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生信基礎(chǔ)知識100講

 醫(yī)學(xué)院的石頭 2018-01-04
數(shù)據(jù)庫專題
  1. 一文看懂NCBI的refseq

  2. 淺談Entrez ID

  3. 帶你認(rèn)識GEO數(shù)據(jù)庫

  4. NCBI數(shù)據(jù)庫專題之Taxonomy

  5. 基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫之dbSNP

  6. pubmed

  7. OMIM數(shù)據(jù)庫

  8. Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 數(shù)據(jù)庫的異同


基礎(chǔ)概念專題


  1. 淺談RPKM,FPKM,RPM,TPM的區(qū)別

  2. 二代測序的barcode/index

  3. De Novo sequencing vs resequencing

  4. 淺談FastQ和FastA格式

  5. NGS基礎(chǔ)概念-depth and coverage

  6. 名詞package

  7. paired-end Reads


中心法則專題


  1. 中心法則-DNA

  2. 中心法則-RNA

  3. 中心法則-蛋白質(zhì)

  4. DNA復(fù)制

  5. NGS與轉(zhuǎn)錄

  6. 中心法則之翻譯

  7. 逆轉(zhuǎn)錄

測序平臺專題

1.Sanger測序

2.illumina測序

3.羅氏454測序

4.SOLiD測序

5.Ion Torrent測序

6.pacbio測序

7.納米孔測序


數(shù)據(jù)格式專題


1.FastQ和FastA格式

2.SAM格式

3.gff/gtf格式

4.Bigwig/Wiggle格式

5.bed格式

6.vcf格式

7.Blast&Blat


測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制專題


1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之FastQC

2.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之cutadapt

3.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之sickle

4.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之Trimmomatic

5.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之fastx Toolkit

6.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之RSeQC

7.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之CHIPQC

組學(xué)專題

1.組學(xué)專題-基因組學(xué)

2.組學(xué)專題-轉(zhuǎn)錄組學(xué)

3.組學(xué)專題-表觀基因組學(xué)

4.組學(xué)專題-微生物組學(xué)

5.組學(xué)專題-蛋白質(zhì)組學(xué)

6.組學(xué)專題-代謝組學(xué)

變異形式專題

1.變異形式專題-參考基因組

2.變異形式專題-基因結(jié)構(gòu)

3.變異形式專題-SNP多肽性

4.變異形式專題-SNV

5.變異形式專題-CNV

6.變異形式專題-SV

7.變異形式專題-INDEL

遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題

1.遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題-1000genomes

2.遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題-hapmap

3.遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題-EXAC

4.遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題-ESP6500

5.遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題-UK10K

6.遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題-COSMIC

7.遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題-TCGA

8.遺傳資源數(shù)據(jù)庫專題-gnomAD


轉(zhuǎn)錄組專題

轉(zhuǎn)錄組專題-可變剪接

轉(zhuǎn)錄組專題-融合基因

轉(zhuǎn)錄組專題-WGCNA分析

轉(zhuǎn)錄組專題-變異位點(diǎn)

轉(zhuǎn)錄組專題-芯片異同

轉(zhuǎn)錄組專題-GTEx

轉(zhuǎn)錄組專題-BodyMap

功能數(shù)據(jù)庫專題

功能數(shù)據(jù)庫專題-GO

功能數(shù)據(jù)庫專題-KEGG

功能數(shù)據(jù)庫專題-BIOCARTA

功能數(shù)據(jù)庫專題-reactom

功能數(shù)據(jù)庫專題-DAVID

功能數(shù)據(jù)庫專題-GSEA

學(xué)習(xí)資源分享專題

學(xué)習(xí)資源分享專題-國內(nèi)外幾十個生信課程帶你飛

學(xué)習(xí)資源分享專題-數(shù)據(jù)分析與R語言

學(xué)習(xí)資源分享專題-帶你快速入門高通量測序

學(xué)習(xí)資源分享專題-生信人windows電腦必裝軟件

學(xué)習(xí)資源分享專題-網(wǎng)絡(luò)學(xué)習(xí)資源-MOOC

學(xué)習(xí)資源分享專題-生信入門

幫助更多人更好的入門生物信息學(xué)一直是我做分享的初衷,,博客也好,,論壇也罷,還有現(xiàn)在流行的微信公眾號都只是一個表現(xiàn)形式,。漸漸地生物信息學(xué)數(shù)據(jù)處理業(yè)界第一大號,,幾萬粉絲,過百學(xué)員及VIP合作伙伴這些包袱束縛了我,,無法在生信技能樹這個平臺過多的涉及過于基礎(chǔ)的知識點(diǎn),,我們和其它平臺很大的區(qū)別就是從來不會缺遠(yuǎn)程教程,但是過去的一年做的實(shí)在是太優(yōu)秀了,,迫不及待的把所有精華知識分享給了一起進(jìn)步的小伙伴。導(dǎo)致未來的教程想超過過去的表現(xiàn)真的很難,,而關(guān)注我們的人不斷有涌來,,各種知識背景,基礎(chǔ)的人都有,,如果我們一直發(fā)布高質(zhì)量,,操作門檻高的教程又對他們不住,思來想去就重操過往生信菜鳥團(tuán)大旗,,帶領(lǐng)一般愛智求真的小伙伴一起為大家鋪設(shè)入門的康莊大道,。

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