之前也有不少文章對GEPIA做過有針對性的推薦,，而本帖則主要將GEPIA的功能做一次全面的分析,。

GEPIA平臺對TCGA數(shù)據(jù)的分析足以滿足大部分處于科研金字塔底層的勞動人民的日常科研補圖需求,，那么GEPIA可以提供哪些直接可用的功能和圖呢？

1. 對選定癌種的差異基因分析匯總,，并具體在每一條染色體表示。

2. 對選定基因的表達量（基于TPM值）分析,。

選定癌種和閾值（log2FC和q-value）以及差異分析方法（ANOVA,、LIMMA）以及納入的樣本（單純腫瘤組織、還是腫瘤與配對正常組織,，還是包含了除TCGA數(shù)據(jù)庫外的GTEx數(shù)據(jù)匯總），就可以得到相應的各個癌種的表達圖,。

這項功能特別適用于某個基因的pancancer分析。

3. 對特定基因的特定癌種的正常組織對比腫瘤組織的表達分析,。

選定癌種,，選定閾值以及納入組織類型，就可以得到即用的表達箱圖，有紅色星星的表示有差異,。

4. 對特定基因在特定癌種中的不同病理分期中的表達差異分析。同樣,，選定癌種，選定大范圍粗略的Stage分析（Stage I,，II，III,，IV）還是精細的Stage分析（包含Ia-IVb）。所得結果圖也是即用型（這里說明這個基因在Stage I沒有相應結果）,。

這項功能特別適用于某個基因的clinicopathological 的補充分析,，比如某些reviewer讓你補充基因在癌種中的隨病情的表達變化,，這就是絕好的材料。

5.對多個目標基因的表達分析,。

6.對特定基因的生存分析,，這個是經(jīng)典中的經(jīng)典,。

7. 對特定病種里所有與預后差異顯著相關的基因的匯總。這個適合找課題,。

8. 想了解目標基因有哪些類似基因的情況下，可以用這個類似基因篩選功能,。

9.如果想了解兩個基因之間的關聯(lián)性,，可以用這個功能,。

總的來說,，GEPIA目前提供的功能非常全面和簡潔,。非常適合對常規(guī)實驗室文章的臨床數(shù)據(jù)補充和驗證,。