隨著16s rRNA的研究越來越受到科研工作者的關注,，Mothur和QIIME作為這個領域內應用較為廣泛的工具,，引用率也越來越高,。之前在服務器上（Linux）系統安裝好了mothur，具體安裝過程可參考 http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-882982.html

   此文主要用于介紹自己在服務器安裝QIIME所遇到的各種問題（說起來全是淚,，安裝過程中各種bug,，各種google，好多解決方案不知道如何判斷,。以上記錄的是自己服務器上安裝的整個過程,，測試成功完成）；

   按照QIIME安裝說明文檔：http:///install/install.html

   1）要求2.7或3的python版本,，于是用以下命令查看了一下

   發(fā)現版本為2.7.10,，于是進行下一步,。

    2）由于QIIME有比較多的包，安裝建議用pip：

   （1）在python中import pip試了一下發(fā)現沒有,，于是安裝pip開始,，在https://pypi./pypi/pip下載好pip-7.1.2.tar.gz，解壓后python setup.py install進行安裝,，出現報錯信息：

   File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/__init__.py", line 10, in <module>

   File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/util.py", line 18, in <module>

   File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/_vendor/distlib/version.py", line 14, in <module>

   File "/tmp/tmpru8qrk/pip.zip/pip/_vendor/distlib/compat.py", line 66, in <module>

   ImportError: cannot import name HTTPSHandler

   google找到解決方案http://jingyan.baidu.com/article/e52e3615aba39640c60c51c3.html yum install openssl -y和yum install openssl-devel -y ,，然后重新安裝pip。如此pip的安裝就成功了,。

   （2）運行pip install numpy

   發(fā)現python中有安裝好的numpy。于是運行pip install qiime,，這時提示numpy有錯,。然后import numpy，發(fā)現報錯（沒有記錄好報錯信息）,，Google了一下沒找到解決方案,，于是重裝。重裝過程以為刪掉python和包的目錄就可以,，最后發(fā)現是需要/usr/local/lib/python2.7/site-packages此目錄中刪除numpy的目錄,。

   安裝好pip好，用pip install numpy,，這下搞定,。

   （3）運行pip install qiime

   這個運行了一段時間，最后出現報錯信息

   Hash of the package https://pypi./packages/source/q/qiime/qiime-1.9.1.tar.gz#md5=    32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526 (from https://pypi./simple/qiime/) (c1147f0d3be7128bdf35c3f2e54d1e40) doesn't match the expected hash 32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526!

   Bad md5 hash for package https://pypi./packages/source/q/qiime/qiime-1.9.1.tar.gz#    md5=32d4db2b2c888dbbfc6aa33f02725526 (from https://pypi./simple/qiime/)

   goolge查找各種解決方案,，提示這個下載的文件不完整導致,。于是重新運行pip install qiime，發(fā)現沒有其他的信息輸出,，直接報上述的錯,，并提示Using cached qiime-1.9.1.tar.gz，這是用了上一次操作過后的緩存文件,。于是修改pip install qiime,，為pip --no-cache-dir install qiime，重新正常下載和安裝,，這個過程需要保持網速穩(wěn)定,。

（4）pip --no-cache-dir install qiime可以運行

   不過在安裝scipy這個包時，出現了以下報錯信息：

   lapack_opt_info:

   openblas_lapack_info:

       libraries openblas not found in ['/usr/local/lib64', '/usr/local/lib', '/usr/lib64', '/usr/lib']

   NOT AVAILABLE

   lapack_mkl_info:

       mkl_info:

   libraries mkl,vml,guide not found in ['/usr/local/lib64', '/usr/local/lib', '/usr/lib64', '/usr/lib']

       NOT AVAILABLE

   Google找解決方案,，是lapack和atlas的包沒有在系統環(huán)境安裝導致,。于是下載lapack（ http://www./lapack/）和atlas的包（http:///projects/math-atlas/）。安裝策略參考

   在這步操作中,，最早下載atlas3.10.2.tar.bz2安裝時,，出現以下報錯信息：

ERROR: enum fam=3, chip=2, model=62, mach=0
make[3]: [atlas_run] Error 44
make[2]: [IRunArchInfo_x86] Error 2

   最終google沒有找到解決方案,，看到資料有人提示不同版本要求會不一致，為此下載atlas3.11.38.tar.bz2進行安裝,，安裝過程中報錯信息為：unrecognized command line option "-mavx2",，針對此問題google找到解決方案http://ask./upgrade-gcc-centos.html提示進行安裝，最終搞定atlas,。

   （5）重新pip --no-cache-dir install qiime,，順利安裝

   （6）用print_qiime_config.py -t測試時，發(fā)現出現報錯信息“ImportError: /usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/qhull.so: undefined symbol: _gfortran_transfer_integer_write“,，google后發(fā)現有人提出

   接著這個提示,，開始卸載ATLAS，安裝OpenBLAS,，在安裝OpenBLAS的過程中,，出現報錯提示gcc的版本不夠，于是利用（4）步中升級好的gcc進行操作,。

   （7）重新運行pip --no-cache-dir install qiime,，順利安裝成功后測試print_qiime_config.py -t，顯示信息：

   在這步中,，在pip --no-cache-dir install qiime中剛開始還遇到“Command "/usr/local/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-buildNJHPFa/scipy/setup.py';exec(compile(getattr (tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('rn', 'n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-cK8VSa-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-NJHPFa/scipy”報錯信息 ,，調整把gcc環(huán)境調到（4）步所設計好的，重新pip --no-cache-dir install qiime,，成功安裝,。然后測試成功。

   這個軟件的安裝過程是做生物信息這幾年來,，遇到問題最多的一個工具包,。問題不斷，然后google不斷,，不過現在信息太多,，找個每個問題的解決方案各家有不同之說，于是不斷嘗試,，直至找到成功的,。