1941年12月,，太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā),，美國對日宣戰(zhàn)，燕京大學關(guān)閉,，只有輔仁大學能夠繼續(xù)辦下去,。

輔仁的校務(wù)是由教會代表兼校務(wù)長主持的，但是作為大學,，它需要有一面有號召力的旗幟,，這面旗幟就是陳垣。

有一次,，學校禮堂放電影,，正片前加放一部體育新聞電影，偶然出現(xiàn)中國國旗（青天白日滿地紅）,，學生情不自禁鼓起掌來,。

事后，日本憲兵追究學校當局,，要陳垣校長交出鼓掌同學,，陳垣大義凜然地說：“帶頭鼓掌的是我，要逮捕就把我抓走,！”懾于陳垣的威望,，這件事后來不了了之。

但陳垣的壯舉,，無疑極大地激勵了輔仁師生,。

也從此開始，日偽政府私下里一直說輔仁是“抗日大學”,。

實際上,，輔仁大學自從成為了淪陷區(qū)北平的“孤島”后,，大學里面就有共產(chǎn)黨的地下組織，而國民黨在北平的抗日據(jù)點就在輔仁大學,。有愛國思想的進步教授大都團結(jié)在輔仁大學周圍,，共產(chǎn)黨人和國民黨人共同為抗日出力，秘密從事地下工作,。

1944年3月,，輔仁大學秘書長英千里和沈兼士、胡魯士神父（荷蘭人）,、范文瀾,、趙光賢、李德倫,、蕭乾,、葛信益、趙禹錫,、張懷等三十多名教授,、附中教員因宣傳抗日被捕。

陳垣作為校長,，雖不鼓勵教師和學生去冒險,，但常常暗中支持他們，和他們一起并肩與敵人周旋,。

趙光賢回憶說：“先生不僅指導我如何治學,，也教育我如何應(yīng)變?！?/p>

在陳垣等人積極營救下,，入獄師生于1945年7月得釋出獄。

抗戰(zhàn)還未勝利,，輔仁大學公宴出獄的諸教授,，以此來表達對他們的支持和對日偽當局的抗議。

趙光賢說：“我在監(jiān)獄里住了一年又五個月,，才得釋放,。這期間,，在先生的不屈精神的鼓舞下,，始終精神振奮，一心想著,，要有臉面去見老師,。出獄之后，去拜見先生,，先生熱情地握著我的手,，說：'你們終于勝利歸來,，歡迎你！’我心里一陣激動,，幾乎掉下淚來,。”（趙光賢在《回憶我的老師援庵先生》,，載于《勵耘書屋學問記》,，三聯(lián)書店1982年6月版）

葛信益也回憶道：“1944年3月間，我以及輔仁有二十多位教授,、教師都被日憲抓去,，坐了一年多的監(jiān)獄，1945年日本投降前夕才出獄,。出來后,，陳老師送我一本他撰寫的《通鑒胡注表微》，并親自題了'信益仁弟蒙難紀念’八個字,?！保ǜ鹦乓妗队肋h懷念我的老師援庵先生》，載于《紀念陳垣校長誕生110周年學術(shù)論文集》,，北京師范大學出版社1990年10月版）

陳垣還想方設(shè)法地宣傳愛國思想,，以歷史故事教導學生愛國家，講氣節(jié),，不貪財愛利,，要鍛煉身體，積蓄力量,，以待時機報國,。

當時日偽當局為了籠絡(luò)人心，提倡“讀經(jīng)”,，陳垣先生就用儒家經(jīng)典的話,，巧妙地打擊敵人。

1939年,，他為《輔仁學刊》題詞曰：“毋事浮囂失禮于人,，毋徒顧目前，毋見利忘義,，永保汝令名”,。

在1940年的輔仁返校節(jié)題字為：“規(guī)矩嚴，功課緊,，教授認真,，學生在校時每不甚愿意也，及至畢業(yè)出世,，所知所能者少,，則又第咎學校規(guī)矩之不嚴,，功課之不緊，教授之不認真,，何也,？語曰：書到用時方恨少。又曰：閑時不學忙時悔,。諸如皆過來人,，能一告在校同學使毋遺后悔。努力,、努力,、加努力！”

給1940年的《輔仁學刊》題詞是：“子張問行,，子曰：言忠信,，行篤敬，雖蠻貊之邦,，行矣,。言不忠信，行不篤敬,，雖州里行乎哉,！今諸君畢業(yè)將行，謹書此為贈,?！?/p>

1942年為畢業(yè)生同學年刊題曰：“《孝經(jīng)》曰：士有諍友則身不離于令名，父有諍子則身不陷于不義,。交友之道在得切磋之益,，毋徒事佚游宴樂，是之謂輔仁”,。

1942年4月,，抗戰(zhàn)已經(jīng)進入第六個年頭。輔仁大學舉行返校節(jié),，返校節(jié)照例要開運動會,，陳垣校長要在會上致詞。他環(huán)顧會場,，發(fā)現(xiàn)觀眾中混進了一些漢奸,。他說：“今天不是開運動會嗎，我給大家講一個孔子開運動會的故事,?！?/p>

孔子怎么會開運動會？

這個題目一宣布立刻引起了大家的注意,。

陳垣先生接著說：“《禮記》的《射義》篇記載,，孔子曾主持射箭比賽，讓子路宣布：凡是敗軍之將,，投降事敵的人,；凡是亡國大夫，在敵偽作官的人,；凡是貪財好利的人,，都不能進運動會會場。宣布后,，有些人只好溜了,。比賽結(jié)束，孔子又讓學生宣布：在場觀眾,，有幼壯孝弟,，年老好禮，不隨波逐流,，一直到死都能修身潔己的人,，可坐眾賓之位。結(jié)果,，又走了一批人,。最后，孔子宣布：凡好學不倦,，好禮不變,，八、九十歲仍能正直不亂的人,，才真能坐在眾賓之位的席上,。”陳垣講完之后,，有些達官貴人退出了會場,，有的人想給他找點罪名，且看他說得言之鑿鑿,，也不知《禮記》里面的《射義》是不是真有這樣一篇記載,，萬一真有，自己才識淺陋,，豈不要鬧笑話,？有人明知他是借題發(fā)揮，也不好說什么,，因為他講的是孔子,。

陳垣還別出心裁地選用具有“故國之思”的清初學者全祖望的文集作為“史源學實習”課的教材。

其中有一篇是全祖望和杭世駿關(guān)于劉豫墓在何處的討論,。

劉豫是金滅北宋以后建立的偽齊傀儡政權(quán)的頭目,。金滅北宋以后,，一時不能滅南宋，在中原地區(qū)建立過一個偽齊政權(quán),。這兩個學者討論偽齊的頭子劉豫死后到底埋在什么地方,。

陳垣分析了兩人觀點之后，他突然話題一轉(zhuǎn),，說劉豫到底埋在哪里不重要,，有一條材料講，劉豫的后人故意隱瞞自己的家世,，說先人“事軼不傳”,。陳垣先生的結(jié)論是：“人至為子孫所羞稱，則亦已矣,！”

在當時的課堂上這樣講,，是需要很大的勇氣和冒很大風險的。

抗戰(zhàn)八年,，陳垣“居'黌舍為墟,，士星流散’之北平，拒不仕敵,，閉門著書,，更堅守輔仁，'聚徒訓眾’,，一再勉勵青年學生要愛護名譽,，認真讀書，其為國家保留'讀書種子’之苦惱孤詣若此,?！保ㄍ趺鳚伞蛾愒论E著作編年》，載于《紀念陳垣校長誕生110周年學術(shù)論文集》,，北京師范大學出版社1990年10月版）

他堅持不與敵偽合作,，潛心著述，以全祖望等明末遺民愛國情操相砥礪,，并箋注《鮚埼亭集》,。所以陳垣致友人信中說：“亦所謂還心愿也?！?/p>