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如何用RNA結(jié)合蛋白思路一月之內(nèi)連發(fā)3篇純生信SCI,IF累計過10,?

 昵稱69125444 2020-04-10

第一篇:Development and validation of a RNA binding protein-associated prognostic model for lung adenocarcinoma,2020年2月發(fā)表在Aging雜志上,,影響因子5.515。

第二篇:Integrated Analysis of the Functions and Prognostic Values of RNA Binding Proteins in Lung Squamous Cell Carcinoma,,2020年3月發(fā)表在Front Genet雜志上,,影響因子3.517,。

第三篇:Integrated analysis of the roles and prognostic value of RNA binding proteins in lung adenocarcinoma,,2020年2月發(fā)表在PeerJ雜志上,,影響因子2.353,。

三篇文章均出自一人之手,影響因子之和大于10分,!下面讓我們一起看一下三篇文章的異同點(diǎn)以及高分文章與低分文章的區(qū)別。

術(shù)語

RBPs:RNA結(jié)合蛋白,,是一類伴隨RNA的調(diào)控代謝過程,與RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)的總稱,。RBP伴隨RNA生命始終,可以不夸張的說:沒有RBP,,RNA寸步難行。其主要作用是介導(dǎo)RNA的成熟,、轉(zhuǎn)運(yùn),、定位和翻譯;一個RBP可能存在多種靶標(biāo)RNA,;且其表達(dá)缺陷會造成多種疾病。

LUSC:肺鱗癌

LUAD:肺腺癌

相同點(diǎn)

三篇文章大致研究思路是相同的,。首先,從之前發(fā)表的相關(guān)文章中的得到1542個RBPs,,利用TCGA肺癌的RNA-seq數(shù)據(jù)得到差異表達(dá)基因,,差異表達(dá)基因與RBPs的交集為差異表達(dá)的RBPs,對其進(jìn)行GO和KEGG的富集分析(基因數(shù)目大于5且p<0.05被認(rèn)為是具有統(tǒng)計學(xué)意義的),。然后,,利用SRTRING數(shù)據(jù)庫和cytoscape軟件對這些差異表達(dá)RBPs構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),通過cytoscape軟件里的MCODE插件獲得關(guān)鍵模塊和關(guān)鍵基因,。最后,對關(guān)鍵基因進(jìn)行預(yù)后模型的構(gòu)建,,并對模型進(jìn)行驗證,并利用HPA在線數(shù)據(jù)庫去探索關(guān)鍵基因的翻譯水平,。

不同點(diǎn)

三篇文章的研究流程如下圖所示

第一篇文章的流程圖

第二篇文章的流程圖

第三篇文章流程圖

第一篇與第三篇文章都是研究肺腺癌(TCGA-LUAD的524個疾病樣本和59個正常樣本),,第二篇研究的是肺鱗癌(TCGA-LUSC的501個疾病樣本和49個正常樣本)。

類似于第三篇這樣2分多的文章,,思路比較簡單,,只是對肺腺癌差異表達(dá)的RBPs進(jìn)行了功能富集分析,、PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建,、單因素多因素cox回歸和突變與拷貝數(shù)變異分析;

而至于第二篇這樣3分多的文章,,在上述分析方法的基礎(chǔ)上,,加入了Lasso回歸分析,、列線圖的構(gòu)建與驗證(ROC曲線、對數(shù)秩檢驗),,可以說是對關(guān)鍵的RBPs進(jìn)行了更深層次的分析,新加入的這些分析方法可以使文章的影響因子增加1分左右;

對于第一篇影響因子5分的文章則是在第二篇文章的基礎(chǔ)上又加入了對單因素具有顯著意義的關(guān)鍵基因進(jìn)行KM生存分析,,并對列線圖里的核心基因進(jìn)行了KM曲線的繪制,。相比較第二篇而言,并沒有增加多少數(shù)據(jù)量,。至于比第二篇能多發(fā)2分,我想在故事描述上可能更全面,,另一方面也跟雜志喜好和投稿運(yùn)氣有關(guān)。

我們不難發(fā)現(xiàn),,高分文章的分析方法都比較全面,像第一篇這樣,,常見的預(yù)測模型分析方法文章都有所涉及(KM生存分析,、單因素多因素cox回歸分析、Lasso回歸分析,、ROC曲線分析,富集分析,、列線圖)。而低分文章的分析方法往往比較精簡(第二篇),。還有一個tip,如果你覺得自身的數(shù)據(jù)量可以發(fā)3分,,建議先投4分或者更高試一試,說不定你的分析能夠被某位雜志編輯青睞,。當(dāng)然,,我們更建議針對自身文章內(nèi)容有著清晰的定位,爭取一投擊中,不浪費(fèi)過多時間,。

結(jié)語

通過上述這三篇文章,,我們不僅可以學(xué)到如何實(shí)現(xiàn)一個思路發(fā)多篇文章,還可以看到高分文章與低分文章的差距在哪里,,這對我們設(shè)計課題具有一定的指導(dǎo)意義。文章的方法越全面,,往往可以越有機(jī)會成為高分的文章,所以我們在今后構(gòu)思文章時應(yīng)盡可能的讓分析更加全面,,這樣才有助于我們發(fā)表更高分的文章!

后臺準(zhǔn)確回復(fù):3篇,,獲取三篇文章原文。

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