1942年8月,，根據(jù)抗日戰(zhàn)爭形勢發(fā)展的需要和中共中央華中局關(guān)于開展灰色隱蔽斗爭的指示,，第三戰(zhàn)區(qū)淞滬游擊隊三北游擊司令部在金仙寺成立，何克希任司令,，連柏生任副司令,，譚啟龍任政治委員，劉亨云任參謀長,，張文碧任政治部主任,。司令部成立后，立即將部隊統(tǒng)一整編為三,、四,、五支隊，簡稱“三五支隊”,。

　　9月1日,，司令部在金仙寺舉辦浙東第一期教導(dǎo)隊，學(xué)員達(dá)70余人,，由藍(lán)碧軒任隊長,，張浪任指導(dǎo)員。9月22日,，中共浙東區(qū)委和三北游擊司令部領(lǐng)導(dǎo)在金仙寺召開會議,，作出了“堅持三北，開辟四明”的重大戰(zhàn)略決策,。在司令部領(lǐng)導(dǎo)下,，1942年11月12日，三北根據(jù)地經(jīng)受了浙東第一次反頑自衛(wèi)戰(zhàn)爭的考驗,。三北游擊隊依靠人民群眾的支持和地方黨組織的密切配合,，把制造摩擦、破壞抗日,、妄圖把人民抗日力量消滅于“立足未穩(wěn)之際”的國民黨忠義救國軍2000余人逐出三北，削弱了頑敵在三北的軍事力量,，為抗日游擊區(qū)的進(jìn)一步擴(kuò)大打開了新的局面,。

　　1943年8月，中共浙東區(qū)委與三北游擊司令部進(jìn)駐余姚橫坎頭村和梁弄鎮(zhèn),，逐步形成了以四明山為基地,，梁弄為軍事指揮中心的浙東抗日根據(jù)地,。

　　據(jù)史書記載，金仙寺初建于南朝梁大同年間（535－546年）,，原名精進(jìn)庵,。唐肅宗乾元年間（758－760年），福林智度禪師駐于此進(jìn)行擴(kuò)建,，改名“福林庵”,。北宋英宗治平二年（1065年），因福林庵與萬仙翁祠前后相列,，皇帝敕賜庵額為“金仙寺”,。明熹宗天啟元年（1621年）僧興宏、清康熙三十八年（1699年）僧本仁和康熙五十九年（1720年）僧圓微先后三次擴(kuò)建,。道光十五年（1835年）毀于火,，僧道法重建。同治元年（1862年）毀于兵燹,，十二年（1873年）僧古香重建,。光緒十七年（1891年）炳瑞法師任住持，募資擴(kuò)建,。

　　解放后,，寺院因年久失修而拆除，僅保留當(dāng)年司令部成立后辦公用的7間藏經(jīng)樓,。1989年寺院開始大規(guī)模修復(fù),，至今已建成山門、天王殿,、大雄寶殿,、觀音殿、玉佛殿,、地藏殿,、葛仙翁殿及東西廂房等殿堂樓閣，雕塑全堂佛像,，并再現(xiàn)了望湖樓,、望海亭和七塔等勝跡。2003年12月慈溪市人民政府將司令部成立舊址公布為第五批文物保護(hù)單位,。