TCGA簡(jiǎn)介TCGA線上使用TCGA數(shù)據(jù)再分析工具

TCGA簡(jiǎn)介

腫瘤基因組圖譜計(jì)劃（The Cancer Genome Atlas,，TCGA）由美國(guó)National Cancer Institute（NCI）和 National Human Genome Research Institute（NHGRI）聯(lián)合啟動(dòng)。TCGA使用高通量基因組技術(shù)旨在加深人類對(duì)癌癥的分子機(jī)制的理解,，進(jìn)而提高人類對(duì)癌癥的診斷,、治療和預(yù)防的能力。

TCGA于2006年正式啟動(dòng),，至2009年它主要重點(diǎn)關(guān)注3種腫瘤：多形性成膠質(zhì)細(xì)胞瘤（ glioblastoma multiforme）,、肺癌及卵巢癌。目前TCGA數(shù)據(jù)已經(jīng)了涵蓋33種腫瘤類型,，包括10種稀有腫瘤類型,。

TCGA大致包含以下信息：

1. 臨床信息。每個(gè)癌癥病人來(lái)了之后,，會(huì)記錄好他的臨床信息,，這個(gè)記錄可以非常詳細(xì)，年齡,、性別,、抽不抽煙、用過(guò)什么藥,、之前有沒(méi)有被治療過(guò),、什么發(fā)病原因、什么腫瘤時(shí)期,、什么分型等等,。

2. 各種組學(xué)數(shù)據(jù),。同一個(gè)病人可能會(huì)測(cè)RNA-seq的、miRNA-seq,、做甲基化芯片等等,，但是并不是每個(gè)人每種都測(cè)了一遍，可能有人只測(cè)了RNA-seq,，他就只有RNA-seq數(shù)據(jù),。另外，一個(gè)人可能既取了腫瘤組織,，也取了遠(yuǎn)端的組織或者血液樣本,，這就是為什么會(huì)有normal的sample，但不一定每個(gè)人都取了,，所以你會(huì)發(fā)現(xiàn)normal的樣本總是很少,，甚至沒(méi)有。

TCGA線上使用

使用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)找到乳腺癌的TCGA項(xiàng)目數(shù)據(jù)集中,，受影響人數(shù)排名前100的基因,。

打開(kāi)TCGA主頁(yè)https://portal.gdc./，點(diǎn)擊”Exploration“選項(xiàng)卡,。

在打開(kāi)頁(yè)面的左邊Cases選項(xiàng)卡中,，分別選擇Primary site：Breast，Project：TCGA-BRCA,。Disease Type中只有一個(gè)亞型,，可不選。

在此時(shí)的頁(yè)面右側(cè),，點(diǎn)擊Genes,，接著點(diǎn)擊右下角Save/Edit Gene Set即可保存基因列表。

在出來(lái)的新頁(yè)面中選擇只保存前100個(gè)基因即可,。

TCGA數(shù)據(jù)再分析工具

TCGA官網(wǎng)就可以做數(shù)據(jù)的分析工作,，然而大多數(shù)文章并不是直接這么做的，官網(wǎng)分析更多的是用于超早期的概念探索,，一些常見(jiàn)的TCGA分析工具有：

cbioportal

最出名,，http://www./

特色：最基本的簡(jiǎn)單分析，基因突變,、共表達(dá)/共突變的基因,，下載數(shù)據(jù)也可以。

Ge-mini

特色：手機(jī)app,，可隨時(shí)查看,，主要關(guān)注基因表達(dá)量的變化

UALCAN

最細(xì)致，http://ualcan.path./index.html

特色：1. 對(duì)腫瘤樣本做了很細(xì)很專業(yè)的分組subgroup,，生存分析,、表達(dá)量都可以選擇更細(xì)的亞型或臨床表型做對(duì)比,。

2. 生存分析時(shí)，還能對(duì)比不同分期,、性別,、年齡、體重等臨床特征,。

OncoLnc

特色：可以做mRNA, miRNA, or lncRNA的生存分析

firebrowse

最人性化,，http://www./

特色：1. 下載數(shù)據(jù)方便

2. 圖形化顯示一起發(fā)生突變的基因，還能在網(wǎng)頁(yè)上交互式的改圖

參考資料:

1. TCGA腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)使用訓(xùn)練（一）,。解螺旋。

2. TCGA,，她已經(jīng)用了七年 | 資深用戶深度點(diǎn)評(píng),。嘉因。

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