化肥是通過化學(xué)合成或?qū)μ囟ǖV石產(chǎn)品簡單加工而制成的肥料,，其主要的原料為石油、煤,、磷礦,、鉀礦,。常見的化肥有氮肥、磷肥,、鉀肥,、微肥、復(fù)合肥料等,。

化肥的優(yōu)點(diǎn)在于來源與品質(zhì)穩(wěn)定,，生產(chǎn)具規(guī)模、多以工業(yè)化方式生產(chǎn),，成本較低,，肥效快、體積小,，利于運(yùn)輸,。

化肥的缺點(diǎn)在于造成土壤中重金屬及有害元素的富集，降低微生物活性,、影響物質(zhì)的轉(zhuǎn)化與分解,，加劇硝酸鹽的累積、破壞土壤養(yǎng)分平衡,，同時(shí)使土壤PH變化劇烈,。

馮志文等對化肥面源污染的研究中發(fā)現(xiàn)，長期施用化肥不僅對作物增產(chǎn)無效果,，還會加劇面源污染；

焦雋等對化肥氮磷的污染研究中發(fā)現(xiàn),，長期施用化肥對地表及地下的水質(zhì)均有嚴(yán)重的破壞作用,；

高明霞等對化肥施用與土壤微生物多樣性關(guān)系的研究中發(fā)現(xiàn)，長期施用固定化肥會降低土壤微生物商,，并且削弱其對碳源的利用能力,，同時(shí)破壞土壤微生物的物種豐富度與優(yōu)勢度。

董克鋒等對藍(lán)莓需肥特點(diǎn)的研究發(fā)現(xiàn),，藍(lán)莓對土壤中鈣的吸收能力強(qiáng),，往往造成樹體缺鐵，葉片失綠變黃的現(xiàn)象,，影響果實(shí)有機(jī)物的積累,。

藍(lán)莓果實(shí)通常酸度偏大，需增加糖含量,，此時(shí)應(yīng)適當(dāng)補(bǔ)充鐵,、鉀元素，但大部分地區(qū)對特定元素的補(bǔ)充并不重視,，基肥施用后,，沒有精細(xì)化,、低污染的根外追肥措施，稍有注意的地區(qū)也常施用對土壤有副作用的根施肥料,。

有機(jī)肥是采用畜牧業(yè)廢棄物、生活垃圾等就地積制,、耕埋或通過簡單發(fā)酵方法制成的肥料,。

有機(jī)肥的優(yōu)點(diǎn)在于種類多、來源廣,，有機(jī)質(zhì)含量高,、養(yǎng)分全面，肥效長,，具有一定改土效果,。

有機(jī)肥缺點(diǎn)在于原料雜亂，可能含有重金屬及有害物質(zhì),，同時(shí)也是各種病菌的繁衍場所,，生產(chǎn)規(guī)模小、技術(shù)能力不佳者容易造成空氣污染或堆肥過程中燒根,，肥效慢,、穩(wěn)定性差。

汪開英等研究發(fā)現(xiàn),，畜禽糞肥會增加土壤與農(nóng)產(chǎn)品中重金屬的富集,；

高紀(jì)超等研究發(fā)現(xiàn)，施用雞糞肥會減少土壤中的團(tuán)粒結(jié)構(gòu),，增加人參根腐病的患病率,；

趙麗麗等研究發(fā)現(xiàn)，長期施用畜禽糞肥或廢棄秸桿會造成抗生素污染以及病原菌的傳播,；

王福山等研究發(fā)現(xiàn),，畜禽糞肥會使土壤鹽化，提高營養(yǎng)元素對農(nóng)作物的肥效臨界點(diǎn),，增加施肥成本,，同時(shí)還可能導(dǎo)致燒苗、燒根現(xiàn)象,；

Samson Baranzan Wayah從畜禽糞肥中檢測出大量的蟲卵,、寄生蟲、芽孢桿菌,；

田國成等研究發(fā)現(xiàn),，秸稈焚燒會減少0-5cm土層的微生物種類與數(shù)量、水含量,、有機(jī)物含量,，同時(shí)造成空氣污染,；

李傳章研究發(fā)現(xiàn)，有機(jī)肥的分解過程會在植株根部釋放大量的熱量與二氧化碳,，從而傷害根系,。

土壤生草栽培是以目標(biāo)作物為中心,，在剔除掉有害雜草的基礎(chǔ)上,，在株行間保留一定程度草本植物或者人為種植綠肥的仿生栽培方式，主流的生草栽培模式有自然生草與人為生草,。

生草栽培的優(yōu)勢在于能改善小氣候,、減少坡地水土流失、提高土壤肥力,、加強(qiáng)生物多樣性,、減輕蟲害。

生草栽培的劣勢在于與目標(biāo)作物競爭肥水,、草種選擇增加勞動成本,、需要長期才能見效。

高九思等研究發(fā)現(xiàn),，在豫西山區(qū),，不論選用何種牧草，均會加重鼠害,；果園生草會引發(fā)落葉病,，增加金絲細(xì)蛾的數(shù)量。