介紹

腫瘤組織中的正常細(xì)胞不僅在分子研究中影響腫瘤信號,，而且在癌癥生物學(xué)中也起著重要作用,。估計包使用基因表達(dá)數(shù)據(jù)預(yù)測腫瘤組織中基質(zhì)細(xì)胞和免疫細(xì)胞的存在。

示例

首先使用通過A?ymetrix U133Plus2.0平臺從10個卵巢癌樣本中獲得的數(shù)據(jù),。它具有由17,256個基因（行）和10個樣本（列）組成的基因水平表達(dá)數(shù)據(jù),。其次，將每個微陣列平臺的不同基因數(shù)量統(tǒng)一為10,412個共同基因,。這些數(shù)據(jù)集包含的公共基因來自6個芯片平臺：

1. Affymetrix HG-U133Plus2.0

2. Affymetrix HT-HG-U133A

3. Affymetrix Human X3P

4. Agilent 4x44K (G4112F)

5. Agilent G4502A

6. Illumina HiSeq RNA sequence

該算法使用HUGO GeneSymbols或Entrez基因ID,。因此，輸入數(shù)據(jù)中的行名稱必須是基因SYMBOL或Entrez基因ID,。

最后,，計算基質(zhì)和免疫評分，分別代表腫瘤組織中基質(zhì)和免疫細(xì)胞的存在,。

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