知道40%的lncRNA、circRNA有潛在的編碼多肽（peptide）的能力嗎,？

前面咱們也講到過(guò)一些lncRNA,、circRNA，文章的質(zhì)量高至CNS級(jí)別,，大都和某些疾病息息相關(guān),，尤其近幾個(gè)月非編碼RNA的翻譯話題越來(lái)越熱，文章也多了起來(lái),，慢慢地成為了又一大研究熱點(diǎn),，心動(dòng)了沒？

a.人體組織中特異性circRNA的分布,；

b.circRNA翻譯元件的分布,；

c.細(xì)胞特異性的circRNA很豐富

在RNA-seq的結(jié)果中，習(xí)慣上我們將編碼蛋白太短不足100個(gè)AA的RNA視為非編碼RNA（ncRNA）,，但這一界定顯然“錯(cuò)判”了很多RNA,，比竇娥冤。

那如果我們要做lncRNA,、circRNA的多肽研究的時(shí)候,，如何下手呢？

（1）預(yù)測(cè)ncRNA是否存在sORF

咦,，什么是sORF,？就是small open reading frames (sORFs)，就是短開放閱讀框,，即編碼蛋白質(zhì)的序列,，以ATG開始--終止密碼子結(jié)束。

（2）核糖體RNA測(cè)序技術(shù)（Ribosome Profiling）

判斷一個(gè)lncRNA,、circRNA是否編碼多肽（peptide）,，最直接的方式就是定位其是否與核糖體相互結(jié)合，使用核酸酶消化RNA時(shí),，在翻譯進(jìn)行時(shí)的核糖體保護(hù)了大約30bp的RNA片段,，將細(xì)胞中這些被保護(hù)的RNA片段構(gòu)建成cDNA文庫(kù)，再使用RNA-seq技術(shù)對(duì)文庫(kù)中所有的片段進(jìn)行測(cè)序,，這樣的數(shù)據(jù)庫(kù)就可以查看ncRNA是否編碼多肽了,。

核糖體RNA測(cè)序可定量探測(cè)翻譯中的RNA數(shù)量

（3）預(yù)測(cè)lncRNA、circRNA編碼的網(wǎng)站

CPC？最近上不去,，咱們介紹兩個(gè)新的

①lncRNAtor：lncRNA編碼預(yù)測(cè)

http://lncrnator./

②circRNADb：circRNA的編碼能力預(yù)測(cè)

http://reprod./circrnadb/

登錄網(wǎng)站,，用circRNA的“NCBI轉(zhuǎn)錄本”號(hào)進(jìn)行搜索，然后點(diǎn)擊查看

 會(huì)看到circRNA的DNA序列,，以及編碼的蛋白序列,，然后去NCBI的蛋白BLAST一下，看看是什么功能的蛋白或者多肽,。

發(fā)現(xiàn)其表達(dá)的蛋白是泛素特異性蛋白酶,，提示了其多肽功能。

如果lncRNA和circRNA可以編碼這么多多肽,，那么這些多肽到底起著什么作用呢,？等待咱們?nèi)ミM(jìn)一步挖掘吧。