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開泰生物經(jīng)半年，投入研發(fā)巨資,，臥薪嘗膽,，嘔心瀝血，潛心研究……終于,，抓住了2018年的尾巴,，成功推出了一款高分神奇——Ribo-Seq（核糖體印跡測(cè)序技術(shù)） 對(duì)于還不太了解Ribo-Seq的小伙伴們，小編在這里給大家簡(jiǎn)單介紹一下吧~ Ribo-seq系由Weissman課題組于2009年首次發(fā)表的翻譯組學(xué)研究技術(shù),。利用Ribo-seq,，研究者能從基因組水平檢測(cè)蛋白質(zhì)的翻譯狀況，獲得全面的、高質(zhì)量的蛋白質(zhì)翻譯速度情況,，了解蛋白質(zhì)表達(dá)情況及其豐度；還能直接對(duì)翻譯過程進(jìn)行研究,。 與常規(guī)的RNC-Seq相比,，Ribo-seq是只僅僅研究被核糖體保護(hù)的正在進(jìn)行翻譯的mRNA片段，而RNC-Seq則是對(duì)與核糖體形成復(fù)合物的mRNA全長(zhǎng)序列進(jìn)行測(cè)序研究,。因此,，Ribo-seq能準(zhǔn)確預(yù)測(cè)蛋白翻譯的豐度，而RNC-Seq則不能,。 眾所周知,，生物體中DNA轉(zhuǎn)錄翻譯成蛋白質(zhì)的過程是一個(gè)非常復(fù)雜的過程，常規(guī)的從DNA到RNA,，我們可以用Chip-Seq和ATAC-Seq進(jìn)行研究,，而Ribo-Seq則是研究RNA到蛋白質(zhì)的一個(gè)過程。 Ribo-seq主要針對(duì)的是被核糖體保護(hù)的那一段mRNA,，長(zhǎng)度在30nt左右,，可以說Ribo-seq為我們提供了一把研究翻譯調(diào)控的金鑰匙。  那么,，Ribo-seq具體具有哪些特點(diǎn)呢,？ 可精確定位正在翻譯的基因 Ribo-seq可提供精確的位置信息。該技術(shù)可用在翻譯調(diào)查方面,，到目前為止可用來鑒定程序性框移（雙解碼）,、終止密碼子通讀、核糖體暫停,、在非AUG密碼子和uORF翻譯區(qū)的翻譯起始,。 2 2、可準(zhǔn)確定量基因翻譯水平 Ribo-seq可對(duì)不受干擾細(xì)胞的翻譯過程的檢測(cè)和定量提供一個(gè)較大的動(dòng)態(tài)范圍,，這一方法的靈敏度取決于樣本的測(cè)序深度,，即使是一些罕見的翻譯事件，也可以進(jìn)行相對(duì)定量,。 3,、瞬時(shí)測(cè)量翻譯效率 當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)發(fā)生表達(dá)時(shí)，Ribo-seq可以靈敏地檢測(cè)到,。Ribo-seq和mRNA-Seq的定量反應(yīng)了轉(zhuǎn)錄本的豐度與瞬時(shí)蛋白合成的速率不成正相關(guān),。對(duì)轉(zhuǎn)錄本豐度和蛋白合成豐度的定量檢測(cè)，可推斷相對(duì)的翻譯效率,，隨著mRNA實(shí)時(shí)發(fā)生變化,，反應(yīng)了在翻譯水平上的一個(gè)動(dòng)力學(xué)調(diào)控。 小編縱觀了過去的2017和2018年高分文章，大部分研究技術(shù)是以Ribo-seq和mRNA的聯(lián)合使用為主,，研究方向也相對(duì)集中,，大多是以基因功能、作用機(jī)制驗(yàn)證或探究為研究方向,。
區(qū)別于往年的單純使用mRNA測(cè)序發(fā)表的文章,，這些文章具有更強(qiáng)的吸引眼球的能力，增加了Ribo-seq后  1.在mRNA測(cè)序方向上增加了亮點(diǎn),； 2.深化了轉(zhuǎn)錄組研究,，在翻譯層面研究更貼近生物表 型； 3.比蛋白組更精細(xì),，可以準(zhǔn)確定位到基因組位置,； 4.能識(shí)別轉(zhuǎn)錄本來源，區(qū)分同源基因,； 5.確定正在翻譯的基因,，并確定翻譯起始效率； 6.通過翻譯機(jī)制的研究,，可以彌補(bǔ)基因差異表達(dá)過多 或過少的問題,。 看到別人能發(fā)這么高分的文章，內(nèi)心有只小鹿在狂跳啊有木有,？ 那么,，Ribo-seq具體是怎么來應(yīng)用到我們的實(shí)際研究的呢？ 第一：Ribo-seq可以應(yīng)用于翻譯探究機(jī)制,。 （1）關(guān)注正在翻譯的基因中,，哪些處于高效翻譯，調(diào)控參與翻譯效率的原件有哪些,。 （2）解釋雙解碼的發(fā)生機(jī)制,，哪些基因可以發(fā)生雙解碼，具有哪些結(jié)構(gòu)特征,。 （3）探究非常規(guī)翻譯的現(xiàn)象,。 第二：Ribo-seq可以深化轉(zhuǎn)錄組分析。 （1）關(guān)注差異表達(dá)的基因中,，究竟有哪些正在翻譯,，且翻譯效率如何。 （2）縮小差異表達(dá)基因的范圍,，只關(guān)注正在翻譯的基因,。 （3）若差異表達(dá)基因太少，則可通過Ribo-seq發(fā)現(xiàn)更多差異表達(dá)的基因,。 第三：Ribo-seq可以用于解釋轉(zhuǎn)錄組與蛋白組結(jié)果不一致,。 （1）當(dāng)基因轉(zhuǎn)錄不翻譯,，或者翻譯效率低時(shí)，可能會(huì)出現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組顯示有差異或差異顯著,，而蛋白組無差異或差異不顯著,。 （2）若只檢測(cè)了蛋白組，僅能粗略定位到基因區(qū)域,，但無法明確轉(zhuǎn)錄本,，更無法明確轉(zhuǎn)錄本中的編碼性O(shè)RF。 第四：Ribo-seq可以深化非編碼RNA的測(cè)序分析,。 （1）用于探究LncRNA中的TUCP是否具有編碼功能。 （2）研究circRNA對(duì)應(yīng)的線性RNA是否具備翻譯功能,，開環(huán)后是否在進(jìn)行翻譯,。  小課堂 01 單選題 Ribo-seq具體具有哪些特點(diǎn)呢？ A.可精確定位正在翻譯的基因 B不能準(zhǔn)確定量基因翻譯水平 C.不能瞬時(shí)測(cè)量翻譯且效率 02 簡(jiǎn)答題 Ribo-seq具體具有哪些特點(diǎn)呢,？ Ribo-seq可提供精確的位置信息,。該技術(shù)可用在翻譯調(diào)查方面，到目前為止可用來鑒定程序性框移（雙解碼）,、終止密碼子通讀,、核糖體暫停、在非AUG密碼子和uORF翻譯區(qū)的翻譯起始,。 |
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