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DNA的半保留復(fù)制與復(fù)制子

 lcy1971 2020-02-04

DNA復(fù)制(replication)是遺傳的物質(zhì)基礎(chǔ),,也是細(xì)胞分裂的前提條件,,對(duì)于生物的生長(zhǎng)和繁殖十分重要。關(guān)于DNA復(fù)制的基本機(jī)制,,即半保留復(fù)制(semi-conservative replication),,沃森和克里克在1953年5月就已經(jīng)根據(jù)DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)提出(Nature. 1953),與其發(fā)表雙螺旋模型論文僅隔一個(gè)月,。

1958年,,加州大學(xué)的梅塞爾森(Meselson M)和斯塔爾(Stahl FW)用重同位素15N標(biāo)記大腸桿菌的親代DNA,在輕培養(yǎng)基中復(fù)制后,,再用密度梯度離心分離,,證實(shí)了DNA的半保留復(fù)制機(jī)制,。

半保留復(fù)制模型。Proc Natl Acad Sci U S A. 1958

1963年凱恩斯(John Cairns)用放射自顯影技術(shù)直接觀察到了復(fù)制中DNA的圖像,,進(jìn)一步證實(shí)了半保留復(fù)制機(jī)制,。大腸桿菌DNA在氚標(biāo)記的胸苷中復(fù)制近兩代,然后進(jìn)行放射自顯影,,未復(fù)制部分銀密度低,,由一條放射鏈和一條非放射鏈組成;已復(fù)制部分有一條雙鏈?zhǔn)欠派涞?,一條雙鏈有一半是放射的(J Mol Biol. 1963),。

這個(gè)實(shí)驗(yàn)同時(shí)證實(shí)了當(dāng)時(shí)對(duì)大腸桿菌基因組呈環(huán)狀排列的推測(cè)。因?yàn)橛^察到的環(huán)狀染色體的DNA呈θ狀,,所以后來對(duì)環(huán)狀DNA的半保留復(fù)制稱為θ型復(fù)制,。

原核生物多數(shù)采用θ型復(fù)制,但也有一些特殊的單向復(fù)制方式,,如噬菌體φX174就采用滾環(huán)復(fù)制(rolling circle replication):其DNA是環(huán)狀單鏈分子,,復(fù)制時(shí)先形成雙鏈,再將正鏈切開,,將5’連接在細(xì)胞膜上,,從3’延長(zhǎng),滾動(dòng)合成出新的正鏈,。某些質(zhì)粒采用滾環(huán)復(fù)制,,線蟲的線粒體DNA也采用這種復(fù)制方式(下圖A)。

無(wú)脊椎動(dòng)物線粒體DNA的復(fù)制,。Enzymes. 2016

線粒體DNA(mtDNA)的復(fù)制有多種方式,,取代環(huán)(D環(huán))是較常見的一種。脊椎動(dòng)物mtDNA的互補(bǔ)鏈由于其獨(dú)特的堿基組成而被稱為重鏈(H)和輕鏈(L),,其復(fù)制起點(diǎn)不同(稱為OH和OL),。所以兩條鏈的復(fù)制是不對(duì)稱的,,重鏈先復(fù)制,,輕鏈保持單鏈而被取代,呈D環(huán)形狀,。當(dāng)OL露出后輕鏈才開始復(fù)制,。

其實(shí)脊椎動(dòng)物mtDNA的復(fù)制也有不同的模式,除傳統(tǒng)的D環(huán)(也稱為鏈取代,,strand-displacement)模式外,,還有中間生成RNA的RITOLS / bootlace模式和雙鏈同時(shí)復(fù)制的鏈結(jié)合(strand-coupled)模式(Enzymes. 2016)。

脊椎動(dòng)物線粒體DNA的復(fù)制,。Enzymes. 2016

基因組中能獨(dú)立進(jìn)行復(fù)制的區(qū)域稱為復(fù)制子(replicon),。原核生物是單復(fù)制子,,即整個(gè)基因組作為一個(gè)復(fù)制單位。真核生物是多復(fù)制子,,將基因組分成多個(gè)區(qū)域分別復(fù)制,。這樣可以加快復(fù)制速度,所以真核生物基因組雖然比原核生物大很多,,但最終的復(fù)制時(shí)間仍在同一數(shù)量級(jí),。

原核與真核生物的復(fù)制起始模型。PLoS Genet. 2019

1963年,,F(xiàn)rancois Jacob和Sydney Brenner提出了復(fù)制子模型來解釋DNA的復(fù)制機(jī)制,。復(fù)制子模型包含兩個(gè)特定的組件:起始蛋白(initiator)和復(fù)制基因(replicator)。復(fù)制基因是順式元件,,即DNA中的一段特定序列,;起始蛋白是反式因子,可以識(shí)別并結(jié)合復(fù)制基因,,從而啟動(dòng)復(fù)制過程,。

復(fù)制基因中開始復(fù)制的序列稱為復(fù)制起點(diǎn)(origin of replication)。大腸桿菌的復(fù)制起點(diǎn)稱為oriC,。從理論上說,,復(fù)制起點(diǎn)是復(fù)制基因的一部分,不過這兩個(gè)詞也經(jīng)?;煊?。

大腸桿菌復(fù)制起點(diǎn)結(jié)構(gòu)。Front Microbiol. 2017

復(fù)制子假說得到許多研究結(jié)果的支持,,也可以用來解釋很多實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象,,比如質(zhì)粒的不相容性:具有相同復(fù)制起點(diǎn)的質(zhì)粒需要相同的起始蛋白,競(jìng)爭(zhēng)會(huì)影響其正常復(fù)制,。

不同生物的具體復(fù)制機(jī)制有很大差別,,但大體過程相同,都是識(shí)別起點(diǎn)-加載解旋酶-組裝復(fù)制體,。下圖為真核生物,、細(xì)菌、古細(xì)菌(archaea)和病毒的復(fù)制起始過程,。

不同生物的復(fù)制起始,。Curr Opin Struct Biol. 2018

有些生物的復(fù)制還有終止點(diǎn)(terminus)。大腸桿菌的復(fù)制終點(diǎn)稱為tus,,含有23 bp的保守序列,,由Tus蛋白與之結(jié)合,參與復(fù)制的終止,。

大腸桿菌和枯草芽孢桿菌的復(fù)制終止,。Structure. 1997

參考文獻(xiàn):

  1. J D WATSON, F H CRICK. Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid. Nature. 1953 May 30;171(4361):964-7.

  2. M Meselson, et al. THE REPLICATION OF DNA IN ESCHERICHIA COLI. Proc Natl Acad Sci U S A. 1958 Jul 15;44(7):671-82.

  3. J CAIRNS. The bacterial chromosome and its manner of replication as seen by autoradiography. J Mol Biol. 1963 Mar;6:208-13.

  4. G L Ciesielski, et al. Animal Mitochondrial DNA Replication. Enzymes. 2016;39:255-92.

  5. Babatunde Ekundayo, et al. Origins of DNA replication. PLoS Genet. 2019 Sep 12;15(9):e1008320.

  6. Tsutomu Katayama, et al. The DnaA Cycle in Escherichia coli: Activation, Function and Inactivation of the Initiator Protein. Front Microbiol. 2017 Dec 21;8:2496.

  7. Kin Fan On, et al. A structural view of the initiators for chromosome replication. Curr Opin Struct Biol. 2018 Dec;53:131-139.

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