粳稻有人讀“jing”稻,，有人讀“geng”稻，那到底應(yīng)該怎么讀呢,？2011年10月23日,，國內(nèi)水稻界186名專家，聯(lián)名要求《新華字典》將現(xiàn)行“粳”的“jing”字讀音修訂為“geng”,。咬文嚼字的背后,，是對中國源遠(yuǎn)流長的稻作文化能否留存，數(shù)千年民俗傳統(tǒng)能否得到尊重,，中國水稻學(xué)界能否贏得世界學(xué)術(shù)界重新界定水稻亞種命名的思量,。

2018年4月3日，有報(bào)道稱,，“粳”字的讀音準(zhǔn)備改過來,。該文介紹國家語委啟動了新中國成立以來第三次普通話審音工作，并完成了《普通話異讀詞審音表（修訂稿）》,，在教育部網(wǎng)站進(jìn)行公示,。修訂稿中，確定“粳”字統(tǒng)讀為ɡēnɡ,。如今,，在重磅期刊《Nature》的文章中，“geng”已經(jīng)被中外科學(xué)家聯(lián)合使用。

今天,，《Nature》刊發(fā)了7頁Article研究長文 “Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice”,，該文是由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所牽頭，聯(lián)合國際水稻研究所,、上海交通大學(xué)、華大基因,、深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所,、安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)、美國亞利桑那大學(xué)等16家單位共同完成的3010份亞洲稻群體重測序文章,，并首次使用了漢字,。

國內(nèi)外“大聯(lián)合”、“大協(xié)作”,、“大共享”

2011年9月,，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院、國際水稻研究所和華大基因共同啟動“全球3000份水稻核心種質(zhì)資源重測序計(jì)劃”（3,000 rice geomes project）,，拉開了水稻核心種質(zhì)資源全基因組測序和基因組分析的序幕,。

2014年5月，3000份水稻基因組測序數(shù)據(jù)于“世界饑餓日”公開發(fā)布于NCBI,、DDBJ,、《GigaScience》、阿里云等數(shù)據(jù)庫,，與全球共享,。同時(shí)，基于測序結(jié)果建立了若干重要數(shù)據(jù)庫和資源：SNP和表型數(shù)據(jù)庫（Rice SNP-Seek Database）,；3K 泛基因組數(shù)據(jù)庫（RPAN: Rice Pan-genome Browser）,；另外，泛基因組和結(jié)構(gòu)變異原始數(shù)據(jù)將發(fā)布在《Nature》旗下的《Scientific Data》雜志上,。同時(shí),，該項(xiàng)目從國際水稻研究所引進(jìn)了2400份水稻核心種質(zhì)，極大豐富了我國的水稻遺傳多樣性,。

目前3000份水稻種質(zhì)已經(jīng)發(fā)放給中國科學(xué)院,、武漢大學(xué)、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)等40家科研單位,、高校和育種單位,，發(fā)放超過4萬份次，用于大規(guī)模發(fā)掘影響水稻高產(chǎn),、抗病蟲,、抗逆、優(yōu)質(zhì)新基因和育種應(yīng)用,，全面開始推進(jìn)水稻全基因組分子育種,。

從傳統(tǒng)“經(jīng)驗(yàn)育種”向現(xiàn)代“精準(zhǔn)育種”躍升

水稻種群的基因有著豐富的多樣性和復(fù)雜的作用機(jī)制,，是水稻育種改良的遺傳基礎(chǔ)。長期以來,，全球科學(xué)家一直致力于闡明水稻基因組所有基因的功能及其等位基因多樣性與重要農(nóng)藝性狀的關(guān)聯(lián),，并將研究成果運(yùn)用到水稻遺傳改良中。以基因技術(shù)為核心的分子設(shè)計(jì)育種,，讓水稻育種周期更短,、更有針對性，代表了水稻育種的發(fā)展方向,。3000份水稻（來自全球89個(gè)國家和地區(qū)）代表了全球78萬份水稻種質(zhì)約95%多樣性的核心種質(zhì),。

該研究共檢測到32M的高質(zhì)量SNPs和Indels，對亞洲栽培稻群體的結(jié)構(gòu)和分化進(jìn)行了更為細(xì)致和準(zhǔn)確的描述和劃分,，由傳統(tǒng)的5個(gè)群體增加到9個(gè),，分別是東亞（中國）的秈稻、南亞的秈稻,、東南亞的秈稻和現(xiàn)代秈稻品種等4個(gè)秈稻群體,，東南亞的溫帶粳稻、熱帶粳稻,、亞熱帶粳稻等3個(gè)粳稻群體,、以及來自印度和孟加拉的Aus和香稻；首次揭示了亞洲栽培稻品種間存在的大量微細(xì)（>100bp）結(jié)構(gòu)變異（SVs,，包括易位,、缺失、倒位和重復(fù)）,；構(gòu)建了亞洲栽培稻的泛基因組,，包括12770個(gè)（62.1%）核心（core）基因家族和9050個(gè)（37.9%）分散式(distributed)基因家族。發(fā)現(xiàn)了1.2萬個(gè)全長新基因和數(shù)千個(gè)不完整的新基因,。核心基因比較古老,，大多數(shù)的新基因表現(xiàn)更年輕和長度偏短。

3010份水稻基因組測序的完成僅僅是一個(gè)開端,，隨著分析的深入和更多數(shù)據(jù)的產(chǎn)生,，包含水稻全部優(yōu)良基因多樣性的數(shù)據(jù)庫必將更加龐大與精細(xì)，人們可以從中找到與任何性狀相關(guān)的關(guān)鍵基因并應(yīng)用到育種實(shí)踐中,。這將為開展水稻全基因組分子設(shè)計(jì)育種提供足夠的基因來源和育種親本精確選擇的遺傳信息,，為培育高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì),、多抗水稻新品種奠定基礎(chǔ),。

亞洲栽培水稻起源的新觀點(diǎn)和命名恢復(fù)

在我國，亞洲栽培水稻中“秈”、“粳”（gěng）兩大亞種早在2000多年前的漢代已被人們所認(rèn)知,，但秈,、粳稻的起源和命名在國際上一直存有爭議。

日本學(xué)者加藤茂范于1928年將“秈”,、“粳”稱為indica（Oryza sativa L. subsp. indica Kato）和japonica（Oryza sativa L. subsp. japonica Kato）,，并一直沿用至今。從拉丁文標(biāo)注可以看出,，兩個(gè)亞種用“印度”和“日本”來命名,，帶有很深的殖民主義烙印，也錯(cuò)誤地反映了秈,、粳的親緣關(guān)系、地理分布和起源,。

我國老一輩著名水稻專家丁穎先生把秈稻定名為秈亞種,，粳稻定名為粳亞種（O. sativa L. subsp. keng Ting）。在維基百科中也標(biāo)注了粳（geng）稻（學(xué)名Oryza sativa subsp. keng）,。

《Nature》首現(xiàn)漢字,，為粳稻正名

本研究通過對大量重要進(jìn)化相關(guān)基因的單倍型和泛基因組分析發(fā)現(xiàn)，秈稻攜帶的很多基因不存在于粳稻中,，粳稻的很多基因也不存在于秈稻中,。此外，不同地理來源的水稻農(nóng)家品種群體都帶有特異的基因家族,。根據(jù)這些結(jié)果首次提出了秈,、粳亞種的獨(dú)立多起源假說，并恢復(fù)使用秈（Oryza sativa subsp. xian）,、粳（Oryza sativa subsp. geng）亞種的正確命名,，使中國源遠(yuǎn)流長的稻作文化得到正確認(rèn)識和傳承。

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所王文生副研究員,，國際水稻研究所Ramil Mauleon博士,，上海交通大學(xué)已畢業(yè)博士胡智強(qiáng)，國際水稻研究所Dmytro Chebotarov博士,，華大基因太帥帥高級信息分析工程師,，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所吳志超博士生，安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)黎珉博士,，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所鄭天清副研究員,，國際水稻研究所Roven Rommel Fuentes博士，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所張帆副研究員,，國際水稻研究所Locedie Mansueto博士和亞利桑那大學(xué)Dario Copetti博士為該篇論文的共同第一作者,。

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所黎志康研究員，國際水稻研究所Kenneth L. McNally和Nickolai Alexandrov高級科學(xué)家，上海交通大學(xué)生命科學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院韋朝春教授,，華大基因張耕耘博士,，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所阮玨研究員，亞利桑那大學(xué)Rod A. Wing教授為該篇論文的共同通訊作者,。（圖為文章部分主要作者合照）