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Windows下安裝R及環(huán)境變量設(shè)置

 醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)科學(xué) 2018-05-10


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R 語言是數(shù)據(jù)科學(xué)的終極武器,其最大的優(yōu)點(diǎn)是入門容易,、編程容易,,符合人類的思維習(xí)慣,尤其是統(tǒng)計(jì)和分析背景的人的習(xí)慣,。在 Windows 下安裝非常簡便,,直接默認(rèn)安裝即可。但是有些細(xì)節(jié)方面的問題并沒有很清晰的文檔,,此外由于系統(tǒng)權(quán)限等原因,,有時(shí)會(huì)遇到一些問題,在這篇文章中,,我們會(huì)對這些問題進(jìn)行介紹,,確保初學(xué)者在后續(xù)的操作中能順利使用R工具。

作為R的初學(xué)者,,一定要分清楚 R 的用戶具備兩種身份:“使用者”和“開發(fā)者”,。作為使用者,R實(shí)際上只是一種通過命令行進(jìn)行操作的軟件而已,,雖然看上去是在編程,,實(shí)際上和編程沒有任何關(guān)系,所有的命令實(shí)際上只是在調(diào)用函數(shù),。對于這樣的用戶,,只需要安裝基礎(chǔ)的環(huán)境即可。只有開發(fā)者才需要使用R語言編寫程序,,而寫程序的目地是為了開發(fā)工具給未來的自己或者其他人來使用,,對于這樣的用戶,,需要安裝額外的開發(fā)環(huán)境,因此本文分成兩部分進(jìn)行安裝,。當(dāng)然,,由于開發(fā)者的工具安裝起來也非常簡單,只要不是太排斥安裝更多的軟件,,我們建議初學(xué)者一并安裝,。

基礎(chǔ)安裝

下載和安裝

在 Windows 下,基礎(chǔ)環(huán)境就是 R 的安裝程序,,在 CRAN主頁 進(jìn)行下載即可,。進(jìn)入 Window程序下載頁面 可以下載最新版的安裝包,例如 R-3.3.2-win.exe,。如果要下載舊版本的R,,可以到 歷史版本下載頁面 中下載。R 的安裝是基于文件管理的,,一個(gè)操作系統(tǒng)下可以安裝多個(gè)不同的版本,,不會(huì)有任何的沖突,這是很方便的一個(gè)特性,。

下載成功后,,雙擊進(jìn)行安裝。所有彈出的選擇中全部默認(rèn)進(jìn)行下一步即可,,因?yàn)槌税惭b路徑以外,,其他的設(shè)置都是隨時(shí)可以調(diào)整的。關(guān)于安裝路徑,,如果對電腦不大熟悉的話,,建議不要安裝在C盤,可以裝在諸如 D:\R 這樣的路徑里,。因?yàn)樵?Win7 的系統(tǒng)下,,默認(rèn)的安全權(quán)限是“僅在程序嘗試對我的計(jì)算機(jī)進(jìn)行更改時(shí)通知我”,在該權(quán)限下,,無法直接對C盤的文件進(jìn)行修改(可以通過管理員權(quán)限進(jìn)行操作),,這樣對R的使用會(huì)造成一定的影響,比如R包的文件夾會(huì)跑到另外的地方,。為了操作簡單,,我們建議把這個(gè)權(quán)限調(diào)到最低,即“從不通知”,,可以在 控制面板 -> 用戶帳戶 -> 更改用戶帳戶控制設(shè)置 中進(jìn)行設(shè)置,,這樣的話即使安裝在C盤也沒關(guān)系,當(dāng)然最簡單的辦法是裝在D盤,。注意,,最好不要把R安裝在包含中文字符的路徑中,。

安裝成功后,安裝路徑下會(huì)多出一個(gè)R的目錄,,例如 D:\R\R-3.3.2(后面都以安裝在該文件夾為例,,注意和自己的路徑進(jìn)行類比),桌面上會(huì)出現(xiàn)R的快捷圖標(biāo)(如果是64位的系統(tǒng),,會(huì)出現(xiàn)兩個(gè),,只保留64位版本那個(gè)就行),雙擊打開后會(huì)出現(xiàn)R的控制臺(tái),。

常用設(shè)置

如果是中文環(huán)境,,打開 R 后界面是中文的,建議改成英文,,這樣的話出錯(cuò)提示會(huì)是英文,,在網(wǎng)上能搜索到更多的信息。修改起來非常容易,,用任意文本工具(比如記事本)打開 D:\R\R-3.3.2\etc\Rconsole 文件,,找到最后面的 language = 這一行,直接改成 language = en,,保存關(guān)閉即可,。重新打開R后就變成了英文。

默認(rèn)關(guān)閉 R 時(shí)總會(huì)提示是否保存工作空間,,一般都不建議保存,我們可以通過設(shè)置 Windows 下的快捷方式來取消這個(gè)提示,。在桌面上 R 的快捷圖標(biāo)上右鍵選擇“屬性”,,會(huì)發(fā)現(xiàn)“目標(biāo)(T)”后面有一個(gè)編輯框顯示了快捷路徑:D:\R\R-3.3.2\bin\x64\Rgui.exe,我們將其改成 D:\R\R-3.3.2\bin\x64\Rgui.exe --no-save 然后點(diǎn)擊“確認(rèn)”即可,。再次打開R控制臺(tái)后,,退出時(shí)將不會(huì)提示,默認(rèn)不保存工作空間,。

RStudio

RStudio 是目前最受歡迎的R編輯器,,已經(jīng)成為了R用戶的標(biāo)配。當(dāng)然,,如果不安裝 RStudio 對于 R 的使用不會(huì)有任何問題,,所有的操作都可以在 R 中自帶的控制臺(tái)中完成。只是用了 RStudio 后可以更方便地高亮顯示代碼,、查看幫助,、管理包等。

我們可以在 RStudio下載頁面 下載安裝文件,,比如 RStudio 1.0.136.exe ,,默認(rèn)安裝即可,,安裝成功后 RStudio 會(huì)自動(dòng)找到當(dāng)前使用的 R,打開后可以顯示 R 腳本和運(yùn)行 R 代碼,。注意,,RStudio不能裝在含有中文的目錄中,否則會(huì)出錯(cuò),。此外,,Windows 的登錄用戶名也不能是中文,否則也會(huì)出錯(cuò),。

需要注意的是,,默認(rèn)環(huán)境下顯示腳本中的中文可能會(huì)亂碼,需要設(shè)置成 UTF-8,,在 Tools -> Global Options -> code -> Saving 界面的最下面有 Default text encoding 選項(xiàng),,通過 “Change” 按鈕改成 UTF-8 即可。重新打開 R 腳本,,就會(huì)發(fā)現(xiàn)中文能正常顯示了,。

開發(fā)環(huán)境安裝

以下內(nèi)容僅供 R 的“開發(fā)者”參考,如果只是使用 R 進(jìn)行數(shù)據(jù)分析而不需要自己開發(fā) R 包的話可以忽略以下的內(nèi)容,。不安裝的話不影響正常的使用,。

安裝配置 Rtools

R 的很多工具需要通過 C 來編譯安裝,Windows下并沒有合適的編譯環(huán)境,,所以 R 官方提供了 Rtools ,,安裝后就得到了全套的開發(fā)環(huán)境。到 Rtools下載頁面 下載合適的版本即可,,比如 Rtools33.exe,,修改路徑默認(rèn)安裝,最好是裝在 C:\Rtools 中,。

我們需要修改環(huán)境變量,,在 Windows 下,右鍵 “計(jì)算機(jī)(我的電腦)”,,點(diǎn)擊“屬性”,,在彈出框中選擇“高級(jí)系統(tǒng)設(shè)置”,然后點(diǎn)擊最下方的“環(huán)境變量”,,我們可以發(fā)現(xiàn)“用戶變量”和“系統(tǒng)變量”這兩個(gè)區(qū)域,,用戶變量只對當(dāng)前登錄用戶有效,系統(tǒng)變量對所有用戶都有效,。我們修改系統(tǒng)變量,,在列表中找到名為“Path”的變量,然后點(diǎn)擊“編輯”,彈出一個(gè)輸入框,,“變量值”后面是一段文本,,用英文分號(hào)分隔了很多個(gè)路徑,這就是 Path 環(huán)境變量,,我們在最后添加以下路徑:

D:\R\R-3.3.2\bin\x64
C:\Rtools\bin
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin

當(dāng)然,,要以分號(hào)隔開復(fù)制到以上變量值文本框的最后面,例如:;D:\R\R-3.3.2\bin\x64;C:\Rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;

修改后逐層點(diǎn)擊確定即可,。為了測試是否設(shè)置成功,,可以在“開始”菜單下運(yùn)行“cmd”,將會(huì)彈出命令行界面(Dos黑框框),,輸入以下命令:

1
2
R --version
gcc --version

如果能正常顯示 R 和 gcc 的版本,,則說明安裝成功。

安裝配置 Java 環(huán)境

Java 環(huán)境并不是R中必備的開發(fā)環(huán)境,,但是有很多包會(huì)依賴 Java,,此外像最常用的分析工具比如 Weka、RapidMinier,、Gephi等都需要Java環(huán)境,,所以此處也介紹 Java 環(huán)境的安裝。Java環(huán)境通常包括 JDK(開發(fā)環(huán)境)和 JRE(運(yùn)行環(huán)境),,我們只需要安裝運(yùn)行環(huán)境就行,。

一般來說,Windows系統(tǒng)中自帶了JRE環(huán)境,,通常裝在 C:\Program Files\Java 文件夾,,如果找不到JRE的安裝路徑。我們也可以在 最新版JRE下載頁面下載當(dāng)前版本的JRE安裝文件,,也可以在 歷史版本下載頁面選擇合適的版本,,例如我們選擇 JRE 1.7 (也稱 Java SE 7),下載得到 jre-7u80-windows-x64.exe 文件,。

雙擊安裝即可,假設(shè)我們裝在 D:\R\Java\jre7 中,,需要使用和之前相同的方法添加以下環(huán)境變量:

D:\R\Java\jre7\bin
D:\R\Java\jre7\bin\server

也就是說,,在 Path 環(huán)境變量的值的最后添加 ;D:\R\Java\jre7\bin;D:\R\Java\jre7\bin\server 文本,然后確定后退出,。

為了驗(yàn)證安裝成功,,打開 cmd 命令框,輸入:

1
java -version

如果正常顯示 Java 的版本說明安裝成功,。

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