Bowtie官方介紹：

http://bowtie-bio./index.shtml

Bowtie是一種超快速，高效存儲(chǔ)的短reads比對(duì)工具。它以每小時(shí)超過2500萬個(gè)35 bp的讀取速度將短DNA序列（reads）與人類基因組比對(duì),。Bowtie使用Burrows-Wheeler索引對(duì)基因組進(jìn)行索引,，以使其內(nèi)存占用量較小,。

最新版本為 1.3.0 - 07/22/2020

Bowtie2官方介紹：

http://bowtie-bio./bowtie2/manual.shtml

Bowtie 2是一種超快速且內(nèi)存高效的工具,，可用于將測序讀數(shù)與長參考序列進(jìn)行比對(duì)。它特別擅長將大約50至100個(gè)字符的讀碼與相對(duì)長的（例如哺乳動(dòng)物）基因組對(duì)齊,。Bowtie 2使用FM索引（基于Burrows-Wheeler變換或BWT）對(duì)基因組進(jìn)行索引,，以保持其內(nèi)存占用空間小。Bowtie 2支持間隙對(duì)齊,，局部對(duì)齊和配對(duì)對(duì)齊,。可以同時(shí)使用多個(gè)進(jìn)程以獲得更高的對(duì)齊速度,。

最新版本為 2.4.2 - 10/07/2020

異同：

1,，Bowtie出現(xiàn)的早，所以對(duì)于測序長度在50bp以下的序列效果更好,；而對(duì)于長度在50bp以上的reads,，Bowtie2的比對(duì)更準(zhǔn)確

2，Bowtie2的對(duì)比支持gap,，而Bowtie不支持
3,，Bowtie2支持局部比對(duì)，也可以全局比對(duì),；Bowtie只支持局部比對(duì)
4,，Bowtie2對(duì)reads長度沒有上限，但是Bowtie為1000bp

5,，Bowtie2允許參考序列中含有N,，而Bowtie不允許