGS兩種方法對血液樣本進(jìn)行檢測,，其中NGS方法使用了燃石醫(yī)學(xué)的朗清?168基因panel,。

結(jié)果在證明血檢NGS對腫瘤治療的指導(dǎo)地位外，還證實(shí)以下兩個結(jié)論：①通過對ctDNA的定量分析發(fā)現(xiàn),，在治療后的監(jiān)控期間,，ctDNA曾經(jīng)出現(xiàn)過全陰（無法檢出）的患者，相對于ctDNA始終可見的患者,，PFS具有顯著的優(yōu)勢,；②通過基于NGS的ctDNA多基因平行檢測，可將攜帶EGFR突變的患者進(jìn)一步細(xì)分三組,，：

第1組患者僅攜帶EGFR敏感性突變,，

第2組同時具有敏感性EGFR突變和TP53、RB1,、PTEN等腫瘤抑制基因突變,，

第3組除EGFR敏感性突變還攜帶其他驅(qū)動基因變異（如MET, ERBB2, KRAS, BRAF, RET or ROS1) 和/或抑癌基因的變異(TP53, RB1, and PTEN)。

結(jié)果提示,，僅攜帶EGFR敏感性突變的患者療效最佳,，各組相應(yīng)的PFS分別為13.2 個月,9.3 個月以及4.7 個月。這意味著,，在一線EGFR突變陽性這一有明確靶向用藥策略的人群中,，基線的突變譜全景依然具有重要的臨床價值。

而,，動態(tài)的觀測基因的變化預(yù)測療效轉(zhuǎn)歸在部分患者身上也得到驗(yàn)證,。

未來NGS血檢這把利劍如何應(yīng)用讓人沖滿期待。

4.免疫治療的療效預(yù)測

隨著O藥和K藥在國內(nèi)加速上市,，免疫治療成為普通醫(yī)患可接觸的治療,，縱使神傳種種,，也非萬能藥。優(yōu)選最合適患者是不變的主題,。研究3年來,，除了PDL1這個非絕對預(yù)測指標(biāo)外，通過NGS基因檢測的腫瘤突變負(fù)荷TMB也是另一比較成熟的預(yù)后指導(dǎo)Biomarker,。TMB越高,，說明突變越多，異型抗原合成越多,，免疫細(xì)胞越能識別并活躍殺傷,。因此高TMB的患者免疫療效越好，這一現(xiàn)象被眾多試驗(yàn)均以證實(shí),。例如,，非小細(xì)胞肺癌和小細(xì)胞肺癌都有成功分層的研究結(jié)果。

而不同腫瘤其實(shí)本質(zhì)上也有TMB高低之分,，也造就了適合免疫治療和不怎么合適免疫治療的癌種之差,。

5.腫瘤治療新方向：以基因?yàn)橹敢臒o關(guān)癌種類型的用藥

小編尤記，在去年腫瘤瘋狂進(jìn)展的一年,，仍有2件研究讓大家刷了屏,。一個是K藥獲批用于具有MSI-H/dMMR的所有實(shí)體瘤患者；另一個是FDA授予entrectinib治療NTRK融合的成人和兒童實(shí)體瘤的突破性療法稱號,。雖然兩個進(jìn)展受益的人群沒有那么廣泛,，但似乎提示腫瘤界一個不爭的事實(shí)：腫瘤治療也可以不按癌種走，而按基因走,。將來這個方向的藥物研發(fā)隊伍是否會壯大,，非常期待。

由此,，我們可以看出NGS測序在腫瘤的精準(zhǔn)治療中發(fā)揮重要作用,，希望燃石的NGS檢測試劑盒可以很快涉及其他瘤種，讓更多的腫瘤患者可以獲益與此,！

福利到！

我司目前在開展肺癌在內(nèi)的多種實(shí)體瘤的靶向免疫多種臨床試驗(yàn),，有需求的患者朋友可掃碼入群參加篩選,。

另外有NGS基因檢測需求的請入基因檢測群咨詢。（同行勿入）