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教你三招:Cox回歸比例風(fēng)險(xiǎn)(PH)假定的檢驗(yàn)

 菁華菁華 2018-09-20

Cox回歸是生存分析中的常用方法,,其假定Hazard Ratio(HR)不隨時(shí)間變化,即滿足比例風(fēng)險(xiǎn)假定(Proportional Hazards Assumption, PH假定),。在進(jìn)行Cox回歸前需要對該假定進(jìn)行檢驗(yàn),,本文介紹三種方法。

1,、-ln(-ln(survival)) 圖法

判斷標(biāo)準(zhǔn):如果待評價(jià)的變量分成的亞組曲線平行,,說明滿足PH假定。

2,、預(yù)測生存概率圖法

判斷標(biāo)準(zhǔn):利用擬合的Cox回歸方程生成概率曲線,,該曲線假定PH成立,然后與實(shí)際得到KM曲線做比較,,如果兩條曲線基本重合說明PH假定成立,。

3、統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)法

判斷標(biāo)準(zhǔn):該法將給出統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)的P值,,通過P值判斷,。

下面通過里一個(gè)例子展示如何利用Stata軟件進(jìn)行操作。示例數(shù)據(jù)來自于一個(gè)真實(shí)的白血病研究(Garrett 1997),,包含42例患者,,其變量意義如下:

表1. 示例變量及賦值

展開剩余79%

我們假定變量Treatment1是滿足PH假定的。首先需要在Stata中定義數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)為生存數(shù)據(jù)結(jié)果,,然后再進(jìn)行后續(xù)的分析,。方法如下:

1. 依次點(diǎn)擊:Statistics—Survival analysis—Setup and utilities—Declare data to be survival-time data(圖1),會(huì)出現(xiàn)相應(yīng)窗口(圖2),。

圖1

2. 將代表時(shí)間的變量week選入Time variable框內(nèi),,代表結(jié)局事件的變量relapse選入Failure variable框內(nèi),“1”代表發(fā)生事件,,填入Failure values框內(nèi),。

圖2

3. 點(diǎn)擊OK。

定義好數(shù)據(jù)后,,接下來介紹如何用三種方法進(jìn)行檢驗(yàn),。

1,、-ln(-ln(survival)) 圖法

Stata命令框內(nèi)輸入命令:stphplot, by(treatment1),回車,,得如下圖(圖3):

圖3

判斷:從圖中可以看出,,Treatment1代表的兩種治療方法,曲線基本平行,,因此可認(rèn)為該變量的PH假定基本成立,。

如果在判斷的時(shí)候需要對其他協(xié)變量(如wbc2,wbc3)進(jìn)行調(diào)整,可修改代碼為:stphplot, strata(treatment1) adj(wbc2 wbc3),,得到下圖(圖4):

圖4

可以看到,,對其他協(xié)變量進(jìn)行調(diào)整后兩曲線依然基本平行。

2,、預(yù)測生存概率圖法

Stata命令框內(nèi)輸入命令:stcoxkm, by(treatment1),,回車,得如下圖(圖5):

圖5

判斷:圖中Observed曲線為根據(jù)實(shí)際數(shù)據(jù)得到的K-M曲線,,Predicted曲線為假定PH成立的Cox模型擬合出的曲線,,可以看到,在兩個(gè)治療組中,,曲線基本重合,,因此說明PH假定是成立的。

該法無法調(diào)整其他變量,。

3,、統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)法

在進(jìn)行PH統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)之前,需要首先運(yùn)行要檢驗(yàn)的Cox模型,,后續(xù)的檢驗(yàn)會(huì)自動(dòng)使用模型運(yùn)算的某些結(jié)果,。

首先運(yùn)行要檢驗(yàn)的Cox模型(假設(shè)調(diào)整wbc2和wbc3協(xié)變量),輸入命令:

stcox treatment1 wbc2 wbc3, nolog

然后輸入命令:estat phtest, detail,,回車,,得如下結(jié)果(圖6):

圖6

前三行給出的是納入Cox模型的三個(gè)變量各自的檢驗(yàn)結(jié)果,可以看到P值均不顯著,,因此不能認(rèn)為違反PH假定,。最后一行給出的模型整體性的PH檢驗(yàn)結(jié)果,同樣不能認(rèn)為違反PH假定,。

實(shí)際上,本例中變量Treatment2是不滿足PH假定的,,為了給大家一個(gè)直觀的印象,,本文僅給出-ln(-ln(survival)) 圖法的結(jié)果,輸入命令:stphplot, by(treatment2),,得到圖7:

圖7

對比圖3,,可以看出很明顯的差別,。該圖中兩曲線不再平行,而是發(fā)生了交叉,,因此有理由相信Treatment2變量不滿足PH假定,。

其他方法的嘗試大家可以自己進(jìn)行。

總結(jié)

上面我們介紹了三種具體的方法,,其中前兩種利用主觀判斷,,最后一種通過統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)。主觀性判斷往往因人而異,,而統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)在P值無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義時(shí)僅能說明在當(dāng)前樣本量下不能認(rèn)為違反PH假定,,也無法給出明確的答案。因此推薦多種方法同時(shí)使用,,以利于綜合判斷,。

除上面介紹的三種方法外,還可以在Cox模型中設(shè)置待檢驗(yàn)變量與時(shí)間的交互項(xiàng),,通過判斷系數(shù)是否有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義判斷是否違反PH假定,,但該方法相對復(fù)雜,限于篇幅,,將在另外的文章中予以介紹,。

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