在今年國自然面上項目的資助中,，循環(huán)系統(tǒng)資助了286項，資助金額為1.56億元。這些年,，關(guān)于心肌細胞/血管細胞損傷,、修復(fù)、重構(gòu)和再生（H0203）的研究最多,，其次是動脈粥樣硬化,、冠心病、心律失常,、心力衰竭和高血壓等領(lǐng)域,。這其中一大熱門研究領(lǐng)域就是ncRNA，在循環(huán)系統(tǒng)中miRNA,、lncRNA,、circRNA都很常見。

越來越多的證據(jù)表明,，ncRNA在心血管病理生理學(xué)中起著重要的作用,。另外，健康者與患者體內(nèi)ncRNA釋放到外周血中的濃度是不同的,。雖然外周血中ncRNAs的來源與功能研究甚少,，但這些ncRNAs分子可以作為非侵襲性且容易獲得的有關(guān)風(fēng)險分級、診斷及預(yù)后的標志物,。

這里面miRNA有點老,，評審也已經(jīng)看疲了，circRNA又太新,，相關(guān)研究工具還不多,，做起來吃力。只有lncRNA既能找到創(chuàng)新點,，又有大量成熟的工具可以用,，完美。那么,，在寫標書的時候,，可以怎么來設(shè)計lncRNA的研究線路呢？在今年的循環(huán)系統(tǒng)面上項目中,，lncRNA的相關(guān)項目有20項,。

這些課題從研究機制來看可以分成4個維度。

lncRNA在染色質(zhì)層面調(diào)控基因表達

在研究lncRNA功能時,，首先肯定要看lncRNA的細胞定位,，如果是定位于細胞核，就要考慮到其在染色質(zhì)層面起調(diào)控作用,。可以從以下步驟來進行分析：

（1）lncRNA是否能與染色質(zhì)結(jié)合,；

（2）染色質(zhì)狀態(tài)是否受lncRNA影響；

（3）具體的調(diào)控區(qū)域是什么,；

（4）lncRNA結(jié)合蛋白鑒定,；
（5）靶基因表達是否受lncRNA影響。

lncRNA基因組調(diào)控機制

在這個層面的研究是根據(jù)lncRNA在基因組上的位置,。很多l(xiāng)ncRNA周圍會有mRNA存在,，而這類lncRNA就會調(diào)控附近mRNA的表達。這時,，首先就要確認lncRNA與cis靶基因之間是否有表達相關(guān)性,。把lncRNA干預(yù)表達后，mRNA表達是否受影響,。后續(xù)的研究也需要關(guān)注該lncRNA是否會招募一些蛋白或復(fù)合體,，再去結(jié)合到mRNA的啟動子區(qū)去實現(xiàn)調(diào)控功能。

但如果lncRNA附近沒有功能基因表達的改變,，可以考慮trans靶基因調(diào)控,。先通過實驗去篩選和該lncRNA可能結(jié)合的蛋白，或者通過trans靶基因預(yù)測,，來尋找可能下游靶向mRNA,。再分析lncRNA和靶基因的表達相關(guān)性。后期證明該lncRNA和結(jié)合蛋白是否真的是結(jié)合到靶基因啟動子區(qū)是實現(xiàn)mRNA的表達調(diào)控,。

兩方面的調(diào)節(jié)機制均涉及RNA-蛋白質(zhì)的相互作用,。在沒有目的蛋白的時候，此時不得不使用一些先進技術(shù)來檢測RNA-蛋白質(zhì)相互作用,。

lncRNA調(diào)控ceRNA

ceRNA調(diào)控機制是lncRNA在細胞質(zhì)中起轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的重要方式之一?，F(xiàn)有的研究發(fā)現(xiàn)，lncRNA可以作為miRNA的“sponge”,，競爭性地結(jié)合miRNA,，進而影響miRNA對下游靶基因的調(diào)控。

因此,，這種調(diào)控機制的一個最核心的前提就是,，lncRNA和某一個mRNA擁有共同的結(jié)合miRNA。有了這個基礎(chǔ)后,，用實驗去證明這三者之間的調(diào)控關(guān)系就可以了,。轉(zhuǎn)錄后調(diào)節(jié)相對簡單，大家在選擇lncRNA的時候,，也可以對其序列做一下分析,，看看自己研究的lncRNA是作為miRNA的sources還是sinks？

lncRNA調(diào)控mRNA穩(wěn)定性

有一類特殊lncRNA是由mRNA的antisense轉(zhuǎn)錄而來,，而這種lncRNA對同源mRNA很有可能有調(diào)控作用,，特別是轉(zhuǎn)錄后mRNA的穩(wěn)定性,。在這種情況下，首先得確認該lncRNA與mRNA之間的關(guān)系,，然后去檢測他們之間的表達相關(guān)性,，最后去探究該lncRNA對mRNA轉(zhuǎn)錄表達和蛋白表達的影響。

1. 使用包含lncRNA和miRNA的芯片是否合適,？

答：一張芯片上同時包含miRNA和lncRNA,，甚至還包含mRNA及SNP等多種類型探針的芯片，被稱為嵌合芯片,。這類芯片通常情況下,，檢測的范圍很廣，但是檢測的重復(fù)性并不能讓人滿意,。至于是否要采用嵌合芯片,，取決于實驗?zāi)康摹５窍鄬Χ裕?strong>同時檢測lncRNA和mRNA是常見的,，但是同時檢測lncRNA和miRNA非常地少見,。

2.lncRNA的siRNA靶點預(yù)測怎么選？

答：針對lncRNA的siRNA靶點預(yù)測,，目前還沒有特別有效的工具,。只能靠運氣和人品進行。相對省錢的方法是,，先化學(xué)合成siRNA進行篩選,，有效的siRNA再進行病毒包裝。

3.做篩選需要選用多少對樣本,？

答：理論上,，三對樣本就足夠（一對樣本指同一個病人的癌組織和癌旁組織）。但是為了篩選效果的可靠性和可重復(fù)性,，建議最好6對樣本或以上,。當然，如果是土豪,，那么the more the better.

4.樣本如何保存,？

答：用于RNA研究的樣本保存，最重要的是兩點：1）快速,；2）低溫,。有種方法是，學(xué)生拿著液氮罐等在主刀醫(yī)生旁,。一旦獲得樣本,，立即放入液氮罐以防止降解。

5.最后,，再推薦一篇循環(huán)系統(tǒng)lncRNA的研究范文給大家：

Long Noncoding RNA Malat1 Regulates Cerebrovascular Pathologies in Ischemic Stroke

http://circres./cgi/pmidlookup?view=long&pmid=24602777

這里面主要介紹了lncRNA在內(nèi)皮細胞中的作用,，而內(nèi)皮細胞控制心血管系統(tǒng)的關(guān)鍵功能,。以及作者如何用人內(nèi)皮細胞進行下一代測序?qū)嶒炓澡b定存在于內(nèi)皮細胞中的lncRNA，對于循環(huán)系統(tǒng)方面的lncRNA研究可以起指導(dǎo)作用,。