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如何用Graphpad Prism 8制作火山圖

 科研行星資源 2020-10-24

1.png

01

 數(shù)據(jù)預(yù)處理,。

小編用手里現(xiàn)有的組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析(因?yàn)閿?shù)據(jù)比較多,截圖只展示一部分),,首先將數(shù)據(jù)按Log2FCFDR進(jìn)行篩選,,選出顯著上調(diào)、顯著下調(diào)和差異不顯著的基因(這里篩選標(biāo)準(zhǔn)為Log2FC<-1.2>1.2,,FDR < 0.05),。

2.png

(部分原始數(shù)據(jù))

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02
數(shù)據(jù)錄入和標(biāo)準(zhǔn)化

我們將處理好的數(shù)據(jù)輸入到PrismXY表格中,做散點(diǎn)圖,。

4.png

首先將FDR值進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化,。對(duì)FDR (up),、(down)(ns)3列取對(duì)數(shù),進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化(當(dāng)然也可以在Excel表格中進(jìn)行對(duì)數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化,,在這里不贅述):點(diǎn)Analyze,,選擇Transform,對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化,。


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