我總結的是樸老師的那部分復習題答案（剪切的圖片傳不上）,，希望對大家有所幫助，有不足之處,，請指正,；同時也期望大家互幫互助，將自己的學習所獲分享分享,！

概念題

1.  Promoter（啟動子）:是處于轉錄序列上游的與RNA聚合酶結合的特殊起始序列,。

2.  Housekeeping genes(看家基因):即組成型表達基因,，在真核生物細胞中只有部分的基因在表達，在這些表達基因中大約90%在某些細胞類型甚至所有細胞中都是表達的,，這樣的基因被稱作看家基因,。

3.  Inducer（誘導物）: 是指通過改變抑制子的的形狀使之失活，從而促進乳糖基因表達的一種分子,。

4.  Attenuator（衰減子）: 衰減發(fā)生處的一種內部終止子序列,。

5.  增強子（Enhancer）：真核生物中通過啟動子來增強轉錄的一種遠端遺傳性控制元件，可存在5端,、3端,，也可以存在于內含子區(qū)具有組織或細胞學特性。

6.  Silencer（沉默子）:是抑制基因轉錄的順式元件,，能引起染色質彎曲纏繞,，使轉錄因子無法與鄰近基因啟動子相結合，從而使基因處于關閉沉默狀態(tài),。

7.  Activators（激活子）：是特異性識別短共有序列元件的轉錄因子,，結合于啟動子或增強子位點上增強轉錄活性。

8.  隔離子（Insulators）:是可以將增強子和沉默子與目標基因隔開,，使其不能再激活或抑制啟動子轉錄的DNA元件,。

9.  Signal Transduction Pathways（信號轉導途徑）: 是指一種信號分子（如生長因子）與細胞表面的受體接觸，將信號送達細胞的生化過程,。

10.Spliceosome Cycle （剪接體循環(huán)）：裝配起始于U1與剪接底物形成保證復合物（保證內含子剪除的基本單位）,；接著U2與該復合體結合，其他因子再結合上去（U2的結合需要ATP）,；繼而U6從U4上脫離,，并在5，剪接位點取代U1,，這一步依賴于ATP,，并激活剪接體，允許U1和U4的釋放,。

11.RNA splicing（RNA剪接）: 從DNA模板鏈轉錄出的最初轉錄產物中除去內含子,，并將外顯子連接起來形成一個連續(xù)的RNA分子的過程。

12.Pseudogenes（假基因）:重復基因發(fā)生較大的結構變化而失去了表達功能的基因稱為假基因,。

13.RNA干擾（RNA interference）:通過向細胞中插入雙鏈RNA使得特異mRNA降解來調控基因表達,。/由RNA介導的通過核酸序列特異性相互作用抑制同源基因表達的現象叫做基因沉默，它在真核生物中普遍存在,，其中在動物中叫做RNA干擾,。

14.Assembly factor（組合因子）:在啟動子區(qū)域能夠識別DNA結合位點的蛋白質。

簡答題及論述

15.Histone modification and its effects on gene expression（組蛋白修飾及對基因表達的影響）?

組蛋白的多種修飾可以改變染色質蛋白的狀態(tài),，對基因表達的影響也多種多樣：

（1）K9組蛋白H3和 H4的乙?；?，促進基因表達

（2）K9組蛋白H3的甲基化，抑制基因表達

（3）K4組蛋白H3的甲基化,，促進基因表達

（4）組蛋白蘇氨酸10位點的磷酸化,，促進基因表達

（5）泛素化以及染色質重組復合體的輔助，都對基因表達產生影響

16.Draw the common structure of Class II Promoters in eukaryote（畫出真核生物中II類基因啟動子的一般結構.

描述：

1)      該啟動子被RNA聚合酶II所識別

2)      它由一個上游啟動子和包含四種不同元件的一個核心啟動子組成,。

⑴     轉錄起始位點的起始區(qū)域：PyPyAN（T/A）PyPy

⑵     下游啟動子元件（DPE）：轉錄起始位點的30bp下游區(qū)域,，G（A/T）CG

⑶     25-30bp上游區(qū)域的TATA框：TATAAAA

⑷     TFIIB識別元件（BRE）：僅在TATA框的上游區(qū)域

⑸     可缺乏這些元件中的至少一個

⑹     上游啟動子元件：上游的遠端區(qū)域

17.順式作用元件的結構特點（Features of cis-acting elements）：

順式作用元件：即轉錄元件，DNA上存在的對基因轉錄效率有影響的DNA序列,。包括啟動子,、終止子、增強子,、沉默子及隔離子,。

（1）       啟動子：是指與RNA聚合酶結合并啟動轉錄的DNA序列。分為兩個部分：

a 核心啟動子元件：在真核生物中,，指轉錄起始區(qū)域的TATA框,；原核生物中,，指-10區(qū),。

b 近端啟動子元件：由上游啟動元件和上游激活元件組成；在真核生物中是指CAAT-框和GC-框,；在原核生物中指-35區(qū),。

（2）       終止子：作為阻止轉錄信號，為RNA聚合酶所識別的DNA序列,，它位于基因編碼區(qū)域的下游,。

（3）       增強子：一段加速基因轉錄的調節(jié)性DNA序列。它的位置不固定,，可在基因5^,，端的上游，也可在3^,，端的下游,，還可在內含子內；它的序列較長,，可達上百個堿基對,，內部常含有一個核心序列（G）TGAGA/TA/TA/T(G)；它的作用距離較遠,。

（4）       沉默子：一段減少或關閉附近基因表達的DN序列,。它的作用不受序列方向的影響，也能遠距離發(fā)揮作用,，并可對異源基因的表達起作用,。

（5）       隔離子：即絕緣子,，一段保護基因表達不被啟動子激活或被抑制子阻遏的DNA序列。

18.What is trans-acting factor?  In which way trans-acting factors can control gene expression?（什么是反式作用因子,？反式作用因子用哪種方式控制基因的表達,？）

反式作用因子：特異性轉錄因子，是一組范圍較廣的DNA結合蛋白,，它通過與DNA結合使其構象發(fā)生變化,，介導DNA模板體內外各種信息，從而激活或抑制轉錄（即通過與順式作用元件結合控制基因表達的蛋白質）,。它包括RNA聚合酶和轉錄因子,。

控制基因表達的方式可能為：

a 在特殊的組織中表達

b 在發(fā)育過程中的某特殊時期表達

c 為蛋白質修飾所要求

d 被配體結合因子所激活

19. A Model for the participation of general transcription factors in initiation, promoter clearance, and elongation（主要的轉錄因子在轉錄的起始、啟動子切斷及延伸過程中的參與模式）

20. How activator actions at a Distance（激活子在遠端如何起作用的）

細菌和真核生物的增強子即使位于啟動子的遠端也能促進轉錄,，以下四種假設可能解釋激活子在遠端起作用的能力：

（1）   改變拓撲結構：激活子與增強子結合,，改變整個DNA雙螺旋的拓撲結構或形狀，使之成為超螺旋,；反過來,，使啟動子暴露出來，讓一般轉錄因子結合上去,。

（2）   滑動：激活子結合到增強子上,，沿著DNA序列滑動，直至遇到啟動子,，這樣就借助于與啟動子的直接接觸來激活轉錄,。

（3）   成環(huán)：激活子結合到增強子上，使DNA序列由外向內形成環(huán),，然后與啟動子上的蛋白質互作,，從而激活轉錄。（這種假設的可信度更高）

（4）   易化追蹤：激活子結合到增強子上,，并與DNA的下游部分結合,，使DNA形成環(huán)；通過擴大環(huán),，該蛋白質追蹤啟動子,；當它到達啟動子位點時就與啟動子上的蛋白質互作，激活轉錄,。

21. Mechanism of Insulator Activity（隔離子的作用機制）

隔離子的作用：

（1）   阻礙增強子的激活作用：隔離子位于增強子和啟動子之間,，阻止啟動子被激活。

（2）   屏障作用：隔離子位于啟動子和高度濃縮的,、被抑制的染色體（被沉默子所誘導）之間,，阻止啟動子被抑制。

其作用機制有兩種模式：

（1）   滑動模型：

a 激活子與增強子和激勵器結合,，沿著DNA序列,，從增強子部位移動到啟動子部位,。

b 隔離子以與一種蛋白質結合或附在鏈上的蛋白質結合的方式，阻止信號到達啟動子,。

（2）   成環(huán)模型：

a 增強子的兩側都有隔離子,，當兩隔離子相互作用連接形成一個環(huán)時，增強子就被隔離在了環(huán)上,。

b 這樣,，增強子就不能刺激附近的啟動子啟動基因的轉錄。

22. Regulation of Transcription Factors（轉錄因子的調控方式）

(1) 轉錄因子的泛素化,。泛素化是指在蛋白質的Lys殘基上添加多拷貝的泛素（一種蛋白小分子）鏈的過程,。轉錄因子的泛素化，作為轉錄因子的一種標記,，一方面便于蛋白水解作用對它們的破壞,，另一方面也有助于激發(fā)它們的活性。（以激活子的泛素化為例：強激活子通常傾向于被范素化降解,，由此提供一種快速關閉強激活子驅使的基因的高水平表達,，從而對基因表達的調控提供轉錄活性；一些轉錄激活子能被單體泛素分子激活,，但多聚泛素化使之失活,。）

(2) 小分子類泛素修飾蛋白化（SUMO化）

是指在目標蛋白的Lys殘基上添加一個或多個SUMO多聚肽（101個氨基酸），使得轉錄因子被穩(wěn)定地間隔在細胞核內,，不能與相應靶基因序列相結合,，使之失去活性,。

(3) 乙?；?/span>

以激活子的乙酰化為例：

a 非組蛋白轉錄激活子和阻抑物均可由組蛋白乙?；D移酶（HAT）進行乙?；@種乙?；哂须p重的調控作用,；

b 組蛋白Lys殘基德乙酰化可以減弱組蛋白的阻抑活性,。

(4) DNA甲基化

a DNA甲基化可調節(jié)基因轉錄活性,，主要表現為抑制轉錄活性，甲基化大都發(fā)生在CpG上

b 可能的機制：甲基化DNA對專一阻遏物親和,，從而阻遏基因轉錄,。

23. RNA processing control regulates mRNA production from precursor-mRNAs.（由mRNA前體合成mRNA的加工調控）

（1）   存在選擇性加工：a 選擇性多腺苷酸化  b 選擇性剪接。

（2）   選擇性多腺苷酸化和剪接各自獨立作用,，在各個組織中的活性也有所不同,。

（3）   依靠調控信號產生特異性產物,。選擇性多腺苷酸化和剪接可誘導同一基因編碼產生不同結構和功能的蛋白（蛋白亞型）

24.Role of the RNA Polymerase II CTD（RNA聚合酶II CTD的作用有哪些？）

（1）       RNA聚合酶II的Rpb1亞基的C端結構域誘導用于外顯子限定的鏈的剪接,；外顯子或內含子限定使給定前體mRNA的剪接方式得到確立,。

a 外顯子限定：剪接因子識別外顯子末端，并將所識別外顯子之間內含子剪除,。

b 內含子限定：內含子末端能被識別,，而外顯子卻不能。

（2）       它在用內含子限定來準備剪接中并無應用

（3）       CTD與剪接因子結合并在外顯子的尾部裝配這些因子,，然后將外顯子挑選出來進行剪接

（4）       CTD參與外顯子限定的模式：

a 所有的外顯子必須是完整的

b 哪些是外顯子,，哪些不是，是很清楚的

c 如果有一到多個外顯子不能確定,，那內含子限定就會起作用

25. The functions of Caps and polyA（加帽和多聚腺苷酸化的作用）.

加帽：大多真核生物和病毒在mRNA的5,，端發(fā)生甲基化現象。

作用：

（1）   保護5^,，端免受核酸酶攻擊,防止mRNA的降解,。

（2）   增強mRNA的可譯性

（3）   有利于mRNA由核仁中向外轉移到細胞質中

（4）   促進前體mRNA的剪接。

多聚腺苷酸化：大多真核生物的mRNA及前體在3^,，端有近250nt長的AMP鏈,，由Poly（A）聚合酶催化加入A

作用：

（1）   通過在Poly（A）連接上Poly（A）結合蛋白I，可延長mRNA的壽命,，增強mRNA可譯性,。

（2）   可以募集mRNA到多核糖體上，利于mRNA的反譯

26.Types of Alternative Splicing（選擇性剪接的類型）

從選擇性啟動子處開始轉錄,，一些被忽略的外顯子會被刪除,，這與選擇性剪切有關。選擇性剪接主要有以下幾種情況：

（1）   5’端的選擇性剪接位點能導致外顯子的刪除或包含

（2）   3’端的選擇性剪接位點能導致外顯子的刪除或包含

（3）   如果mRNA中保留性內含子沒有被識別,，那么就會被保留

（4）   多聚腺苷酸化導致前體mRNA的切斷和下游外顯子的損失

（5）   因而,，最終會產生64種選擇性剪接類型。

27.Model of Formation of the DABPolF Complex（DABPolF復合體的形成模式）.

 描述：

（1）   TFIID幫助TFIIA結合到TATA框上以形成DA復合體.

（2）   TFIIB再結合上去,，從而形成DAB復合體,。

（3）   TFIIF有助于RNA聚合酶結合到-34~+17區(qū) ,這樣就形成了DABPolF復合體。

（4）   最后TFIIE 和TFIIH先后結合上去,，形成完整的轉錄起始復合體：DABPolFEH.

（5）   在體外,，TFIIA的參與是可選擇性的。

28.Diagram the preinitiation complexes with all three classes of TATA-less promoters. Identify the assembly factors in each cases.（圖示含有三類TATA-缺乏型啟動子轉錄起始復合體模式圖,，并明確在每種情況下都有哪些組合因子參與）

描述：

（1）   組合因子首先連接到啟動子上UBF,、Sp1和TFIIIC 分別為三類啟動子的組合因子

（2）   其他因子和TBP再結合上去: SL1、TFIID和TFIIIB分別連接到三類啟動子上

（3）   這樣形成的復合體就可以接受RNA聚合酶（除了II類復合體外）

29.How do signal transduction pathways amplify their signals? Present an example（信號轉導途徑是如何放大信號的，并舉例說明）.

信號轉導途徑：是指一種信號分子（如生長因子）與細胞表面的受體接觸,，將信號送達細胞的生化過程,。

a信號轉導路徑起始于信號分子與受體在細胞表面的反應，

b 這個反應把信號傳遞到細胞,，通常要依靠蛋白質磷酸化把信號從一個蛋白傳遞到另一個蛋白,，從而引起信號的逐級放大，

c 信號最終激活轉錄因子改變基因或基因群表達,，當轉錄因子激活終止時,，信號終止。

30.Present a torpedo model for transcription termination in eukaryotes（表述在真核生物中轉錄終止的魚雷型模式）.

31.Differences between siRNA and miRNA（siRNA和miRNA的區(qū)別）

（1）   siRNA長度為21~26nt的雙鏈RNA分子（dsRNA）,，它是由Dicer酶切割dsRNA分子而成,，這兩條鏈中至少有一條是外源的；而miRNA是長度約為22nt的單鏈分子,，為內源產物,，它的前體是長約70nt具有莖環(huán)結構的RNA分子。

（2）   siRNA沉默基因是通過誘導目標mRNA降解實現的,，而miRNA是通過干擾目標mRNA蛋白質產物積累實現的,，若動物中的miRNA和mRNA配對完好，將導致目標mRNA的斷裂,。

（3）   siRNA會與目標mRNA堿基完全配對,，而miRNA與目標mRNA不完全配對。

32.How Long dsRNA is processed into siRNA（長鏈dsRNA如何轉變?yōu)?/span>siRNA的,？）

長鏈dsRNA被引入到非哺乳動物的細胞中,，在細胞質中Dicer酶將其轉變?yōu)?/span>siRNA，其過程為：

（1）   Dicer酶的PAZ功能域結合在dsRNA末端上,，特異性地識別3,，端突出部分

（2）   從dsRNA的一端開始，Dicer程序性地切除21~25bp片段,。

（3）   這樣形成的siRNA,，其3，端突出部分為雙核苷酸鏈,，其5，端被磷酸化,。

（4）   雙鏈的siRNA與Dicer及Dicer相關蛋白R2D2（鑒別siRNA）結合就形成了B復合體

33.簡述轉錄后的幾種調控方式,。

真核生物轉錄后的調控方式：

（1）       選擇性剪接?；蜣D錄合成前體mRNA后調節(jié)的第一步就是對此轉錄本的加工剪接,；選擇性剪接（ a lterna tive sp lic ing ）是指同一種 hnRNA由于加工不同 ，而產生出不同的 mRNA和蛋白質，,，使得一個基因所攜帶的遺傳信息在轉錄后有所擴展 ,。

（2）       反式剪接。反式剪接是把分別處在兩條甚至3條前體 mRNA上的外顯子經過剪接,，連接成為一條成熟mRNA,。反式剪接這樣一種特殊的剪接方式也具有多種形式 ，可以用于克服基因所攜帶信息量的限制 ,，提高遺傳信息的使用率 ,。

（3）       RNA編輯。是指對轉錄后的 mRNA編碼區(qū)進行堿基插入 ,、刪除或替換 ,，以改變來源于 DNA模板的遺傳信息 ，翻譯出不同于基因原編碼的氨基酸序列的蛋白質,；RNA編輯的結果不僅擴大了遺傳信息 ,，還可能是生物適應中的一種保護措施 。

34.轉錄激活子的調控與基因表達的關系,。

轉錄激活子：與增強子（或激活子結合區(qū)域）結合并能激活附近的啟動子轉錄的一種蛋白,。

基因表達：是指基因通過轉錄和翻譯最終產生蛋白質的過程。

轉錄激活子的調控與基因表達存在密切聯系：

(1) 激活子泛素化

泛素化是指在蛋白質的Lys殘基上添加多拷貝的泛素（一種蛋白小分子）鏈的過程

a 有時由于激活子活性的破壞,，已經被激活的基因也會失去表達活性,，強激活子通常傾向于被范素化降解，由此提供一種快速關閉強激活子驅使的基因的高水平表達,，從而對基因表達的調控提供轉錄活性,；

b 一些轉錄激活子的泛素化（特別是單泛肽化），使之激活素,，但多聚泛素化使之失活,；

c 而蛋白酶體的16S的調節(jié)顆粒可以激活基因的轉錄,。

(2) 激活子的SUMO化

SUMO化：即小分子類泛素修飾蛋白化,，指是在目標蛋白的Lys殘基上添加一個或多個SUMO多聚肽（101個氨基酸）。

a 激活子SUMO化的作用機制與泛素化類似,，但結果不同的是,，激活因子被穩(wěn)定地間隔在細胞核內，不能與相應靶基因序列相結合,，使之失去活性,。

(3) 激活子的乙酰化

a 非組蛋白轉錄激活子和阻抑物均可由組蛋白乙?；D移酶（HAT）進行乙?；@種乙酰化具有雙重的調控作用,。例：輔激活因子p300乙?；?span lang="EN-US" xml:lang="EN-US">p53（腫瘤抑制蛋白，一種激活子）,，使p53的活性增加,，從而促進了該激活子的目標基因的轉錄；p300乙?；?span lang="EN-US" xml:lang="EN-US">BCL6（一種抑制子）,，使其活性喪失，從而導致在激活子激活作用下基因得到轉錄,。

b 另外,，組蛋白Lys殘基的乙酰化可以減弱組蛋白的阻抑活性,。