【原】Nomogram（諾莫圖） | Logistic,、Cox生存分析結(jié)果可視化

生信補(bǔ)給站 2019-09-25

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Nomogram,，也常稱為諾莫圖或者列線圖,，在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的期刊出現(xiàn)頻率越來愈多，常用于評(píng)估腫瘤學(xué)和醫(yī)學(xué)的預(yù)后情況,，可將Logistic回歸或Cox回歸的結(jié)果進(jìn)行可視化呈現(xiàn),。

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

使用TCGA-LIHC隊(duì)列的臨床數(shù)據(jù)，簡(jiǎn)單處理后進(jìn)行示例分析：

## 載入R包
library(rms)
library(survival)

## 讀取LIHC數(shù)據(jù)
LIHC <- read.csv("TCGA-LIHC-nomogram.csv",header=TRUE)
head(LIHC)

繪制nomogram圖

1）打包數(shù)據(jù)


## 關(guān)鍵步驟：按照nomogram要求“打包”數(shù)據(jù),，可以輸入??datadist查看詳細(xì)說明
dd=datadist(LIHC)
options(datadist="dd")

2）構(gòu)建logist模型,繪制諾莫圖

## 構(gòu)建logist模型,繪制諾莫圖
f <- lrm(status ~ age + gender + grade , data =  LIHC)

nom <- nomogram(f, fun=plogis, lp=F, funlabel="Risk")

plot(nom)

3) 構(gòu)建COX模型,繪制諾莫圖

A ：COX回歸中位生存時(shí)間的Nomogram

## 構(gòu)建COX比例風(fēng)險(xiǎn)模型
f2 <- psm(Surv(time,status) ~ age+gender+grade,data =  LIHC, dist='lognormal') 

med <- Quantile(f2) # 計(jì)算中位生存時(shí)間
surv <- Survival(f2) # 構(gòu)建生存概率函數(shù)

## 繪制COX回歸中位生存時(shí)間的Nomogram圖
nom <- nomogram(f2, fun=function(x) med(lp=x),funlabel="Median Survival Time")

plot(nom)

簡(jiǎn)單介紹下使用,，比如某患者年齡為50歲，那就在列線圖年齡為50歲的地方向上畫一條垂直線,，即可得到其對(duì)應(yīng)的得分（Points）,；男性，則在男性的地方畫一條垂直線,，以此類推,，找出每個(gè)變量狀態(tài)下對(duì)應(yīng)的得分，相加得到總得分,。

最后將患者的總得分（Total Points）再向下畫一條垂直線,，就可以知道該患者對(duì)應(yīng)的中位生存時(shí)間,。

下面例子同，可以知道未來1年,、5年的生存率,，當(dāng)然也可以是其他時(shí)間節(jié)點(diǎn)。

B：繪制COX回歸生存概率的Nomogram圖

## LIHC數(shù)據(jù)的time是以”天“為單位,此處繪制1年,，5年的生存概率
nom <- nomogram(f2, fun=list(function(x) surv(365, x),
                             function(x) surv(1825, x),
                             function(x) med(lp=x)),
                             funlabel=c("1-year Survival Probability", "5-year Survival Probability","Median Survival Time"))
plot(nom, xfrac=.2)