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生信中的linux基本命令

 我的生信收藏 2018-05-21
clear 清屏
bowtie2-build --trheads 4

ls:
-a 列出所有文件,,包括隱藏文件,;
-l 列出文件的詳細(xì)信息,同ll命令,;
ll -tr dir 將目錄下的文件按時(shí)間排序顯示,,方便查看文件是否仍在更新,從而知道任務(wù)或程序是否跑完,。
cp:
cp file1 path/file2 cp file1 path 復(fù)制文件
cp -r directory 復(fù)制整個(gè)目錄
mv:
mv path1/file path2/file 移動(dòng)文件到另一個(gè)目錄下
mv file1 file2 將file1重命名為file2
rm:
-i 刪除前先發(fā)出警告
-f 直接刪除,,不警告
rm file 刪除文件
rm -r dir 刪除整個(gè)目錄
mkdir:創(chuàng)建目錄
pwd:顯示當(dāng)前路徑
cd:進(jìn)入目錄,"/"表示根目錄,,"~"表示家目錄
history:顯示所有歷史命令
cat:
cat file 顯示文檔所有內(nèi)容
cat file1 file2>file3 將文檔1和文檔2合并為文檔3
cat >file.sh 再把命令粘貼進(jìn)去,,可以保存當(dāng)前運(yùn)行的命令到file.sh文件中
more:分屏顯示文件內(nèi)容;"Enter"鍵表示下一行,;"space"鍵表示下一頁(yè),;"ctrl+b"表示上一頁(yè);"ctrl+f"后翻一頁(yè),;“/”查找,,后加正則表達(dá)式;“shift+g”或“shift+>”跳至文檔結(jié)尾,;“shift+<”跳至文檔開頭,;“q”退出。
less:
less -S file 分列顯示,,左右鍵移屏
less -SN file 打開文件時(shí)顯示行號(hào)
sed -n '1,2p' file 截取文件的1-2行,,p表示截取行
head -n file  顯示文件頭幾行,n默認(rèn)10
tail -n file 顯示文件末尾幾行,,n默認(rèn)10
grep "keyword" file 顯示文件中帶有關(guān)鍵字的行
wc: 統(tǒng)計(jì)文件字節(jié)數(shù),、字?jǐn)?shù)、行數(shù)
du -sh dir:目錄大小統(tǒng)計(jì)
df -h: 磁盤空間統(tǒng)計(jì)
sort: sort -t '-' -k 3 -r
-n 按數(shù)值排序,,小→大
-r 逆序排序,,大→小
-t 指定分隔符
-k 指定區(qū)域
awk:
-F 指定分隔符
$0 所有域
$n 第n個(gè)域
awk '{print $0}' file
awk '{if ($1>$2) {print 1} else {print 0}}' file
top:
top -u user 只顯示某一用戶的進(jìn)程
ps:
ps -fx 顯示當(dāng)前節(jié)點(diǎn)的任務(wù)
ps -ef 顯示所有用戶的進(jìn)程詳細(xì)列表
kill:
kill -9 pid kill -KILL pid 強(qiáng)制終止進(jìn)程
bg:將正在前臺(tái)運(yùn)行的命令轉(zhuǎn)入后臺(tái)運(yùn)行,先"ctrl+z"退出正在運(yùn)行的前臺(tái)命令
fg:將正在后臺(tái)運(yùn)行的命令轉(zhuǎn)入前臺(tái)
chmod:
chmod nnn file n為0-7,;“0”無(wú)任何權(quán)限,;“1”可執(zhí)行;“2”可寫,;“4”可讀
gzip:壓縮為.gz文件
gunzip:解壓縮
tar:
-z 用于xx.tar.gz  或  xx.tgz文件
-j 用于xx.tar.bz2文件
-v 壓縮過(guò)程中顯示文件
-f 使用檔名
-c 壓縮(打包)
-x 解壓縮(拆包)
-t 查看已打包文件,;-c -x -t 擇其一,;
tar -zcvf file.tar.gz file
tar -jxvf file.tar.bz2
nohup order & 將命令放在后臺(tái)運(yùn)行,并輸出到nohup.out文件中,;用jobs可查看運(yùn)行情況
ln [sourcefile] [file or dir]:
-s 對(duì)源文件建立符號(hào)鏈接
-i 覆蓋既有文件之前,,先詢問(wèn)用戶
su user: 改變用戶
passwd: 修改密碼
man order 查詢某個(gè)命令的用法
“ctrl+c”退出;“ctrl+r”撤銷,;
qhost: 查看集群負(fù)載狀態(tài)
NCPU,,總?cè)蝿?wù)數(shù);LOAD,,已運(yùn)行任務(wù)數(shù),;MEMTOT,總物理內(nèi)存,;MEMUSE,,已用物理內(nèi)存;SWAPTO,,總虛擬內(nèi)存,;SWAPUS,已用虛擬內(nèi)存,。
ssh [節(jié)點(diǎn)名稱] 登錄節(jié)點(diǎn)
vi 或 vim:修改或創(chuàng)建文檔

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