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新的PyTorch圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)庫(kù),比前輩快14倍:LeCun盛贊,,GitHub 2000星

 skysun000001 2019-03-11


“CNN已老,,GNN當(dāng)立!”

當(dāng)科學(xué)家們發(fā)現(xiàn),,圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) (GNN) 能搞定傳統(tǒng)CNN處理不了的非歐數(shù)據(jù),,從前深度學(xué)習(xí)解不開(kāi)的許多問(wèn)題都找到了鑰匙。

如今,,有個(gè)圖網(wǎng)絡(luò)PyTorch庫(kù),,已在GitHub摘下2000多星,還被CNN的爸爸Yann LeCun翻了牌:

它叫PyTorch Geometric,,簡(jiǎn)稱(chēng)PyG,,聚集了26項(xiàng)圖網(wǎng)絡(luò)研究的代碼實(shí)現(xiàn)。

這個(gè)庫(kù)還很,,比起前輩DGL圖網(wǎng)絡(luò)庫(kù),,PyG最高可以達(dá)到它的15倍速度。

應(yīng)有盡有的庫(kù)

要跑結(jié)構(gòu)不規(guī)則的數(shù)據(jù),,就用PyG吧,。不管是圖形 (Graphs),點(diǎn)云 (Point Clouds) 還是流形 (Manifolds) ,。

 右邊是不規(guī)則的,,非歐空間

這是一個(gè)豐盛的庫(kù):許多模型的PyTorch實(shí)現(xiàn),各種有用的轉(zhuǎn)換 (Transforms) ,,以及大量常見(jiàn)的benchmark數(shù)據(jù)集,,應(yīng)有盡有,。

說(shuō)到實(shí)現(xiàn),包括Kipf等人的圖卷積網(wǎng)絡(luò) (GCN) 和Bengio實(shí)驗(yàn)室的圖注意力網(wǎng)絡(luò) (GAT) 在內(nèi),,2017-2019年各大頂會(huì)的 (至少) 26項(xiàng)圖網(wǎng)絡(luò)研究,,這里都能找到快速實(shí)現(xiàn)。

到底能多快,?PyG的兩位作者用英偉達(dá)GTX 1080Ti做了實(shí)驗(yàn),。

對(duì)手DGL,也是圖網(wǎng)絡(luò)庫(kù):

在四個(gè)數(shù)據(jù)集里,,PyG全部比DGL跑得快,。最懸殊的一場(chǎng)比賽,是在Cora數(shù)據(jù)集上運(yùn)行GAT模型:跑200個(gè)epoch,,對(duì)手耗時(shí)33.4秒,,PyG只要2.2秒,相當(dāng)于對(duì)方速度的15倍,。

每個(gè)算法的實(shí)現(xiàn),都支持了CPU計(jì)算和GPU計(jì)算,。

食用方法

庫(kù)的作者,,是兩位德國(guó)少年,來(lái)自多特蒙德工業(yè)大學(xué),。

 其中一位

他們說(shuō),,有了PyG,做起圖網(wǎng)絡(luò)就像一陣微風(fēng),。

你看,,實(shí)現(xiàn)一個(gè)邊緣卷積層 (Edge Convolution Layer) 只要這樣而已:

1import torch
2from torch.nn import Sequential as Seq, Linear as Lin, ReLU
3from torch_geometric.nn import MessagePassing
4
5class EdgeConv(MessagePassing):
6    def __init__(self, F_in, F_out):
7        super(EdgeConv, self).__init__()
8        self.mlp = Seq(Lin(2 * F_in, F_out), ReLU(), Lin(F_out, F_out))
9
10    def forward(self, x, edge_index):
11        # x has shape [N, F_in]
12        # edge_index has shape [2, E]
13        return self.propagate(aggr='max', edge_index=edge_index, x=x)  # shape [N, F_out]
14
15    def message(self, x_i, x_j):
16        # x_i has shape [E, F_in]
17        # x_j has shape [E, F_in]
18        edge_features = torch.cat([x_i, x_j - x_i], dim=1)  # shape [E, 2 * F_in]
19        return self.mlp(edge_features)  # shape [E, F_out]

安裝之前確認(rèn)一下,至少要有PyTorch 1.0.0,;再確認(rèn)一下cuda/bin在$PATH里,,cuda/include在$CPATH里:

1$ python -c 'import torch; print(torch.__version__)'
2>>> 1.0.0
3
4$ echo $PATH
5>>> /usr/local/cuda/bin:...
6
7$ echo $CPATH
8>>> /usr/local/cuda/include:...

然后,就開(kāi)始各種pip install吧,。

PyG項(xiàng)目傳送門(mén):
https://github.com/rusty1s/pytorch_geometric

PyG主頁(yè)傳送門(mén):
https://rusty1s./pytorch_geometric/build/html/index.html

PyG論文傳送門(mén):
https:///pdf/1903.02428.pdf

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