成吉思汗分封時,，察合臺得到的封地是原哈剌契丹國所在的草原，也就是從回鶻地區(qū)到不花剌和撒馬兒干，基本上包括了伊犁河流域,、伊塞克湖,、楚河上游和怛邏斯河流域，還有喀什噶爾和河中地區(qū),。察合臺的常駐地在伊犁河南岸,。從1227年到1242年，察合臺統(tǒng)治著這塊廣大的地域,。遵照成吉思汗的授命,，他管理著札撒和蒙古人的紀(jì)律，是成吉思汗法典的嚴(yán)謹(jǐn)執(zhí)行者,。當(dāng)成吉思汗決定把汗位交給他的弟弟窩闊臺時,，他沒有任何異議，因為那是他父親的決定,。有一次,，他和已是大汗的弟弟賽馬，沒想到察合臺獲勝了,，第二天,，他像一個罪犯一樣乞求窩闊臺對他的寬恕。但察合臺是一個舊式的蒙古人,，他不懂得以中國和波斯的模式,，建立起一個正規(guī)的國家，在中國,，忽必烈成了皇帝,，在波斯，旭烈兀成了蘇丹,。而察合臺的后裔仍就是草原王子,，他們?nèi)匀恢鹚荻樱鯂慕蛞彩遣还潭ǖ摹?/span>

察合臺去世后,，把王位留給了孫子合剌旭烈兀,，1246年，新大汗貴由讓自己的私友,、察合臺的兒子也速蒙哥取代了他,。但也速蒙歌站在窩闊臺家族一方，反對蒙哥稱汗,，蒙哥即位之后,，剝奪了他的汗位，把它重新交給合剌旭烈兀,，并授命合剌旭烈兀將他的叔叔處死,。從這一系列宮廷政變看出,，這時的察合臺汗國還沒有自治，只是哈剌和林的一個屬地,。

這種情況在阿魯忽時期發(fā)生了變化,。合剌旭烈兀死后，他的遺孀一直控制著察合臺汗國,。1260年,，忽必烈和阿里不哥發(fā)生爭奪汗位的斗爭，為了控制西域,，他們二人先后均以蒙古大汗的身份，派出自己身邊的察合臺后裔去察合臺汗國爭奪權(quán)力,。忽必烈派出的阿必失哈在就位途中被阿里不哥的軍隊捕殺,，阿里不哥派出的阿魯忽到達(dá)阿力麻里，宣布即位,。阿魯忽利用阿里不哥的授權(quán),，到阿姆河以北地區(qū)征集人馬，籌辦糧餉,，乘勢吞并了大片原屬朝廷管轄的土地,，奪得中亞的控制權(quán)。一旦坐大,，阿魯忽就背叛了阿里不哥,，將征收到的賦稅、馬匹和武器據(jù)為己有,。1262年,，阿魯忽宣布?xì)w順忽必烈。而忽必烈把金山至阿姆河之間的土地交給阿魯忽防守,，并承認(rèn)了察合臺汗國乘阿里不哥之亂控制了阿姆河以北地區(qū)的事實,。事實上，自此以后,，元廷便不再過問阿姆河以北之地的政務(wù),。

阿魯忽死后，忽必烈把汗位交給了身邊的察合臺后裔八剌,，但此時,，中亞進(jìn)入了“海都時代”。海都是窩闊臺的嫡孫,，對蒙古汗位從自己家族轉(zhuǎn)移到拖雷家族耿耿于懷,，與忽必烈爭斗數(shù)十年，直到他死為止,。忽必烈委命八剌的目的,，也是為了在中亞打進(jìn)一個楔子,，鉗制住海都。但八剌即位不久,，便與海都妥協(xié)了,，淪為海都的附庸。標(biāo)志元廷與察合臺汗國關(guān)系變化的另一個重要事件,，是八剌,、海都和欽察汗蒙哥帖木兒召開的塔剌思忽里臺大會。這是蒙古歷史上第一次沒有得到大汗批準(zhǔn)的忽里臺會議,，西北三王劃分了各自在阿姆河以北地區(qū)和突厥斯坦的勢力范圍,。

八剌死后，他的四個兒子和阿魯忽的兩個兒子聯(lián)合起來,，企圖擺脫海都的控制,。海都打敗他們后，把汗位給了八剌的兒子篤哇,。篤哇接受了他兄弟們的教訓(xùn),，向都海表明自己是忠實的臣屬。帖堅古之戰(zhàn)后,，海都傷重去世,，臨死前把自己汗國諸事托付給篤哇?？赡芎６紱]有來得及指定繼位人,，篤哇提議海都的長子察八兒繼位。但察八兒缺乏能力維持海都一手創(chuàng)建的帝國,，在篤哇的指引下,，一步步走向末路。篤哇向察八兒提議承認(rèn)鐵穆耳皇帝的宗主權(quán),，西北諸王與元廷之間的戰(zhàn)事已持續(xù)四十余年,，元成宗也早有結(jié)束戰(zhàn)爭的意圖。元朝和篤哇的約和,，是基于共同削弱窩闊臺汗國這一目標(biāo),，海都曾是元朝最大的敵人。成宗鐵穆耳慫恿篤哇從海都家族手中奪取對中亞的控制權(quán),。1303年8月,，篤哇和察八兒承認(rèn)歸順元朝，這樣,，持續(xù)四十余年的內(nèi)戰(zhàn)結(jié)束了,，蒙古又重歸統(tǒng)一。可是,，當(dāng)篤哇得到元成宗的允諾后,，便公開向窩闊臺家族提出領(lǐng)土要求,，使兩個汗國長期存在的聯(lián)盟破裂了。在也兒的石河一戰(zhàn)中,，察八兒被篤哇和鐵穆耳皇帝的聯(lián)軍夾擊,，別無選擇，向篤哇投降,。篤哇對察八兒以禮相待,，但收回了伊犁河流域和喀什噶爾，其汗國領(lǐng)土終于完整,。

察合臺汗國的衰落經(jīng)歷了兩個過程,，首先是篤哇家族內(nèi)部為爭奪汗位，使篤哇后裔的勢力逐漸衰敗,。篤哇是察合臺汗國的第九任大汗,，從他死時的1306年,，到第二十六任汗即位的1362年,，短短五十六年中,，出現(xiàn)了十七位汗,，平均三年換一任汗,。在諸王爭奪汗位的過程中,，諸侯勢力得以坐大，這些諸侯大都出自非成吉思汗家系的蒙古貴族,，他們的祖先隨察合臺出征西域后，成為蒙古鎮(zhèn)戍軍留駐當(dāng)?shù)?。在第二十二任汗合贊算端死后,，統(tǒng)一的察合臺汗國陷于分裂,，各部諸侯紛紛獨立,，自擇察合臺后裔立為汗。

合贊算端是最后一位享有權(quán)威的察合臺汗國之汗,，1346年合贊被弒殺后,，原察合臺王室在不同支派的統(tǒng)治下分裂成東,、西兩部分,，河中地區(qū)為西察合臺汗國， 怛邏斯河與瑪納斯河之間的伊塞克湖地區(qū),，又稱蒙兀兒斯坦,，為東察合臺汗國，被認(rèn)為是正統(tǒng)察合臺汗位的延續(xù),。察合臺汗國東、西兩部為忽闡河為界,，察赤（今塔什干）和忽氈以西為“西部”,。

元末明初西域最重要的政治變動，是在西察合臺汗國的地面產(chǎn)生了帖木兒帝國,。帖木兒的祖先做過察合臺汗國的大臣,，1362年，帖木兒起義,，與蒙古人作戰(zhàn)時被打傷成了瘸子,，被稱為跛子帖木兒。后為贏得察合臺后王信任,，將其公主納為妻妾,，又被稱作駙馬帖木兒,。1264年,，他用武力扶持忽辛稱汗,，又在1369年將他殺死,，建立帖木兒帝國,，西察合臺國滅亡,。帖木兒在短時間內(nèi)征服了西察合臺汗國和伊利汗國、欽察汗國的大部分領(lǐng)土,，它是繼成吉思汗之后的又一個草原帝國,，也是最后一個草原帝國。

1570年,，東察合臺汗國時為吐魯番汗國,，它的最后一任可汗在與同是察合臺系的葉爾羌汗國交戰(zhàn)時被俘,，東察合臺汗國正支汗統(tǒng)結(jié)束,。但葉爾羌汗國還可認(rèn)為是東察合臺汗國的延續(xù)，至1680年被準(zhǔn)格爾汗國滅亡,，東察合臺汗國的歷史徹底結(jié)束,。