清軍占領(lǐng)昆明和云南大部分地區(qū)以后,，清廷和前線統(tǒng)軍大帥在順治十六年五,、六月間反復(fù)研究是否出兵緬甸捉回永歷帝朱由榔。由于路途艱險(xiǎn),，云南地方破壞很大,，籌集糧草非常困難，滿洲兵將又不適應(yīng)當(dāng)?shù)貧夂?，寧南靖寇大將軍羅托,、安遠(yuǎn)靖寇大將軍多尼、征南將軍趙布泰等都不愿擔(dān)此重任,，希望早日班師回京休息,。

因此，清廷兵部會(huì)商的意見是由多尼下固山額真宜爾德留鎮(zhèn)省會(huì)昆明,，讓平西王吳三桂為統(tǒng)帥,，以漢軍和綠營(yíng)兵為主，會(huì)同固山額真卓羅帶領(lǐng)的少數(shù)滿洲兵一道進(jìn)軍緬甸,。六月初二日經(jīng)清廷批準(zhǔn),，命經(jīng)略洪承疇部署具體進(jìn)軍事宜。

1660年（順治十七年，永歷十四年）,，清廷命吳三桂留鎮(zhèn)云南,，總管該省軍民事務(wù)。吳三桂大權(quán)在握,，一心想繼承明代沐氏家族世鎮(zhèn)云南的地位,。據(jù)說，他在經(jīng)略洪承疇回朝復(fù)命之前曾經(jīng)請(qǐng)教“自固之策”,，承疇回答道：“不可使滇一日無事也,。”“三桂頓首受教”,。

吳三桂既以“云南王”自居,，就極力主張用兵掃滅逃入緬甸的永歷帝和南明在云南一帶的殘余勢(shì)力。清廷本意認(rèn)為永歷帝逃入緬甸,，李定國(guó),、白文選等避入邊境土司，不過是爝火余燼,，無妨大局,，可以任其自生自滅。特別是連年用兵,，財(cái)政困難,，要想出動(dòng)大批軍隊(duì)征討邊遠(yuǎn)地區(qū),，兵員,、糧餉都難以為繼，因此并不熱心,。吳三桂出于自身利益考慮,，一再上疏力主用兵。

吳三桂在疏中還具體講述了計(jì)劃進(jìn)軍所需要的兵員和輔助人員,，總數(shù)為“通計(jì)大兵,、綠旗兵、投誠(chéng)兵,、土司倮及四項(xiàng)苦特勒約共十萬余口”,，兵餉總額“大約此舉共得銀二百二三十萬余兩，乃可以告成事,，雖所費(fèi)如此,，然一勞永逸宜無不可也”。

這件有名的“三患二難”疏是吳三桂借清廷之箸為自己謀畫,，說服清廷決策進(jìn)軍邊境,，迫使緬甸國(guó)王送出永歷帝。后來，吳三桂等發(fā)動(dòng)三藩之變時(shí),，清廷打出的一張王牌正是把吳三桂這件奏疏內(nèi)容公之于眾,，使吳三桂難以擁立一位朱明宗室為傀儡號(hào)召天下，在政治上處于被動(dòng)地位,。

這倒是吳三桂始料所不及的,，也說明他本意不過是想在清廷統(tǒng)治下保有在云南的世襲地位而已。就當(dāng)時(shí)的形勢(shì)分析,，吳三桂主張的“一勞永逸”確實(shí)符合清朝統(tǒng)治的穩(wěn)定,，只要永歷帝及其太子尚存，西南邊境,、東南沿海,、夔東山區(qū)的抗清武裝以及清統(tǒng)治區(qū)內(nèi)的復(fù)明勢(shì)力在心理上就有所歸依，還存在一線復(fù)興希望,?！?/p>

　四月三十日，清廷經(jīng)議政王,、貝勒,、大臣會(huì)議后，同意吳三桂相應(yīng)進(jìn)剿,，由戶部撥給兵餉三百三十萬兩,。為了慎重起見，順治帝派學(xué)士麻勒吉,、侍郎石圖前往云南,，同吳三桂面商機(jī)宜。到這年八月十八日清廷終于決定采納吳三桂的意見,，任命內(nèi)大臣,、公愛星阿為定西將軍，率領(lǐng)八旗兵由北京前往云南,，會(huì)同吳三桂進(jìn)兵緬甸捉拿永歷帝,，同時(shí)徹底摧毀西南邊陲的抗清勢(shì)力?！　?/p>

緬甸當(dāng)局態(tài)度的轉(zhuǎn)變,，也給清廷以可趁之機(jī)。朱由榔帶領(lǐng)隨從進(jìn)入緬甸時(shí),，他們對(duì)南明朝廷多少持有善意,。后來看到清朝的統(tǒng)治已經(jīng)基本穩(wěn)定，不愿因?yàn)槭樟裟厦髁魍稣?quán)開罪于中國(guó)的實(shí)際統(tǒng)治者,。李定國(guó),、白文選一再進(jìn)兵緬甸救主,，弄成雙方兵戎相見，緬甸當(dāng)局從維護(hù)本國(guó)利益出發(fā),，決定轉(zhuǎn)而配合清兵,，消滅殘明勢(shì)力，以便保境安民,。

1661年（順治十八年）正月初六日,，緬甸國(guó)王莽達(dá)喇派遣使者來到云南，提出以交出永歷帝為條件請(qǐng)清軍合攻李定國(guó),、白文選部明軍,。吳三桂認(rèn)為“雖機(jī)會(huì)甚佳，而時(shí)序已過”,，不便出動(dòng)大軍,，玩弄策略，只命永昌,、大理守邊兵至境上“大張旗鼓,，號(hào)作先鋒”，虛張聲勢(shì)借以牽制緬甸當(dāng)局不要把永歷帝送交李定國(guó),、白文選軍,。

順治十七年（1660年）八月，在平西王吳三桂的請(qǐng)求下,，清廷決定出兵緬甸,，迫使交出明永歷皇帝，并且摧毀在云南邊境地區(qū)繼續(xù)抗清的李定國(guó)軍,。內(nèi)大臣一等公愛星阿被任為定西將軍,，率領(lǐng)滿洲兵馬赴滇，同吳三桂一道負(fù)責(zé)進(jìn)軍事宜,。

次年（1661年）四月,，愛星阿軍至貴陽,，喂馬十天后向云南進(jìn)發(fā),。八月二十四日，吳三桂,、愛星阿部署滿,、漢兵由昆明分兩路西進(jìn)。十一月初九日,，吳三桂所遣總兵馬寧,、副都統(tǒng)石國(guó)柱以及降將祁三升、馬寶,、高啟隆,、馬惟興等由姚關(guān)推進(jìn)到木邦,。

吳三桂、愛星阿致書緬甸國(guó)王,，要求交出永歷君臣,。清方記載中說：“偽晉王李定國(guó)先奔景線，偽鞏昌王白文選遁據(jù)錫波,，憑江為險(xiǎn),。官兵自木邦晝夜行三百余里，臨江造筏將渡,。白文選復(fù)奔茶山,。吳三桂、愛星阿遣總兵官馬寧等率偏師追之,，自領(lǐng)大軍直趨緬城,。先遣人傳諭緬酋，令執(zhí)送偽永歷朱由榔,，否則兵臨城下,，后悔無及?！?/p>

順治十八年十二月初一日,，清軍迫近緬甸阿瓦，緬甸國(guó)王大驚,，決定送出朱由榔父子以避免本國(guó)卷入明,、清之戰(zhàn)。劉健記載：“十二月朔,，三桂至舊晚坡,。緬相錫真約我兵往迎永歷。錫真持貝葉緬文納款,，譯其文有：愿送永歷出城,，但求退兵扎錫坡，等語,。蓋恐大兵襲其城也,。”

初二日未時(shí),，一隊(duì)緬甸士兵突然來到永歷住地,，口稱：“中國(guó)有兵來近城，我國(guó)發(fā)兵由此抵?jǐn)?，宜速移去,。”說完,，七手八腳把朱由榔連同座椅抬起就走,，另外備轎供太后,、皇后乘用，太子朱慈烺和其他隨從一并起行,。在緬兵押送下陸行五里即抵河岸,，戌時(shí)渡河，只聽見對(duì)岸兵馬往來,，人聲嘈雜,，也不知道是誰家兵馬。

清軍先鋒噶喇昂邦擔(dān)心永歷帝室得知實(shí)情可能在渡河時(shí)投水自盡,，事先安排了不久前降清的鐵騎前營(yíng)武功伯王會(huì)到河邊等候,，永歷座船抵岸時(shí)，他即上前拜見,，自稱奉晉王李定國(guó)之命特來迎駕,。朱由榔還蒙在鼓里，對(duì)王會(huì)慰勞有加,。直到王會(huì)把永歷一行人送入清軍營(yíng)中,，朱由榔才發(fā)覺上當(dāng)，憤慨不已,，斥責(zé)王會(huì)的叛賣行徑,。王會(huì)內(nèi)心有愧，無言而退,。

康熙元年（1662年）三月十二日,，清廷以擒獲永歷帝詔告天下，詔書中說：“念永歷既獲,，大勛克集,。士卒免征戍之苦，兆姓省挽輸之勞,。疆圍從此奠安,，閭闔獲寧干止。是用詔告天下,，以慰群情,。”五月,，吳三桂因擒獲朱由榔有功,，進(jìn)封為親王,?！　?/p>

在清廷詔告全國(guó)的同一天，朱由榔和他的眷屬被押回云南昆明,。昆明城中許多百性眼見皇帝蒙難,，不免黯然神喪,。當(dāng)時(shí)一個(gè)目擊者說：“永歷之自緬歸也，吳三桂迎入,，坐輦中,。百姓縱觀之，無不泣下沾襟,。永歷面如滿月,，須長(zhǎng)過臍，日角龍顏,，顧盼偉如也,。”⑤清軍把朱由榔一家圈禁在世恩坊原崇信伯李本高宅內(nèi),。

吳三桂等人認(rèn)為如果押解赴京獻(xiàn)俘,，路途遙遠(yuǎn)，恐怕發(fā)生意外,，建議就地處決,，得到清廷核準(zhǔn)。四月二十五日,，朱由榔,、朱慈烺和國(guó)戚王維恭的兒子被處死。據(jù)記載,，行刑前吳三掛主張拖出去砍頭,，滿洲將領(lǐng)不贊成，愛星阿說：“永歷嘗為中國(guó)之君,，今若斬首,，未免太慘，仍當(dāng)賜以自盡,，始為得體”,；安南將軍卓羅也說：“一死而已，彼亦曾為君,，全其首領(lǐng)可也,。”

于是,，吳三桂把朱由榔父子和王維恭子抬到門首小廟內(nèi),，用弓弦勒死。隨即命昆明知縣聶聯(lián)甲帶領(lǐng)員役搬運(yùn)柴薪把三人棺木焚化于北門外,。次日,，清兵至火化處拾取大骨攜回作證。云南人民不忘故主,，以出城上墳為借口,，尋得未燼小骨葬于太華山,。南明最后一帝至此煙消云散。