2018年7月20日,，中山大學(xué)中山眼科中心眼科學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,、中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院廣東省腦功能與疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和第三軍醫(yī)大學(xué)西南眼科醫(yī)院與北京百邁客生物科技有限公司合作的RNA-seq & ATAC-seq多組學(xué)研究文章發(fā)表在Nature Communications上，該研究從體細(xì)胞重編程出發(fā),，探究成纖維細(xì)胞轉(zhuǎn)化為誘導(dǎo)性神經(jīng)干細(xì)胞的分子機(jī)制,，詳見(jiàn)NC|百邁客RNA-seq & ATAC-seq合作成果詳細(xì)解讀。

可喜的是2019年新年伊始,，百邁客又與中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院合作發(fā)表了RNA-seq & ATAC-seq多組學(xué)文章,，研究了人類免疫缺陷病毒1型(HIV-1)潛伏感染的分子機(jī)制，文章發(fā)表在Elife雜志上,，詳情如下：

HIV-1潛伏感染是利用抑制性聯(lián)合抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療(combined antiretroviral therapy,，cART)后實(shí)現(xiàn)治愈的一個(gè)主要障礙，其在體內(nèi)存在病毒儲(chǔ)藏庫(kù),，需要終身的聯(lián)合抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療,。潛伏感染的靜息CD4⁺ T細(xì)胞不能產(chǎn)生足以被免疫系統(tǒng)識(shí)別的病毒抗原，因此很難被根除,。作為功能性治療策略之一的“shock and kill”策略已經(jīng)引入并在這些年中得到廣泛應(yīng)用,。然而,，一些感染細(xì)胞含有非誘導(dǎo)型前病毒，其很難被LRA重新激活,。進(jìn)一步闡明HIV-1潛伏期的機(jī)制將有助于我們更好地了解病毒儲(chǔ)藏庫(kù)的形成和維持,，并開(kāi)發(fā)新的治療干預(yù)措施。

（“Shock and kill”即“先激活后絕殺”策略,，是利用藥物激活潛伏在T細(xì)胞內(nèi)的艾滋病毒使其暴露,，隨后通過(guò)增強(qiáng)免疫系統(tǒng)或者抗病毒藥物消滅攜帶有病毒的宿主細(xì)胞。其中,，“Shock”策略中很重要的就是潛伏期逆轉(zhuǎn)劑（Latency reversing agents,，LRA）的研發(fā)；“kill”即對(duì)激活后的HIV病毒進(jìn)行殺傷,，用的是用自體過(guò)繼免疫療法,，如CTL反應(yīng)和抗體依賴性細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性作用（antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity，ADCC）,。）

表觀遺傳調(diào)控有助于建立和維持HIV-1潛伏感染：比如組蛋白脫乙酰酶,、組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶等'writer'在HIV-1長(zhǎng)末端重復(fù)序列（LTR）上作抑制性表觀遺傳標(biāo)記，由'reader'蛋白蛋白HP1γ和L3MBTL1進(jìn)一步維持,；miR-28等microRNAs和NEAT1等lncRNA,，這些非編碼RNA能夠靶向病毒RNA和病毒蛋白，以介導(dǎo)HIV潛伏感染的轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,。

重新激活潛伏HIV-1的另一個(gè)障礙取決于轉(zhuǎn)錄控制：轉(zhuǎn)錄起始水平,，HIV-1潛伏期由轉(zhuǎn)錄因子（包括NF-κB、Sp1,、AP-1,、NFAT和TFIIH）缺陷以及轉(zhuǎn)錄抑制因子（包括LSF、YY1和CTIP2）的積累所貢獻(xiàn),。然而,，細(xì)胞周期蛋白Cyclin T1的表達(dá)在潛伏感染的細(xì)胞中下調(diào)，細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶 CDK9也是無(wú)活性的,。

雖然許多工作揭示了HIV-1潛伏期的表觀遺傳和轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制,，但仍存在一些重要問(wèn)題：1、可能有一個(gè)多功能因素負(fù)責(zé)這兩種機(jī)制,；2,、啟動(dòng)子近端暫停的機(jī)制尚未完全闡明3、P-TEFb如何被適當(dāng)隔離,、釋放并靶向HIV-1啟動(dòng)子,；4、尚未找到能夠有效重新激活潛伏HIV-1的強(qiáng)大逆轉(zhuǎn)劑LRA,。

• siRNA文庫(kù)高通過(guò)量篩選：鑒定HIV-1抑制和潛伏的細(xì)胞靶蛋白,，TZM-BL細(xì)胞系（一種攜帶有熒光素酶報(bào)告基因的傳代細(xì)胞系,并且該報(bào)告基因受HIV-1 tat原件調(diào)控,，只有在HIV-1 Tat蛋白存在的情況下才能有效表達(dá)。）

• RNA-seq：用PHA刺激來(lái)自兩個(gè)健康供體的新鮮分離的CD4 + T細(xì)胞2天或不進(jìn)行處理,，鑒定HIV-1潛伏相關(guān)基因

• ChIP實(shí)驗(yàn)：TZM-bl和J-Lat 10.6細(xì)胞系鑒定TRIM28結(jié)合區(qū)域,，以及后續(xù)各個(gè)組蛋白修飾或蛋白的chip鑒定
  

• SUMO-MS：TRIM28 SUMO化候選底物

• 蛋白功能閾缺失實(shí)驗(yàn)：探究TRIM28的功能及重要功能域
  

• 共定位實(shí)驗(yàn)：超分辨率的連續(xù)隨機(jī)光學(xué)重建顯微鏡（cSTORM）3D共定位及結(jié)構(gòu)光顯微鏡(SIM)共定位
  

• ATAC-seq：J-Lat 10.6或TZM-bl細(xì)胞系，研究TRIM28缺失后HIV-1啟動(dòng)子的染色質(zhì)可及性

• 賴氨酸突變實(shí)驗(yàn)及逆轉(zhuǎn)突變實(shí)驗(yàn)以及SUMO-MS等：鑒定特異性SUMO化位點(diǎn)

• 細(xì)胞毒性相關(guān)實(shí)驗(yàn)：細(xì)胞毒性測(cè)定,、細(xì)胞活性測(cè)定,、細(xì)胞數(shù)計(jì)數(shù)和細(xì)胞增殖測(cè)定

• 等

為了確定可能導(dǎo)致HIV-1抑制和潛伏的細(xì)胞靶點(diǎn)，作者定制了siRNA文庫(kù)在ZM-bl細(xì)胞系中進(jìn)行高通量篩選,，該文庫(kù)靶向細(xì)胞核內(nèi)的幾種細(xì)胞途徑的182個(gè)基因,，包括chromatin binding, epigenetic modification, chromatin remodeling, ubiquitination, SUMOylation 和 chromosome organization。分析敲除各靶標(biāo)基因后熒光素酶的表達(dá)水平變化（以siNC為對(duì)照）,，許多蛋白質(zhì)對(duì)應(yīng)的熒光素酶表達(dá)升高,，表明這些蛋白限制HIV-1啟動(dòng)子的活性，最明顯包括HP1α,、GLP,、SUZ12和CYLD，其已被鑒定為抑制HIV-1轉(zhuǎn)錄,。其中,，兩個(gè)較少見(jiàn)的SUMO化途徑基因TRIM28和SUMO4敲低后，顯著上調(diào)了HIV-1啟動(dòng)子活性,。

通過(guò)實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)si-TRIM28過(guò)表達(dá)抑制了HIV-1啟動(dòng)子活性的基礎(chǔ)水平,，并以劑量依賴的方式挽救了HIV-1抑制；當(dāng)與HIV-1 Tat和TNFα組合過(guò)表達(dá)時(shí),，上調(diào)更顯著,；TRIM28在多種細(xì)胞系和原代細(xì)胞中普遍表達(dá)。為搜索HIV-1潛伏相關(guān)基因,，作者利用RNA-Seq比較未刺激和PHA刺激的原代CD4⁺ T細(xì)胞中的基因表達(dá)作為補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)，TRIM28在未刺激的原代CD4⁺ T細(xì)胞中高表達(dá),，并在PHA激活后下調(diào),。當(dāng)活化的CD4⁺ T細(xì)胞恢復(fù)到靜止?fàn)顟B(tài)時(shí)，TRIM28的表達(dá)再次上調(diào),。為了測(cè)試TRIM28是否有助于HIV-1潛伏,，在HIV-1潛伏細(xì)胞系J-Lat 10.6以及其他HIV潛伏細(xì)胞系模型（J-Lat 6.3/8.4/9.2和15.4）中敲低了TRIM28，發(fā)現(xiàn)TRIM28的缺失上調(diào)了HIV-1的表達(dá),。此外,，當(dāng)補(bǔ)充廣泛定義的LRA：組蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制劑SAHA或BET結(jié)構(gòu)域抑制劑JQ-1時(shí),，HIV-1重新激活增強(qiáng)得更高,。

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先前已鑒定TRIM28通過(guò)募集HDAC1以使HIV-1整合酶去乙?；瘉?lái)抑制HIV-1整合。在TZM-bl和J-Lat 10.6細(xì)胞系中進(jìn)行TRIM28的染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）實(shí)驗(yàn),，以研究其與整合的HIV-1 DNA的可能關(guān)聯(lián),。結(jié)果表明：TRIM28在HIV-1 LTR上顯著富集，不受TNFα信號(hào)傳導(dǎo)的影響,。接下來(lái),，探究了TRIM28缺失是否會(huì)影響HIV-1 LTR的表觀遺傳狀態(tài)，敲除TRIM28后H3K9me2和H3K9me3顯著減少,，以及H3K4me3和H3K9Ac顯著增加,，也誘導(dǎo)H3K27me3輕微下調(diào)，表明TRIM28通過(guò)控制抑制性表觀遺傳修飾來(lái)抑制HIV-1表達(dá)并導(dǎo)致HIV-1潛伏期,。

接下來(lái),，作者通過(guò)構(gòu)建TRIM28不同區(qū)域的缺失突變體探究該蛋白功能。TRIM28是一種多功能蛋白,，含有7個(gè)不同的結(jié)構(gòu)域：由鄰近的植物同源域（PHD）SUMO化的C-末端溴結(jié)構(gòu)域（BR）,，以SUMOylation依賴性方式募集SETDB1和NuRD復(fù)合物；N端三聯(lián)體基序RBCC區(qū)域由RING指結(jié)構(gòu)域（RING）,、2個(gè)B-box domians（BB）和卷曲螺旋域（CC）組成,。 TRIM28的RING起分子間SUMO E3連接酶的作用，而PHD對(duì)分子內(nèi)SUMO E3連接酶活性很重要,。

HP1BD,、NHD或BR缺失突變體，尤其是具有分子內(nèi)SUMO E3連接酶活性的PHD突變體,，沒(méi)有能夠顯著地挽救抑制作用,；RING或RBCC結(jié)構(gòu)域缺失突變體完全中止了再抑制，這可能是由于Krüppel相關(guān)的盒結(jié)構(gòu)域鋅指（KRAB-ZNFs）結(jié)合能力的喪失,；而僅含有RBCC的突變體（TRIM28-RBCC）仍然恢復(fù)了抑制作用,。野生型TRIM28能夠拯救抑制性表觀遺傳標(biāo)記H3K9me3和H3K27me3并抑制活性表觀遺傳標(biāo)記H3K9乙酰化,，然而,，沒(méi)有RING或PHD結(jié)構(gòu)域的突變體僅能夠挽救部分抑制標(biāo)記。因此,，作者假設(shè)TRIM28可利用RING結(jié)構(gòu)域SUMO化對(duì)HIV-1表達(dá)至關(guān)重要的細(xì)胞蛋白,。

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為了鑒定由TRIM28 SUMO化的候選底物，作者進(jìn)行了全局位點(diǎn)特異性SUMO化質(zhì)譜（SUMO-MS）,，鑒定了1,329個(gè)SUMO化蛋白,，并構(gòu)建了相互作用置信度為0.7的STRING互作網(wǎng)絡(luò)，MCODE分析發(fā)現(xiàn)STRING核心網(wǎng)絡(luò)可以聚類成12個(gè)亞群。GO分析發(fā)現(xiàn)細(xì)胞和代謝過(guò)程是SUMO化蛋白可能參與的前兩個(gè)生物過(guò)程,。通過(guò)k-means聚類特異性地將轉(zhuǎn)移酶和轉(zhuǎn)錄因子聚類,，并用STRING分析進(jìn)行可視化，發(fā)現(xiàn)許多候選蛋白對(duì)于HIV-1表達(dá)是關(guān)鍵的,，例如JUN,、JUNB、JUND,、mTOR,、STAT3、Cyclin T1（CCNT1）和CDK9,。將SUMO化蛋白鑒定的顯著性閾值調(diào)低到10^-8,，CDK9仍然排名靠前。作者在體外驗(yàn)證了全局位點(diǎn)特異性SUMO-MS的可靠性,。

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前面siRNA文庫(kù)篩選中,，SUMO4缺失比其他SUMO旁系同源物缺失更顯著上調(diào)HIV-1啟動(dòng)子活性。當(dāng)與HIV-1 Tat過(guò)表達(dá)組合時(shí),，上調(diào)更顯著,，其現(xiàn)象與TRIM28實(shí)驗(yàn)中觀察到的相似。SUMO4的敲低或敲除也能夠在J-Lat 10.6中重新激活潛在的假HIV-1,。原代CD4⁺ T細(xì)胞被PHA刺激后,，SUMO4的表達(dá)下調(diào)，恢復(fù)到靜止期后達(dá)SUMO4表達(dá)恢復(fù)到基礎(chǔ)水平,。

接下來(lái)探究了SUMO4是否可以影響TRIM28的功能和HIV-1啟動(dòng)子的表觀遺傳狀態(tài)：SUMO4敲低后,，超過(guò)一半的TRIM28從HIV-1 LTR中丟失，表明TRIM28在HIV-1 LTR上的富集可能是部分SUMOylation依賴性的,；SUMO4敲低后H3K9me,、H3K9me2和H3K9me3在HIV-1 LTR上顯著降低，以及H3K9甲基化'writer' SETDB1和'reader' HP1α顯著降低,；H3K9乙?；虷3K4me3的顯著上調(diào)和HDAC1的下調(diào)，這與先前報(bào)道TRIM28以SUMO化依賴性方式募集SETDB1,、HP1α和HDAC1一致,；H3K27me3在HIV-1 LTR上也降低。一些多梳抑制復(fù)合物2（PRC2）組分如EZH2和SUZ12（H3K27me3的主要'writer'）可能被SUMO4 SUMO化,，導(dǎo)致修飾功能的增強(qiáng)。

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作者進(jìn)一步研究SUMO4在TRIM28介導(dǎo)的CDK9 SUMO 經(jīng)中的作用來(lái)鑒定其潛在的機(jī)制,。通過(guò)CDK9與SUMO1,、SUMO2和SUMO4共同過(guò)表達(dá)實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)CDK9主要由SUMO1和SUMO4 SUMO化。補(bǔ)充過(guò)表達(dá)TRIM28后,，SUMO-CDK9量變得更豐富,。然而，如果僅用TRIM28共表達(dá)CDK9但沒(méi)有SUMO E2 酶UBC9時(shí),，SUMO化水平?jīng)]有增加,，這表明TRIM28介導(dǎo)的SUMO化是UBC9依賴性的。當(dāng)TRIM28表達(dá)逐漸增加時(shí),，SUMO-CDK9 化水平以劑量依賴性增加,。體外SUMO化測(cè)定表明，僅當(dāng)將SUMO4,、E1 SAE1/UBA2,，E2 UBC9和TRIM28一起提供到SUMO化反應(yīng)緩沖液中時(shí)，SUMO4與CDK9結(jié)合,。在HeLa細(xì)胞中敲除TRIM28后,，SUMO化的CDK9減少。前面的siRNA文庫(kù)篩選實(shí)驗(yàn)中表明,，幾種SUMO特異性蛋白酶(SENP)抑制HIV-1表達(dá),，尤其是SENP3，用TRIM28共表達(dá)SENP3,，發(fā)現(xiàn)SENP3阻止了TRIM28介導(dǎo)的CDK9 SUMO化,。作者在原代CD4⁺ T細(xì)胞中證實(shí)了以上結(jié)論?？傊?，TRIM28介導(dǎo)SUMO4與CDK9的結(jié)合，其被SENP3逆轉(zhuǎn),。

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為了確定TRIM28是否與CDK9結(jié)合,，作者使用超分辨率的連續(xù)隨機(jī)光學(xué)重建顯微鏡（cSTORM）來(lái)研究分辨率為20nm二者間的三維（3D）共定位。TRIM28存在于細(xì)胞核中,，與點(diǎn)狀SUMO4共定位,。放大視圖和3D-cSTORM，發(fā)現(xiàn)SUMO4蛋白被TRIM28富集并形成大斑點(diǎn),。CDK9存在于細(xì)胞核內(nèi)的分散點(diǎn)中,，但仍發(fā)現(xiàn)CDK9與TRIM28共定位。與SUMO4類似，CDK9蛋白被TRIM28富集并包圍TRIM28,。近80％的TRIM28斑點(diǎn)或復(fù)合物與94％的SUMO4斑點(diǎn)共定位,，88％的TRIM28斑點(diǎn)或復(fù)合物與76％的CDK9斑點(diǎn)共定位。

免疫共沉淀（Co-IP）實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)即使在RNase存在下CDK9也與TRIM28結(jié)合,。為了鑒定TRIM28的哪個(gè)區(qū)域與CDK9結(jié)合,，構(gòu)建各種TRIM28缺失突變體以富集CDK9：RING結(jié)構(gòu)域缺失中止了CDK9的結(jié)合以及CDK9的SUMO化。實(shí)驗(yàn)表明外源表達(dá)的TRIM28也與CDK9共定位,?？傊芯勘砻鱎ING和PHD都具有E3連接酶活性并富集UBC9,。

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進(jìn)一步探究CDK9的功能是否受TRIM28介導(dǎo)的SUMO化的影響,。首先，ATAC-Seq探究TRIM28缺失后HIV-1啟動(dòng)子的染色質(zhì)可及性,。在J-Lat 10.6或TZM-bl細(xì)胞系中TRIM28缺失時(shí),，基因組中大多數(shù)增加的可及區(qū)域位于啟動(dòng)子和遠(yuǎn)端基因間區(qū)域上。GO分析和COG分析表明,，染色質(zhì)可及性變化發(fā)生在與各種生物過(guò)程和細(xì)胞組分相關(guān)的基因中,，大多數(shù)受影響的功能基因具有DNA或蛋白質(zhì)結(jié)合能力和催化活性。

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作者也對(duì)HIV-1基因組的染色質(zhì)可及性是否受到TRIM28缺失的影響進(jìn)行了分析,，將ATAC-seq數(shù)據(jù)以HIV-1參考基因組進(jìn)行分析,，轉(zhuǎn)座標(biāo)簽密度所指示的可及區(qū)域在HIV-1 LTR上增加，這表明啟動(dòng)子活性顯著增強(qiáng),。且敲除TRIM28或SUMO4后HIV-1 LTR上CDK9和Ser2超磷酸化RNAP II顯著富集,，這與TRIM28或SUMO4缺失重新激活HIV-1表達(dá)的結(jié)果一致。

Co-IP實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)細(xì)胞周期蛋白Cyclin T1僅與野生型CDK9結(jié)合形成正性轉(zhuǎn)錄延伸因子P-TEFb復(fù)合物,，而不是SUMO化的CDK9,。為了研究TRIM28介導(dǎo)的CDK9 SUMO化是否影響CDK9的激酶活性，進(jìn)行了體外CDK9 SUMO化測(cè)定和CDK9激酶活性測(cè)定：發(fā)現(xiàn)當(dāng)TRIM28 SUMO化CDK9時(shí),，CDK9的激酶活性顯著降低,。不添加TRIM28，CDK9的激酶活性不受影響,，盡管已添加其他SUMO化組分,。

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總之，TRIM28介導(dǎo)的SUMO化損害了CDK9與Cyclin T1的結(jié)合能力和CDK9對(duì)RNAP II的激酶活性,，導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄延伸功能障礙,。

接下來(lái)作者試圖鑒定應(yīng)該在CDK9 賴氨酸殘基上發(fā)生的SUMO化位點(diǎn)。賴氨酸突變實(shí)驗(yàn)結(jié)果：CDK9-K0R突變體含有所有賴氨酸變?yōu)榫彼岬耐蛔?，完全中止了CDK9被SUMO化的能力,；其他CDK9突變體仍然能夠通過(guò)TRIM28進(jìn)行SUMO化，這表明在整個(gè)CDK9序列中可能存在多個(gè)SUMOylation位點(diǎn),。采用基于CDK9-K0R全突變體的逆轉(zhuǎn)突變策略,，發(fā)現(xiàn)CDK9上的幾個(gè)賴氨酸顯著SUMO化。其中,，多個(gè)SUMO化位點(diǎn)與CDK9 C-末端自身磷酸化位點(diǎn)相鄰,，據(jù)報(bào)道這些位點(diǎn)是Tat-P-TEFb與TAR RNA高親和力結(jié)合所必需的,，即 SUMO化可以通過(guò)阻止相鄰的磷酸化來(lái)降低結(jié)合能力。

為了進(jìn)一步確定哪些位點(diǎn)確實(shí)僅被TRIM28 SUMO化,，作者敲除了內(nèi)源性TRIM28并測(cè)試了上述鑒定候選位點(diǎn)的SUMO化潛力，發(fā)現(xiàn)Lys44,、Lys56和Lys68的SUMO 化信號(hào)在缺乏內(nèi)源性TRIM28時(shí)完全消失,，進(jìn)一步支持這些位點(diǎn)被TRIM28特異性SUMO化。直接分析富集的SUMO-CDK9的靶特異性SUMO-MS也證實(shí)了該結(jié)果,。Lys44的乙?；瞧浼っ富钚运匦璧模渌?個(gè)SUMO化位點(diǎn)Lys56和Lys68在CDK9和細(xì)胞周期蛋白T1的相互作用區(qū)域內(nèi),。SUMO蛋白是多肽大分子,，它的存在可以形成空間位阻，從而阻止P-TEFb復(fù)合物的形成,。

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為了驗(yàn)證TRIM28是否可以成為開(kāi)發(fā)新LRA的安全靶標(biāo),，首先對(duì)Hela細(xì)胞、Jurkat細(xì)胞以及從感染者分離的靜息CD4⁺ T細(xì)胞中評(píng)估了缺失TRIM28相關(guān)的可能毒性：細(xì)胞毒性測(cè)定,、細(xì)胞活性測(cè)定,、細(xì)胞數(shù)計(jì)數(shù)和細(xì)胞增殖測(cè)定。結(jié)果表明TRIM28缺失對(duì)細(xì)胞活性和增殖無(wú)害,。

之后作者試圖確定TRIM28的敲低是否在接受抑制性cART療法至少6個(gè)月的HIV-1感染者的靜息CD4⁺ T細(xì)胞中重新激活潛伏的HIV-1,。基于細(xì)胞內(nèi)HIV-1 RNA的定量,，表明用αCD3/αCD28刺激顯著誘導(dǎo)HIV-1的表達(dá),。TRIM28敲低重新激活了與HDAC抑制劑SAHA相似量的HIV-1 RNA表達(dá)。在將TRIM28敲低與SAHA組合后,，重新激活效果更顯著,。同樣，SUMO4敲低和SAHA添加的組合使用可以重新激活比單獨(dú)使用更多的HIV-1 RNA表達(dá),。雖然TRIM28單獨(dú)缺失重新激活相似數(shù)量的具有SAHA的遺傳多樣化HIV-1表達(dá),，但TRIM28敲低和SAHA的組合重新激活了更多遺傳多樣化的HIV-1表達(dá)。

為了確定重新激活的HIV-1是否具有復(fù)制能力,，用PHA激活的健康個(gè)體分離的CD4⁺ T共培養(yǎng)了HIV-1感染個(gè)體的PHA刺激的,、SAHA誘導(dǎo)的或TRIM28敲低的靜息CD4⁺ T細(xì)胞。p24抗原的累積產(chǎn)生表明重新活化的HIV-1病毒顆粒具有復(fù)制能力,。TRIM28的敲低在所有3個(gè)樣品中重新激活了具有復(fù)制能力的病毒,。類似地，SAHA與TRIM28敲低的組合重新激活了更多具有復(fù)制能力的病毒顆粒,。這些結(jié)果表明TRIM28有助于HIV-1感染個(gè)體的HIV-1潛伏,，靶向TRIM28對(duì)HIV-1感染的CD4⁺ T細(xì)胞具有良好的適用性,。

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作者發(fā)現(xiàn)TRIM28不僅可以作為定義明確的表觀遺傳學(xué)adaptor，還可以作為SUMO E3連接酶與SUMOylate P-TEFb復(fù)合物一起發(fā)揮作用,，從而顯著抑制HIV-1的表達(dá)并導(dǎo)致HIV-1潛伏,。提出了TRIM28介導(dǎo)的HIV-1潛伏模型：在活躍狀態(tài)下，P-TEFb復(fù)合物被HIV-1 Tat募集至部分轉(zhuǎn)錄的HIV-1 RNA反式激活反應(yīng)元件（TAR）,。 P-TEFb催化亞基CDK9使RNAP II的Ser2殘基超磷酸化,，促進(jìn)RNAP II轉(zhuǎn)錄HIV-1 RNA的持續(xù)性；在潛伏狀態(tài)下,，TRIM28被募集到HIV-1 LTR并在Lys44,、Lys56和Lys68 SUMO化CDK9，導(dǎo)致CDK9激酶活性的抑制和其與細(xì)胞周期蛋白T1的隔開(kāi),，沒(méi)有Ser2的超磷酸化,，RNAP II啟動(dòng)子近端暫停在LTR。因此,，潛伏狀態(tài)由TRIM28介導(dǎo)的CDK9功能障礙和TRIM28介導(dǎo)的核小體nuc-1的抑制性表觀遺傳修飾維持,，核小體nuc-1恰好位于HIV-1啟動(dòng)子的下游。