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我在前面的推文中詳細(xì)的介紹了使用ggplot2包繪制生存曲線，雖然R中g(shù)gplot2包繪制出來(lái)的圖形很優(yōu)美,，但是基礎(chǔ)繪圖函數(shù)也不差,。 今天使用基礎(chǔ)繪圖包來(lái)繪制KM生存曲線。 需要的包為：survival包和基礎(chǔ)繪圖包,。 加載數(shù)據(jù)集使用survival包的lung數(shù)據(jù)集,，運(yùn)行以下代碼加載數(shù)據(jù)： install.packages("survival") # 安裝包library(survival) # 加載包data(lung) # 加載數(shù)據(jù)集View(lung) # 預(yù)覽數(shù)據(jù)集names(lung) # 輸出數(shù)據(jù)框變量名稱(chēng)
數(shù)據(jù)集中變量介紹見(jiàn)常用內(nèi)置數(shù)據(jù)集介紹。 創(chuàng)建生存對(duì)象R中使用Surv()函數(shù)創(chuàng)建生存對(duì)象,。 attach(lung)Surv(time, status)# 或 with(lung, Surv(time, status)) 等效
上圖為輸出的生存對(duì)象,；帶"+"號(hào)表示為右刪失數(shù)據(jù)。 is.Surv(x) # 可判斷x是否為生存對(duì)象
擬合曲線library(survival)fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)fit # 可輸出部分信息
summary(fit) # 查看擬合對(duì)象的詳細(xì)信息# 結(jié)果太長(zhǎng),，貼部分?jǐn)?shù)據(jù),。
圖中的survival為生存函數(shù)在生存時(shí)間點(diǎn)處的KM估計(jì)值。同時(shí)輸出結(jié)果還給出了估計(jì)的標(biāo)準(zhǔn)誤差和95%置信區(qū)間,。 繪制生存曲線使用survival包中plot.survfit()函數(shù)用來(lái)繪制生存曲線 繪制簡(jiǎn)易圖形plot(fit)
添加置信區(qū)間plot(fit, conf.int = T) # 實(shí)線為生存曲線,，虛線為置信區(qū)間,，默認(rèn)繪制95%,。# plot(fit, conf.int = 0.99) # 為數(shù)字，表示繪制99%置信區(qū)間
添加刪失點(diǎn)plot(fit, conf.int = T, mark.time = TRUE)
修改刪失點(diǎn)符號(hào)類(lèi)型和大小plot(fit, conf.int = T,
mark.time = TRUE, pch = c(1,2), cex=2)
設(shè)置曲線顏色,、線寬,、軸標(biāo)簽plot(fit, conf.int = T,
col = c("#e42c64","#2C2C2C"),
lwd = 2,
xlab = "follow-up time", # 設(shè)置x軸標(biāo)簽
ylab = "Survival probability", # 設(shè)置y軸標(biāo)簽
main = "KM curve") # 設(shè)置圖形標(biāo)題
添加圖例,、p值legend(800, 0.8, c("Male", "Female"),
lwd = 2, lty = 1,
col = c("#e42c64","#2C2C2C")) # 設(shè)置圖例坐標(biāo)和標(biāo)簽
生存率的比較見(jiàn)這篇生存率的比較,。
這里就不計(jì)算了，假設(shè)p值為0.001,。 text(200,0.2,"p-value = 0.001")
至此，圖形基本繪制完成了,，還有一些細(xì)節(jié)方面可以參考基礎(chǔ)繪圖函數(shù)的圖形參數(shù)來(lái)設(shè)置,。 Surv()函數(shù)Surv(time, time2, event,
type=c('right', 'left', 'interval', 'counting', 'interval2', 'mstate'),
origin=0)is.Surv(x) # 判斷x是否為生存對(duì)象
time：# 對(duì)于右刪失數(shù)據(jù)，time表示隨訪時(shí)間,；對(duì)于區(qū)間數(shù)據(jù),，time表示事件起始時(shí)間。event：# 生存狀態(tài),，多以0/1,、1/2或FALSE/TRUE來(lái)表示刪失/死亡,；對(duì)于區(qū)間刪失數(shù)據(jù),，一般用0/1/2/3表示右刪失/事件時(shí)間/左刪失/區(qū)間刪失,；# 對(duì)于多個(gè)終點(diǎn)數(shù)據(jù),，event變量是一個(gè)因子變量，第一個(gè)水平認(rèn)為是刪失,。 time2：# 區(qū)間的結(jié)束時(shí)間僅用于區(qū)間刪失或計(jì)數(shù)過(guò)程數(shù)據(jù)，區(qū)間為左開(kāi)右閉區(qū)間(start, end),對(duì)于區(qū)間刪失數(shù)據(jù),，time2表示事件結(jié)束時(shí)間；# 對(duì)計(jì)數(shù)過(guò)程,，event指標(biāo)用來(lái)表示區(qū)間右端事件是否發(fā)生,。type：# 字符串變量，用來(lái)指定刪失的類(lèi)型,，可能的取值有：right/left表示右/左刪失,；counting表示計(jì)數(shù)過(guò)程；# interval/interval2表示區(qū)間刪失,；還有一個(gè)mstate類(lèi)型。origin：# 適用于計(jì)數(shù)過(guò)程,，用以給定風(fēng)險(xiǎn)函數(shù)的初值。
當(dāng)type參數(shù)沒(méi)有設(shè)定時(shí),，將按以下規(guī)則定義type參數(shù)： 如果有兩個(gè)未命名的參數(shù)，將按time,、event順序匹配,； 如果有三個(gè)未命名的參數(shù),，將按time,、time2和event的順序進(jìn)行匹配； 如果event變量是一個(gè)因子變量,，設(shè)定type類(lèi)型為mstate,；如果沒(méi)有time2參數(shù)，則type類(lèi)型為右刪失
attach(heart)Surv(start, stop, event)
輸出的生存對(duì)象為區(qū)間形式。 刪失可細(xì)分為左刪失(left censored),、區(qū)間刪失(interval censored)和右刪失(right censored)3類(lèi)。
如果只知道感興趣終點(diǎn)事件會(huì)在目前知曉時(shí)間(如截至?xí)r間,、失訪時(shí)間、死于其他疾病時(shí)間）之前發(fā)生,，則稱(chēng)為左刪失；
如果只知道感興趣終點(diǎn)事件會(huì)在某一區(qū)間內(nèi)發(fā)生,，則稱(chēng)為區(qū)間刪失,；
如果只知道感興趣終點(diǎn)事件會(huì)在知曉時(shí)間之后發(fā)生,，則稱(chēng)為右刪失,。
右刪失在實(shí)際工作中最常見(jiàn)，即大多數(shù)情況下獲得的刪失個(gè)體生存時(shí)間應(yīng)該比知曉的時(shí)間更長(zhǎng),。采用“+”號(hào)表示個(gè)體為右刪失,。
plot.survfit()函數(shù)plot(x, conf.int=, mark.time=FALSE,
pch=3, col=1, lty=1, lwd=1, cex=1, log=FALSE, xscale=1, yscale=1,
xlim, ylim, xmax, fun,
xlab="", ylab="", xaxs="r", conf.times, conf.cap=.005,
conf.offset=.012,
conf.type = c("log", "log-log", "plain", "logit", "arcsin"),
mark, noplot="(s0)", cumhaz=FALSE,
firstx, ymin, ...)
置信區(qū)間x：survfit函數(shù)擬合的生存對(duì)象; conf.int：確定是否添加置信區(qū)間，輸入TRUE,，則默認(rèn)繪制 95% 置信區(qū)間；# 輸入數(shù)字 0.99,繪制 99% 置信區(qū)間## 置信條conf.times：一個(gè)數(shù)字向量,，指定在x軸上某時(shí)間點(diǎn)顯示置信條,，如果指定了向量，則將使用向量中的值代替置信區(qū)間,。
conf.cap：置信條頂部的水平帽的寬度；僅在conf.times有效時(shí)使用,；1表示繪圖區(qū)域的寬度
conf.offset：當(dāng)圖上有多條曲線時(shí)，置信條的偏移度,；1表示圖形區(qū)域的寬度；
如果為單個(gè)數(shù)字,，表示每個(gè)曲線條從先前曲線條的偏移度；如果為向量,，則設(shè)置每條曲線的偏移度。
conf.type：默認(rèn)log,，不能使用縮寫(xiě)，要使用全稱(chēng),。包括以下四種：# plain表示不給出置信區(qū)間# log表示基于累計(jì)風(fēng)險(xiǎn)或log(survival)計(jì)算區(qū)間,；# log-log基于log風(fēng)險(xiǎn)或log(-log(survival))計(jì)算區(qū)間# logit基于log(survival/(1-survival)))計(jì)算區(qū)間,；
刪失點(diǎn)mark.time：是否添加刪失點(diǎn)標(biāo)簽,；為FALSE，不繪制標(biāo)簽,；為TRUE,，在每一個(gè)刪失時(shí)間點(diǎn)繪制標(biāo)簽,。
如果mark.time為指定時(shí)間點(diǎn)的數(shù)字向量，則在曲線上指定時(shí)間點(diǎn)添加刪失點(diǎn)標(biāo)簽,。## 刪失點(diǎn)的符號(hào)pch：為單個(gè)數(shù)字,，則所有曲線刪失點(diǎn)符號(hào)類(lèi)型一樣,；
為一字符向量，則根據(jù)向量中的值按順序更改曲線上刪失點(diǎn)的符號(hào)類(lèi)型,；
單個(gè)字符串如abcd可視為c("a","b","c","d");如果向量的長(zhǎng)度小于曲線的條數(shù),，則循環(huán)使用向量直至補(bǔ)齊。
mark：pch的曾用名,。
noplot:對(duì)于多狀態(tài)模型，曲線的刪失點(diǎn)不會(huì)繪制,。
## 刪失點(diǎn)的大小cex：為單個(gè)數(shù)字，則指定刪失點(diǎn)的大小,，所有標(biāo)記的大小相同；
表示為向量,，則按向量中的值分別修改刪失點(diǎn)的大小。
圖形參數(shù)## 設(shè)置線條顏色,、類(lèi)型、線寬col：一個(gè)整數(shù)向量,，用來(lái)指定曲線的顏色,，默認(rèn)為1,。
lty：一個(gè)整數(shù)向量，用于指定每條曲線的線型,。默認(rèn)為1。
lwd：一個(gè)數(shù)字向量,，用來(lái)指定線條寬度,，默認(rèn)為1,。## 設(shè)置坐標(biāo)軸范圍、標(biāo)簽xlim,ylim：設(shè)置x軸和y軸坐標(biāo)軸范圍,；
ymin：y軸最小值，通常作為ylim參數(shù)的一部分,。
firstx：x軸起始點(diǎn)，通常作為xlim參數(shù)的一部分,。
xmax：設(shè)置水平坐標(biāo)軸的最大值；在繪制曲線之前縮短曲線,，因此和xlim參數(shù)不同，不會(huì)產(chǎn)生超出坐標(biāo)軸范圍的警告信息.
xlab：設(shè)置x軸標(biāo)簽
ylab：設(shè)置y軸標(biāo)簽## 設(shè)置坐標(biāo)軸顯示標(biāo)簽xscale：與yscale類(lèi)似,，給定數(shù)字365.25將以年為單位而不是原來(lái)的日期。
yscale：一個(gè)數(shù)字,，用來(lái)乘以y軸上的標(biāo)簽，用來(lái)改變y軸標(biāo)簽顯示方式,，但不改變實(shí)際繪圖坐標(biāo)的意義；
比如說(shuō)y軸上的標(biāo)簽為0%-100%,，將標(biāo)簽乘以100，得到標(biāo)簽為0-100的顯示方式,。
log：邏輯詞,，為TRUE,，則y軸將變換為對(duì)數(shù)坐標(biāo)軸；或者指定"x","y",或"xy"將分別變換x軸,、y軸或xy軸為對(duì)數(shù)坐標(biāo)軸## 設(shè)置置信區(qū)間
生存曲線轉(zhuǎn)換函數(shù)fun：定義生存曲線轉(zhuǎn)換的函數(shù),；使用字符參數(shù)來(lái)指定5個(gè)常見(jiàn)的轉(zhuǎn)換函數(shù)：# "S"繪制常見(jiàn)的生存曲線,；# "log"繪制對(duì)數(shù)生存曲線,但是坐標(biāo)軸標(biāo)簽為log(S)值,與log=T等效,；# "event"或"F"繪制empirical CDF F(t)= 1-S(t)(f(y) = 1-y),；# "cloglog"創(chuàng)建一個(gè)互補(bǔ)的log-log生存圖。# "cumhaz"繪制累積風(fēng)險(xiǎn)函數(shù),。cumhaz：邏輯詞,，為TRUE,，則繪制累積風(fēng)險(xiǎn)曲線。
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