生存分析是評(píng)價(jià)疾病預(yù)后的一個(gè)重要分析方法,，尤其是在腫瘤研究中。之前我們介紹過(guò)好幾個(gè)腫瘤生存分析的在線工具,，比如KM plotter,，Onclnc,，GEPIA等等（生存分析，這個(gè)網(wǎng)站還不錯(cuò),！,，懶人怎么做腫瘤病人的生存分析？）,。有童鞋反映說(shuō)這幾個(gè)工具分析出來(lái)的結(jié)果咋不一樣呢,？

原因主要有：

1、在線工具的數(shù)據(jù)樣本來(lái)源不同,，大致上是KM plotter（TCGA數(shù)據(jù) GEO數(shù)據(jù)）>GEPIA（TCGA數(shù)據(jù)）>Onlnc（部分TCGA數(shù)據(jù)）

2,、分析時(shí)樣本剔除的標(biāo)準(zhǔn)有所不同。

此外,，在線工具分析的結(jié)果你無(wú)法得到入選分析樣本的臨床數(shù)據(jù),，也無(wú)法得到下圖這樣分類更加詳細(xì)的生存分析結(jié)果。

（碩士論文：浙江省常見(jiàn)惡性腫瘤生存分析）

所以有的時(shí)候還是得自己親自動(dòng)手做不做生存分析,，今天就給大家介紹一下如何用SPSS分析對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的腫瘤（肺腺癌）數(shù)據(jù)進(jìn)行生存分析,。（SPSS版本是16.0的，還是英文的,，從一個(gè)留學(xué)的同學(xué)那拷來(lái)的,，一直沒(méi)換，大家將就著看吧）

首先是下載TCGA的臨床數(shù)據(jù)和測(cè)序數(shù)據(jù)（FPKM數(shù)據(jù)）,，這一步可以用簡(jiǎn)易TCGA下載工具這個(gè)小工具來(lái)處理（這么好用的TCGA數(shù)據(jù)下載工具,？！）,。

得到臨床數(shù)據(jù)后,，我們需要得到Over survival（OS）的數(shù)據(jù)，如果病人死亡了,，OS就等于days to death,，如果還活著，那就等于days to last followup,。而沒(méi)有數(shù)據(jù)的病例就是我們需要剔除的條目了,。

得到OS的數(shù)據(jù)之后,，我們可以選擇不同的臨床信息進(jìn)行生存分析,，比如TNM分級(jí)，吸煙與否,，治療方式等等,。

我們以抽煙為例，Not Availale為不抽煙病例,，其他為抽煙的病例,。

根據(jù)存活與否排序,，得到OS的數(shù)據(jù)，再根據(jù)OS排序,，刪除沒(méi)有生存信息的數(shù)據(jù)

再看下吸煙情況,，不吸煙的人似乎有點(diǎn)少，看來(lái)得肺腺癌的還是吸煙的多啊,。,。。

考慮到“節(jié)目效果”,，這里把吸煙史=1的也歸到不吸煙組,。

向SPSS導(dǎo)入數(shù)據(jù)時(shí)，個(gè)人習(xí)慣先把EXCEL復(fù)制成TXT文本文件再導(dǎo)入（出錯(cuò)情況較少）,。

選擇數(shù)據(jù)包含標(biāo)題

分隔符只選Tab制表符,，Space空格勾掉不選。

其它設(shè)置默認(rèn)即可,。

分析類型選擇生存分析,，使用Kaplan-Meier法

設(shè)置如下

結(jié)果表明，生存分析結(jié)果表明吸煙組和非吸煙組并沒(méi)有什么顯著差異,。

前面我們還下載了基因表達(dá)數(shù)據(jù),，在臨床數(shù)據(jù)中我們將barcode這列數(shù)據(jù)和表達(dá)數(shù)據(jù)中的樣本編號(hào)對(duì)應(yīng)起來(lái)（用vlookup函數(shù)）

注意表達(dá)數(shù)據(jù)中的樣本編號(hào)后面有-01的標(biāo)識(shí)，這表示這是癌組織的樣本,，所以作上述對(duì)應(yīng)操作時(shí)把-01都刪掉,。隨后按基因表達(dá)量排序，一半標(biāo)記為up,，一半標(biāo)記為down即可,。

樣本信息處理好之后，依照前面的方法進(jìn)行生存分析即可,。

好了,，今天有關(guān)生存分析的介紹就到這里，遇到數(shù)據(jù)庫(kù)出現(xiàn)分歧的情況,，大家可以自己動(dòng)手做一做,。

數(shù)據(jù)網(wǎng)盤鏈接：https://pan.baidu.com/s/1hsepWnq

密碼：0ldc