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單基因遺傳病——家系樣本研究思路

 OnceApple 2019-09-06

基因遺傳病指由單個或單對等位基因突變導(dǎo)致的疾病,,主要由遺傳因素決定,遵循孟德爾遺傳規(guī)律,,外顯率較高,。通常分為常染色體顯性、常染色體隱性,、X伴性顯性,、X伴性隱性、Y伴性遺傳病五種,。根據(jù)OMIM數(shù)據(jù)庫,,目前共有23,437個基因被報(bào)道與已知疾病或病理性狀相關(guān)。

絕大多數(shù)的單基因遺傳病是由基因所編碼的蛋白質(zhì)和或量的改變引起的,,多數(shù)采用全外顯子組測序(Whole exome sequencing, WES)技術(shù)進(jìn)行研究,,挖掘與蛋白質(zhì)功能相關(guān)的遺傳變異。單基因病研究思路根據(jù)樣本情況不同,,可分為家系樣本和散發(fā)樣本研究 ,。

顯性遺傳家系研究

顯性遺傳家系特點(diǎn)如圖1所示,需尋找患者中共有而正常個體中沒有的雜合突變,。樣本選取建議選擇4例以上患病個體(通常稱為case),;或者選取至少2例患病個體(case)和1 例正常個體(通常稱為control), case盡量選擇親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的樣本,,control盡量選擇與其中一例患病個體親緣關(guān)系較近的樣本,。

案例解析

外顯子組測序解析卵細(xì)胞發(fā)育障礙

Mutations in TUBB8 and Human Oocyte Meiotic Arrest

期刊:New England Journal of Medicine
影響因子:55.873
發(fā)表時間:2016年1月

一、研究背景

目前體外受精占全球出生率1-3%,。通過促性腺激素調(diào)理和卵巢刺激,,一些卵細(xì)胞仍發(fā)育不成熟是常見現(xiàn)象,,而完全的卵細(xì)胞發(fā)育受阻只在少數(shù)女性中被報(bào)道。引起這類卵細(xì)胞成熟障礙的遺傳機(jī)制還并不清楚,。

二,、方法流程

取材

一個四代家系中5個個體(3 cases,2 controls)

測序

WES,,50×有效測序深度

分析

1. Cases共有而controls中沒有的突變
2. 未被報(bào)道的突變
3. 1000G,、NHLBI、ExAC中MAF<0.1%的突變

驗(yàn)證

Sanger測序驗(yàn)證家系內(nèi)個體共分離
其他家系個體驗(yàn)證
細(xì)胞功能學(xué)驗(yàn)證

三,、研究結(jié)果

1. WES發(fā)現(xiàn)TUBB8突變

選取一個4代家系中3名因卵細(xì)胞減數(shù)分裂Ⅰ期發(fā)育受阻導(dǎo)致不孕的患者和2個正常個體進(jìn)行WES測序分析,發(fā)現(xiàn)TUBB8 突變,。

2. 家系內(nèi)共分離和其他患病家系患者驗(yàn)證

使用sanger測序?qū)Π摷蚁翟趦?nèi)的24個家系患病個體驗(yàn)證,,共發(fā)現(xiàn)7個家系患病個體卵子減數(shù)分裂Ⅰ期發(fā)育受阻,存在7個primary-specific TUBB8 突變,。該家系為罕見的常染色體顯性遺傳的女性不孕,。

3. 細(xì)胞功能性驗(yàn)證

a. 組織分布特異性研究,發(fā)現(xiàn)TUBB8 只分布于卵細(xì)胞和早期胚胎,。
b. TUBB8 突變影響卵細(xì)胞成熟,。


圖1 患病個體的四代家系圖譜

四. 研究結(jié)論

TUBB8 突變呈現(xiàn)遺傳自父親的常染色體顯性遺傳模式和新生突變,具有顯性負(fù)相關(guān)效應(yīng),。突變影響微管異質(zhì)二聚體結(jié)構(gòu),,破壞了微管行為、卵子減數(shù)分裂組裝和成熟,,從而導(dǎo)致女性不孕,。

隱性遺傳家系研究

隱性遺傳家系特點(diǎn)如圖2所示,患病個體親代是突變攜帶者但表型正常,,子代患病,。需要尋找子代患者中共有的純合或者復(fù)合雜合突變。樣本選取建議選擇核心家系(如患病子代+雙親,,3~4 例cases),;但是對于非近親結(jié)婚家系,盡量避免選取表型正常的同胞作為control,,因?yàn)闊o法判斷個體是否攜帶致病突變,,在后續(xù)分析中容易遺漏重要突變信息。

案例解析

外顯子組測序解析常染色體隱性先天性淋巴管發(fā)育不良

Impaired Piezo1 function in patients with a novel autosomal
recessive congenital lymphatic dysplasia

期刊: NATURE COMMUNICATIONS
影響因子:11.47
發(fā)表時間:2015年9月

一,、研究背景

Piezo1 離子通道是包括血管內(nèi)皮細(xì)胞,、腎小管細(xì)胞和紅細(xì)胞等幾個細(xì)胞中機(jī)械應(yīng)力的介質(zhì)。Piezo1 功能性獲得突變引起常染色體顯性溶血性貧血--脫水遺傳性口形紅細(xì)胞增多癥,。然而,,Piezo1 功能性缺失突變對表型的影響仍未知,。

二、方法流程

取材

一個家系(2個患病孩子+正常父母)

測序

WES,,70×有效測序深度

分析

1. 報(bào)道的已知基因突變
2. 常染色體隱性遺傳模式篩選
3. 1000G中MAF<0.1%
4. 突變在1000G,、ESP、ExAC中不存在

驗(yàn)證

Sanger測序驗(yàn)證
細(xì)胞功能學(xué)驗(yàn)證

三,、研究結(jié)果

1. WES發(fā)現(xiàn)Piezo1 突變

選取一個家系中2個因先天性淋巴管發(fā)育不良而導(dǎo)致先天淋巴水腫的患者和正常父母進(jìn)行WES測序分析,,發(fā)現(xiàn)Piezo1 發(fā)生功能缺失突變—一個復(fù)合雜合突變:(剪接位點(diǎn)突變)c.3455+1G>A 和 (錯義突變)c.6085G>C;p.Gly2029Arg。

2. Piezo1 的功能減弱

細(xì)胞功能性驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)Piezo1 發(fā)生突變導(dǎo)致蛋白在細(xì)胞表面表達(dá)下調(diào),,Piezo1 的功能顯著減弱,。


圖2 家系圖譜及患病個體

四. 研究結(jié)論

對先天性淋巴管發(fā)育不良而導(dǎo)致淋巴持續(xù)水腫的患者以及不患病的父母進(jìn)行外顯子組測序,發(fā)現(xiàn)PIEZO1發(fā)生雙等位基因突變(復(fù)合雜合突變),。分析患者的紅細(xì)胞以及不同系統(tǒng)研究顯示等位基因突變導(dǎo)致PIEZO1(蛋白)功能減弱,。

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