寫在前面沒有系統(tǒng)地學(xué)過生信,，當(dāng)時靠著導(dǎo)師的“威逼”，在學(xué)長的指導(dǎo)下學(xué)了perl,，然后開始了邊學(xué)邊用的生信路程,。 回頭去看，才意識到基礎(chǔ)有多不扎實,。所以現(xiàn)在但凡遇到+解決一點小問題,，都盡量歸納整理出來。 之前用IGV去看比對情況,，直接導(dǎo)入bam文件(一個外顯子的比對文件6G左右）,，結(jié)果筆記本就卡頓了，特別不順,。當(dāng)時因為不著急,，也就沒想過要去了解變通方案。 可以將bam轉(zhuǎn)為tdf文件,。tdf文件很小,，再也不用擔(dān)心IGV卡頓了。但是tdf文件只能反映基因組每個區(qū)域的測序深度,，無法看到具體的比對情況,，適合用來check找到的peak或者CNV。 實戰(zhàn)#安裝igvtoolsconda install igvtools#remove duplicated readssamtools rmdup -s sample.bam sample.rmdup.bam samtools index sample.rmdup.bam#自定義genome的chrom.sizes文件 （根據(jù)bam的header獲得）,，這里需要根據(jù)具體的header來去除相應(yīng)的行,，僅保留染色體名稱和長度信息samtools view -H sample.rmdup.bam | awk -F '[\t:]' '{print $3'\t'$5}' | grep -v 'coordinate' | grep -v 'bwa' | grep -v 'SAM' >mm10.chrom.sizescp mm10.chrom.sizes /root/miniconda2/share/igvtools-2.3.93-0/genomes/#從bam生成tdfigvtools count -z 5 -w 10 -e 0 sample.rmdup.bam sample.tdf mm10 #-w The window size over which coverage is averaged. Defaults to 25 bp.#The count command computes average feature density over a specified window size across the genome.#The input file must be sorted by start position. See the sort command below.#會調(diào)用 /root/miniconda2/share/igvtools-2.3.93-0/genomes/mm10.chrom.sizes 文件,，需要chrom名字對應(yīng)導(dǎo)入樣本的tdf文件：File >>> Load from file Note : 如果發(fā)現(xiàn)一片空白，好像啥都沒有,，不要心慌,。可能只是顯示了全基因組,，信息太多沒顯示出來,，選擇其中一條染色體，也就是縮小顯示范圍,，就能看到希望的柱子了,。O(∩_∩)O哈哈~ |
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