1946年，冀魯豫解放區(qū)行政公署成立冀魯豫解放區(qū)黃河水利委員會,，渤海解放區(qū)行政公署成立山東省河務(wù)局,。

1948年，華北人民政府水利委員會成立河南第一修防處,。

1949年6月,，華北、中原,、華東三大解放區(qū)成立三大區(qū)統(tǒng)一的治河機構(gòu)——黃河水利委員會,。7月1日，黃河水利委員會在開封城隍廟街開始辦公,。8月,，成立平原黃河河務(wù)局。

1950年1月,，黃河水利委員會改為流域機構(gòu),，所有山東、河南,、平原三省治河機構(gòu)統(tǒng)受黃河水利委員會領(lǐng)導(dǎo)。會機關(guān)設(shè)秘書,、人事,、供給、工務(wù),、計劃,、測驗六處，負責黃河全流域的治理和開發(fā)工作。政務(wù)院任命王化云為主任,，并于1951年1月7日在開封召開了黃河水利委員會成立大會,。

1950年2月，黃河水利委員會將設(shè)在西安的黃河上游工程處擴建為西北黃河工程局,，同月,，在武陟建立引黃濟衛(wèi)工程處。6月,，成立黃河防汛總指揮部,，受中央防汛總指揮部領(lǐng)導(dǎo)，黃河水利委員會設(shè)黃河防汛辦公室,，為黃河防汛總指揮部的辦事機關(guān),，下游三省均設(shè)防汛指揮部。

1952年11月,，平原黃河河務(wù)局隨同平原省建制一同撤銷,。

1953年底，黃河水利委員會從開封遷至鄭州金水河路,，并建立黃河醫(yī)院,，改工務(wù)處為河防處。

1954年,，在北京成立黃河規(guī)劃委員會,。10月，黃河水利委員會設(shè)立測量總隊,。

1955年1月,，黃河水利委員會成立水土保持處。

1956年2月,，黃河水利委員會改河務(wù)處為工務(wù)處,，撤銷計劃處、測驗處和測量總隊,，設(shè)立水利部黃河勘測設(shè)計院,，并將泥沙研究所改為水利科學(xué)研究所。4月,，將水文科擴建為水文處,。此時黃河水利委員會所屬二級機構(gòu)有：山東黃河河務(wù)局、河南黃河河務(wù)局,、西北黃河工程局,、勘測設(shè)計院。

1958年2月,，水利部黃河勘測設(shè)計院改名為黃河水利委員會勘測設(shè)計院,。10月,，山東黃河河務(wù)局與山東省水利廳合并，至1962年8月,，山東黃河河務(wù)局回歸黃河水利委員會,。

1960年11月，成立三門峽水庫管理局,，1962年6月撤銷,。

1960年9月，河南黃河河務(wù)局并入河南省水利廳,，至1962年1月,，河南黃河河務(wù)局回歸黃河水利委員會。

1961年1月,，撤銷西北黃河工程局,。

1962年，黃河防汛總指揮部改由豫魯陜晉四省和黃河水利委員會負責人組成,，辦公地點設(shè)在黃河水利委員會,。

1963年1月，撤銷黃河水利委員會勘測設(shè)計院,，該院所屬的規(guī)劃設(shè)計處,、測繪處、地質(zhì)處歸黃河水利委員會直接領(lǐng)導(dǎo),。6月,，建立金堤河治理局，7月,，改名為金堤河工程管理局,，次年3月，又將該局撤銷,，建立張莊閘管理所,。

1964年6月，恢復(fù)黃河水利委員會勘測設(shè)計院,。8月,，在西安成立黃河中游水土保持委員會，將天水,、西峰,、綏德水土保持科學(xué)試驗站劃歸該委員會領(lǐng)導(dǎo)。

1967年12月,，黃河水利委員會革命委員會成立,，下設(shè)政工組、生產(chǎn)組,、辦事組,。

1968年8月，由青海,、甘肅,、寧夏、內(nèi)蒙古四?。▍^(qū)）及黃河水利委員會,、西北電業(yè)管理局共同組成黃河上中游水量調(diào)度委員會。

1969年11月,，黃河水利委員會革命委員會機關(guān)人員分散下放,，成立規(guī)劃大隊。

1971年9月,，成立黃河治理領(lǐng)導(dǎo)小組,，不久，隨著治河機構(gòu)的逐漸恢復(fù),，該小組無形撤銷,。

1972年3月，河南,、山東黃河河務(wù)局及其下屬各修防處,、段下放給河南、山東省,，實行以地方為主的雙重領(lǐng)導(dǎo),。

1973年，各治河管理機構(gòu)逐漸恢復(fù)至“文化大革命”以前的建制,，黃河水利委員會革命委員會機關(guān)也恢復(fù)了“文化大革命”以前的處室,。

1975年6月，建立黃河水源保護辦公室,。

1977年2月,，設(shè)立通信總站，下設(shè)三門峽,、洛陽,、陸渾、鄭州四個通信站,。4月,，開始籌建三門峽水庫管理局。

1978年1月,，水利電力部黃河水利委員會革命委員會名稱恢復(fù)為水利電力部黃河水利委員會,。2月，河南,、山東黃河河務(wù)局及其所屬修防處,、段仍改屬黃河水利委員會建制,。同年，恢復(fù)勘測設(shè)計院,，同時改名為勘測規(guī)劃設(shè)計院,，天水、西峰,、綏德三個水土保持科學(xué)試驗站回歸黃河水利委員會領(lǐng)導(dǎo),。

1980年4月，水文處改為水文局,，與水源保護辦公室合署辦公,。5月，在西安建立黃河中游治理局,，恢復(fù)黃河中游水土保持委員會,，與黃河中游治理局合署辦公。10月,，建立故縣水利樞紐工程管理處,。

1981年，中共黃河水利委員會政治部機構(gòu)設(shè)置為：辦公室,、組織處,、宣教處、老干部處,。黃河水利委員會機關(guān)部門設(shè)置為：辦公室,、科學(xué)技術(shù)辦公室、工務(wù)處,、計劃財務(wù)處,、物資供應(yīng)處、企業(yè)管理處,、行政處,、保衛(wèi)處、勞動工資處,、水土保持處,。所屬二級機構(gòu)有：山東黃河河務(wù)局、河南黃河河務(wù)局,、勘測規(guī)劃設(shè)計院,、水文局、黃河水源保護辦公室,、黃河中游治理局,、水利科學(xué)研究所、黃河醫(yī)院,、通信總站,、黃河水利學(xué)校,、黃河水利技工學(xué)校、黃河干部學(xué)校,、黃委會中學(xué),、張莊閘管理所、故縣水利樞紐工程管理處以及天水,、西峰、綏德三個水土保持科學(xué)試驗站,。

1982年3月,，成立黃河職工大學(xué)。9月,，水利電力部將豫北水利土壤改良試驗站移交黃河水利委員會,，改名引黃灌溉試驗站。同年,，成立黃河小北干流河務(wù)局,。

1983年3月，成立黃河志總編輯室,。4月,，成立治理黃河檔案館。7月,，成立三門峽水利樞紐管理局,，下設(shè)電廠、大壩工程分局,、庫區(qū)治理分局,。8月，黃河水利委員會調(diào)整機構(gòu),，機關(guān)職能處室設(shè)：辦公室,、科學(xué)技術(shù)辦公室、工務(wù)處,、水土保持處,、財務(wù)處、物資供應(yīng)處,、行政衛(wèi)生處,、勞動工資處、教育處,、保衛(wèi)處,、政治部、組織處,、老干部處,、宣傳處,。

1985年3月，設(shè)立黃河小北干流山西管理局和黃河小北干流陜西管理局,，隸屬于三門峽水利樞紐管理局庫區(qū)治理分局,。5月，黃河水利委員會成立審計處,。

1986年3月,，成立綜合經(jīng)營辦公室。6月,，成立防汛自動化測報中心,。

1987年6月，成立機關(guān)生活服務(wù)部,。9月,，撤銷政治部，同時建立基層政治工作辦公室,；同月,，成立宣傳出版中心和綜合經(jīng)營資金調(diào)度中心。

1988年3月,，天水,、西峰、綏德三個水土保持科學(xué)試驗站轉(zhuǎn)交黃河中游治理局領(lǐng)導(dǎo),。5月,，撤銷三門峽水利樞紐管理局庫區(qū)治理分局，所屬的黃河小北干流山西管理局和陜西管理局改歸黃河水利委員會直接領(lǐng)導(dǎo),。

1988年6月,，黃河水利委員會成立水政處。

1989年2月,，黃河水利委員會成立物資站,，保留物資處的牌子。3月,，成立金堤河管理局籌備組,。同月成立監(jiān)察室。4月,，成立房地產(chǎn)辦公室,；將治理黃河檔案館與技術(shù)情報站合并。

1989年6月,，黃河水利委員會升為副部級機構(gòu),。

1990年8月，黃河水利委員會調(diào)整機構(gòu)。委機關(guān)設(shè)副局級職能局（辦）10個：辦公室,、河務(wù)局（防汛辦公室）,、水政水資源局、農(nóng)村水利水土保持局,、水利水電局,、人事勞動局、計劃財務(wù)局,、科教外事局,、審計局、監(jiān)察局,。委屬二級機構(gòu)事業(yè)單位,，正局級7個：山東黃河河務(wù)局、河南黃河河務(wù)局,、黃河上中游管理局、水文局,、水資源保護局,、金堤河管理局、勘測規(guī)劃設(shè)計院,；副局級6個：黃河河口管理局,、水利科學(xué)研究所、綜合經(jīng)營管理局,、機關(guān)事務(wù)管理局,、黃河中心醫(yī)院、故縣水利樞紐管理局,；下屬處級單位12個：通信總站,、防汛自動化測報中心、黃河檔案情報中心,、宣傳出版中心,、引黃灌溉局、物資處（站）,、黃河職工療養(yǎng)院,、黃河志總編輯室、黃河報,、黃河水利學(xué)校,、黃河水利技工學(xué)校、子弟中學(xué),。企業(yè)單位下局級2個：三門峽水利樞紐管理局,、黃河水利水電開發(fā)總公司；副局級單位2個：中原黃河工程技術(shù)開發(fā)公司、黃河水利實業(yè)開發(fā)總公司,；處級單位2個：黃河興利公司,、勞動服務(wù)公司。

同年10月,，山東,、河南黃河河務(wù)局所屬的修防處,、修防段更名為河務(wù)局,。

1990年11月，成立基本建設(shè)工程質(zhì)量監(jiān)督中心站,。12月,，設(shè)立北京接待聯(lián)絡(luò)處,。

1991年4月，黃河水利科學(xué)研究所更名為黃河水利科學(xué)研究院,。

1992年3月,，成立移民辦公室并籌設(shè)老干部局。7月,，水利水電開發(fā)總公司變更隸屬于水利部,；成立物資公司。8月,，黃委水文局將所屬的5個水文總站更名為××黃河水文水資源局,。9月，成立晉陜蒙接壤地區(qū)水土保持監(jiān)督局（副局級）,，由黃河上中游管理局代管,。

1993年3月，防汛自動化測報中心并入河務(wù)局（防汛辦公室）,。

1994年3月,，黃委機關(guān)各部門設(shè)10個職能局、辦,；直屬二級機構(gòu)事業(yè)單位34個,，其中正局級單位7個，副局級單位10個,，正處級單位15個,，科級單位2個，企業(yè)單位10個,。4月,，防汛自動化測報計算中心從河務(wù)局劃出，為黃直屬二級單位,。5月,，勘測規(guī)劃設(shè)計院更名為黃河水利委員會勘測規(guī)劃設(shè)計研究院,。6月，故縣水利樞紐管理局劃歸三門峽水利樞紐管理局管理,。7月成立黃河水利出版社,。11月，黃委會通信總站更名為通信管理局,。12月,，黃委成立黃河開發(fā)集團總公司籌備領(lǐng)導(dǎo)小組；同月,，黃河小北干流山西管理局和黃河小北干流陜西管理局分別更名為黃河水利委員會山西運城黃河河務(wù)局和黃河水利水利委員會陜西渭南黃河河務(wù)局,，兩局所屬的修防段更名并升格為××縣（市）黃河河務(wù)局。

1995年3月,，黃委所屬各公司統(tǒng)歸黃河開發(fā)（集團）總公司籌備小組管理,。

1996年2月，黃委會農(nóng)村水利水土保持局更名為水土保持局,。3月,，成立勘測規(guī)劃設(shè)計研究院小浪底工程設(shè)計分院；山西運城黃河河務(wù)局,、陜西渭南黃河河務(wù)局分別更名為黃河小北干流山西河務(wù)局,、黃河小北干流陜西河務(wù)局。9月,，黃委成立水利部黃河計量檢定中心。10月,，故縣水利樞紐管理局歸黃委直接管理,。11月，成立黑河流域管理局籌備組,。

1997年1月,，成立黃河水利委員會人力資源開發(fā)中心。3月,，成立黃河水利委員會信息中心,，黃委人事勞動局更名為人事勞動教育局，科教外事局更名為科技外事局,。

1998年2月,，黃河報社劃歸宣傳出版中心管理；山東水文水資源局（山東水資源保護局）和三門峽庫區(qū)水文水資源勘測局（三門峽庫區(qū)水資源保護局）劃歸黃委水文局和黃河流域水資源保護局共同管理,。5月,，洛陽市黃河河務(wù)局更名為豫西地區(qū)黃河河務(wù)局，同時濟源市黃河河務(wù)局成建制劃歸豫西地區(qū)河務(wù)局,。7月,，撤銷黃河水利學(xué)校、黃河職工大學(xué)，成立黃河水利職業(yè)技術(shù)學(xué)院,；撤銷黃河開發(fā)（集團）總公司籌備領(lǐng)導(dǎo)小組,。10月，成立黃河防汛搶險技術(shù)研究所,，由黃河水利科學(xué)研究院和黃委河務(wù)局共同管理,。

1999年1月，成立山東,、河南水政監(jiān)察總隊,；成立黃河流域水土保持遙感普查及監(jiān)測項目辦公室。2月,，成立黃河水量調(diào)度管理局（籌）,。4月，引黃灌溉局劃歸黃河水利科學(xué)研究院管理,；黃河有線電視臺,、黃河志總編室、黃河博物館劃歸宣傳出版中心管理,。10月,，成立水文水政監(jiān)察支隊。

2000年2月,，故縣水利樞紐管理局劃歸三門峽水利樞紐管理局管理,。3月，成立黃河水土保持天水治理監(jiān)督局,、西峰治理監(jiān)督局,、綏德治理監(jiān)督局，分別與天水,、西峰,、綏德三個水土保持科學(xué)試驗站合署辦公。6月,，成立水資源保護水政監(jiān)察支隊,。8月，成立黑河水政監(jiān)察總隊,。9月,，勘測規(guī)劃設(shè)計研究院成立青海分院。10月,，黃河水利科學(xué)研究院引黃灌溉局更名為水資源利用及節(jié)水工程技術(shù)研究所,。

2001年3月，黃河上中游管理局成立黃河水土保持環(huán)境監(jiān)測中心,。9月,，黃委成立招投標管理中心,；成立供水局籌備組。11月,，成立黃河水利工程交易中心,；成立水政監(jiān)察總隊，與水政水資源局合署辦公,。

2002年,，黃委進行機構(gòu)調(diào)整。信息中心與通信管理局合并,；機關(guān)服務(wù)局更名為黃河服務(wù)中心,；宣傳出版中心更名為新聞宣傳出版中心。成立經(jīng)濟發(fā)展管理局,、機關(guān)服務(wù)處,。撤銷金堤河管理局。

2003年3月,，河南河務(wù)局河南黃河勘測工程處劃入水文局,。4月，成立南水北調(diào)工程領(lǐng)導(dǎo)小組,。5月,，水資源保護水政監(jiān)察支隊調(diào)整為水資源保護水政監(jiān)察總隊。6月,，成立南水北調(diào)西線工程辦公室,。9月，成立黃河勘測規(guī)劃設(shè)計有限公司,。

2004年6月,，成立黃河河口研究院。

2005年1月,，成立鄭州黃河河務(wù)局滎陽黃河河務(wù)局。4月,，成立黃河河源區(qū)水文水資源水生態(tài)研究所,。6月，成立黃委社會保險管理中心,。7月,，成立黃委工程建設(shè)管理中心。

2006年2月,，成立黃河國際論壇秘書處,。水文局黃河水文水資源科學(xué)研究所更名為黃河水文水資源科學(xué)研究院。5月,，水利部水利工程質(zhì)量監(jiān)督總站黃河流域分站更名為水利部水利工程建設(shè)質(zhì)量與安全監(jiān)督總站黃河流域分站,。7月,，水文局黃河河源區(qū)水文水資源水生態(tài)研究所更名為黃河河源研究院。9月,，黃科院成立水利部黃河水利委員會黃河超級計算中心,。11月，成立黃河水利委員會科技推廣中心,。12月,，成立黃河水利委員會應(yīng)對水污染突發(fā)性事件工作領(lǐng)導(dǎo)小組。12月,，成立黃河上中游水利工程建設(shè)質(zhì)量與安全監(jiān)督站和黑河治理工程建設(shè)質(zhì)量與安全監(jiān)督站,。

2007年4月，成立政務(wù)公開與行政許可辦公室,。12月,，委辦公室宣傳信息處更名為宣傳處。12月,，水文局計劃財務(wù)處調(diào)整分設(shè)為規(guī)劃計劃處和財務(wù)處,。12月，委信息中心撤銷通信管理處,，成立通信調(diào)度處和通信運行管理處,。

2008年2月，成立黃河老年大學(xué),。8月,，財務(wù)局增設(shè)基建財務(wù)處。8月,，黃河中心醫(yī)院設(shè)立感染防治部,。12月，成立黃河防汛抗旱物資儲備管理中心,。

2009年3月,，黃河流域水資源保護局規(guī)劃科技處更名為規(guī)劃保護處。12月,，黃委機關(guān)增設(shè)安全監(jiān)督局,；直屬單位黨委更名為直屬機關(guān)黨委；黃河水利科學(xué)研究院升格為正局級,；黃河小北干流山西河務(wù)局,、陜西河務(wù)局更名為山西黃河河務(wù)局和陜西黃河河務(wù)局，并同時升格為副局級,；黃河服務(wù)中心（機關(guān)服務(wù)局）更名為機關(guān)服務(wù)局（黃河服務(wù)中心）,。

2010年3月，濱州黃河河務(wù)局張肖堂黃河管理處更名為濱州黃河河務(wù)局濱開黃河河務(wù)局,，并升格為副處級,；濮陽黃河河務(wù)局滑縣滯洪管理局更名為濮陽黃河河務(wù)局滑縣黃河河務(wù)局,，并升格為副處級。