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現(xiàn)在點擊解螺旋下方菜單可以直達“直播間”,、“學習社區(qū)”和“課程網(wǎng)站”,，學習更加方便。 作者：曾阿牛&子非魚 轉載請注明：解螺旋·臨床醫(yī)生科研成長平臺 在科研界的江湖中，流傳著兩大神器——Graphad和 ImageJ,，堪稱數(shù)據(jù)圖像分析處理的“倚天劍”和“屠龍刀”,。確實，它倆一經(jīng)問世,，就翻著花樣包裝處理著實驗結果（原數(shù)據(jù)及圖片）,，使其從屌絲瞬間逆襲為高富帥，這才能榮登高大上的期刊雜志?，F(xiàn)如今,，已鮮有軟件能奪其鋒芒了。 尤其就ImageJ（官網(wǎng)：https://imagej./ij/ , 不受電腦系統(tǒng)限制）這個圖像分析大殺器,，WB灰度定量,、細胞計數(shù)等完全不在話下，傻瓜式操作可簡單粗暴對圖像進行抽絲剝繭般的分析,，讓實驗結果所暗藏的規(guī)律清晰明了地呈現(xiàn)你的面前,。 然而，這還僅僅只是ImageJ小試牛刀,，不少潛能還隱藏在深海之下,。最近，ImageJ再次按捺不住一腔熱血,，劍芒所指,，誓要把細胞劃痕實驗以及細胞共定位收入囊下。各位科研志士們,，還不速速習來,，為自己苦心撰寫論文再添一抹亮色。 再說這細胞劃痕實驗（Wound Healing）,，它在細胞遷移/腫瘤侵襲方面確是一把好手,。 在人為的給鋪板的單層細胞劃開一個空白無細胞地帶后，劃痕邊緣的細胞便會努力遷移并逐漸覆蓋空白區(qū)域來使劃痕愈合,，在一定程度上模擬了體內細胞遷移過程。 因而只需統(tǒng)計劃痕面積（Scratch Area）隨著時間的變化率以及傷口愈合百分比（Wound healing percentage）,，即可對細胞的侵襲性了如指掌,。 A549劃痕實驗 ImageJ分析細胞劃痕面積 那么如何在ImageJ中實現(xiàn)上圖劃痕面積和傷口愈合百分比的分析呢？且小編娓娓道來,。 Step1 打開ImageJ軟件,，其界面如下： File，Open,，選擇待分析圖片（A549）,，界面如下： Step2 增強對比：Process，Enhance Contrast，出現(xiàn)如界面： 勾上Normalize,，Saturated pixels：0.3%,，點擊OK，效果如下： Process,，Smooth（平滑）,，效果如下： Process，F(xiàn)ind Edges（尋找邊緣）,，效果如下： Step3 Image,，Adjust，Threshold,，閾值選定,，選中為紅色，調節(jié)閾值為0—20,。點擊Apply,。
效果如下：
Step4 選擇魔棒工具，魔棒工具位于下圖右下角：
點擊黑色的劃痕部分,，效果如下：
點擊Analyze,，Measure，結果如下,，劃痕面積Area為43328平方像素,。根據(jù)最開始的劃痕面積，跟某一時間愈合的那一部分面積（最開始面積-某時間點的面積）與最初面積的比值即可得到傷口愈合的百分比,。 由此我們得到了劃痕面積（Scratch Area）隨著時間的變化,、傷口愈合百分比（Wound healing percentage），進行后續(xù)統(tǒng)計分析即可,。
Step5 將劃痕面積輪廓添加到原圖片（見下圖）,，如何實現(xiàn)？
Analyze,，Tools,，ROI Manager，出現(xiàn)以下界面：
將魔棒選中的ROI添加添加進ROI Manager,，點擊Add,，選擇右下方的Show All和Labels。 重新打開A549圖片原圖,，點擊Image,，Overlay，F(xiàn)rom ROI Manager,，得到如下界面：
PS：關于面積單位,，如果不進行標尺校正,，得到的長度單位為pixel像素，面積單位為平方像素pixel2,。 Step2 上圖的左上角可以看見圖片的大小為347x236 pixels,，即A549圖片未進行標尺校正。如何進行標尺校正： 打開一張帶有標尺的圖片,，如下圖（標尺見右下角）：
選擇直線工具： 沿著標尺畫一條直線，如下圖：
點擊Analyze,，Set Scale
點擊Click to Remove Scale，在Known distance下填入已知的長度50μm,，Unit of length填入對應單位,，選擇Global為對之后打開的圖片都有效，否則只對當前圖片有效,。 點擊OK
此時圖片左上角的圖片大小長和寬變?yōu)榱宋⒚?，如下圖：
若此時再進行面積或長度的計算,，單位就是已經(jīng)校準的單位了。 細胞共定位 Step1 File , Open打開想要分析的兩張熒光圖片,。如下圖
Step2 將兩幅圖片變成圖像棧,，image,， stacks ,， images to stack,，彈出以下界面：
點擊OK,即可通過滾動條在同一個圖像棧查看兩幅圖片。
Step3 選擇直線工具：
Step4 Analyze菜單下，點擊Plot Profile,，可彈出一個關于以線起點到終點為距離的X軸以及相應的灰度值的窗口。圖像棧中每一幅圖片都有對應結果,，當滾動滾動條轉換不同圖片的時候,，點擊“l(fā)ive”，結果就會彈出來,。
圖像棧中每幅圖對應的距離與灰度值二維的結果圖 點擊“l(fā)ist”按鈕，可以彈出具體X,、Y數(shù)值的結果窗口，也可以點擊“Save”按鈕,，保存以excel文件的數(shù)據(jù)。
分別點擊“l(fā)ist”，得到相應的X,， Y軸數(shù)據(jù)
點擊Save保存excel數(shù)據(jù) 可以利用excel作圖，使圖形更加美觀（這里沒有具體調節(jié)圖形,，只調節(jié)個別細節(jié),，excel作圖不再贅述，見下圖）,。圖中,，我們可以看出代表red，blue兩種染料有共定位的現(xiàn)象,。
excel對結果的作圖
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