最近流行大數(shù)據(jù)，分析分析就能發(fā)paper,。不做實驗就能發(fā)文章,，這么好的事兒，朕不能錯過,。研習(xí)一篇,，各位小主兒也雨露均沾下。

肺鱗狀細(xì)胞癌中異常表達(dá)的lncRNA的臨床作用：基于RNA測序和微陣列數(shù)據(jù)挖掘的研究,，回復(fù)170704可下載文獻(xiàn),，一月有效。

通過R語言計算每個LncRNA的表達(dá)水平,。根據(jù)計算標(biāo)準(zhǔn),，在LUSC中獲得了884個異常表達(dá)的lncRNA，包括669個高表達(dá)和215個低表達(dá)（Fig.1A）,。

異常表達(dá)的lncRNA進(jìn)行ROC分析,，列出了在ROC曲線下面積（AUC）超過0.95的前75個lncRNAs ，這些lncRNA可能在LUSC的發(fā)生中起重要作用,，具有LUSC高診斷價值（表1,，未列全）。

AUC：Area Under Curve被定義為ROC曲線下的面積,，面積值在1.0和0.5之間,。ROC曲線下的在AUC>0.5的情況下，AUC越接近于1,，說明診斷效果越好,。AUC在 0.5～0.7時有較低準(zhǔn)確性，AUC在0.7～0.9時有一定準(zhǔn)確性,，AUC在0.9以上時有較高準(zhǔn)確性,。

選擇前10名異常表達(dá)的lncRNA（表2）進(jìn)一步分析，包括表面活性劑相關(guān)1（SFTA1P）,、LINC00968,、LINC00961、LINC01572,、RP1-78O14.1,，相鄰的非編碼發(fā)育調(diào)節(jié)RNA（FENDRR）、LINC01314,、LINC01272,、GATA6-AS1和MIR3945HG,。

LUSC中LINC01572的水平明顯高于相對應(yīng)腫瘤組織。相反,，其他9個lncRNA在LUSC組織中均明顯下調(diào)（Fig.2）,。

這10個異常表達(dá)的lncRNA顯示出具有高診斷價值，將LUSC與非癌性肺組織區(qū)分,，AUC均大于0.99（Fig.3）,。

生存分析顯示，SFTA1P,、LINC01272、GATA6-AS1,、MIR3945HG與LUSC的存活時間顯著相關(guān)（Fig.4）,。

多變量cox分析顯示，SFTA1P可能是LUSC的獨(dú)立預(yù)后指標(biāo)（補(bǔ)充表1）,。當(dāng)關(guān)注這10個lncRNA與LUSC進(jìn)展之間的關(guān)系時,，有幾個lncRNA與LUSC的一些臨床數(shù)據(jù)密切相關(guān)（表3，F(xiàn)ig.5）,。

特別的,，LINC01572和LINC01314的水平可以辨別LUSC患者的早期階段。從TCGA平臺提取FGFR1（成纖維細(xì)胞生長因子受體1）的原始數(shù)據(jù),，F(xiàn)GFR1和10個lncRNA之間存在顯著正相關(guān)（Fig.6）,。

這十個關(guān)鍵lncRNA的共表達(dá)基因由WGCNA測定。結(jié)果發(fā)現(xiàn)：120個基因與SFTA1P共表達(dá),；47個基因與LINC01272共表達(dá),；46個基因與RP1-78O14.1共表達(dá)；18個與LINC00968共表達(dá),；8個與 LINC00961共表達(dá),；4個與 LINC01314共表達(dá)；2個與GATA6-AS1共表達(dá),；1個與MIR3945HG,。而WGCNA顯示：沒有基因與FENDRR、LINC01572共表達(dá)（Fig.7）,。

cBioPortal中OncoPrint顯示：501例中有69例（14％）可以獲得具有遺傳性的改變,，（RP1-78O14.1除外，其數(shù)據(jù)在cBioPortal中不可用）,。只有SFTA1P,、LINC00968、LINC00961,、FENDRR具有遺傳改變,，包括：擴(kuò)增，深層缺失和mRNA上調(diào)（Fig.8A）。

有趣的是,，發(fā)生遺傳改變的病例與沒有改變的患者相比生存較差（Fig.8B）,。CBioPortal還提供了這10種lncRNA共存可能性（表4，未列完）,。

結(jié)果：STA1P共表達(dá)基因在溶酶體中最為富集,；LINC01272共表達(dá)基因在膜成分中最為顯著。同時,，與RP1-78O14.1共表達(dá)的mRNA大多是是肌動球蛋白結(jié)構(gòu)組織,。結(jié)果（表5）。

此外,，還分析了與這幾個lncRNA共表達(dá)的所有mRNA中富集最多的GO term,，顯示質(zhì)膜為最多（表6）。

從GEO數(shù)據(jù)集（GSE30219）中篩選,，研究這八個lncRNAs在LUSC組織中的表達(dá)水平,，其中SFTA1P、LINC00968,、LINC00961,、RP1-78O14.1、FENDRR,、LINC01314和LINC01272可以觀察到表達(dá)顯著降低,，而GATA6-AS1的表達(dá)顯著較高（表7）。

8種LncRNAs 的ROC曲線,，顯示對于LUCS具有良好的診斷價值(Fig.9).

實時RT-qPCR，檢測12個配對臨床樣品中LINC00968,、FENDRR的表達(dá),。在這些患者中，LUSC組織的LINC00968平均表達(dá)水平明顯低于非癌性肺組織（Fig.10A）,；LINC00968的AUC 為0.778（P=0.0021,，F(xiàn)ig.10B）；

LINC00968和LUSC腫瘤發(fā)生之間沒有顯著相關(guān)性（P=0.508,，F(xiàn)ig.10C）,；

FENDRR表達(dá)趨勢與LINC00968相似，LUSC組織中FENDRR平均表達(dá)水平明顯低于非癌性肺組織（P=0.0015,，F(xiàn)ig.10D）,；FENDRR的AUC為0.882（P=0.0015，F(xiàn)ig.10E）,；

FENDRR與LUSC腫瘤發(fā)生具有相關(guān)性（P=0.031,，F(xiàn)ig.10F）,。

基于GEPIA的結(jié)果：肺腺癌和直腸腺癌中發(fā)現(xiàn)SFTA1P下調(diào),，而腎癌細(xì)胞中SFTA1P的表達(dá)顯著上調(diào),；

在乳腺癌、肺腺癌和胸腺瘤中發(fā)現(xiàn)：與非癌組織相比,，這些癌癥組織中LINC00968水平顯著降低,；

與LUSC結(jié)果一致，在乳腺癌,、腎乳頭狀細(xì)胞癌,、肺腺癌中證實了LINC00961的表達(dá)較低；

另外幾種類型的癌癥,，包括宮頸鱗狀細(xì)胞癌,、腎癌細(xì)胞、腎乳頭狀細(xì)胞癌,、肺腺癌也顯示RP1-78O14.1表達(dá)較低；

此外,，膀胱尿路上皮癌,、結(jié)腸腺癌、肺腺癌,、前列腺腺癌,、直腸腺癌中FENDRR顯著下調(diào)。

同時,，結(jié)果還顯示：膽管癌,、食管癌、KICH,，KIRC,，KIRP，LUAD,、,、、,、等等中LINC01314的下調(diào),，以及在甲狀腺癌中的上調(diào)。

盡肺腺癌中發(fā)現(xiàn)LINC01272的表達(dá)較低,，但是CESC,，COAD，ESCA,，KIRC,，KIRP,，READ，胃腺癌（STAD）和子宮內(nèi)膜癌（UCEC）中LINC01272顯著上調(diào),。

GATA6-AS1可能在幾種癌癥中起腫瘤抑制作用,，包括BLCA、CESC,、ESCA,、LUAD、嗜鉻細(xì)胞瘤,、PCPG和UCEC等,。

然而，MIR3945HG在LUAD中僅顯著降低,，并且在這22種癌癥類型中,，癌組織和相應(yīng)非癌組織之間的LINC01572表達(dá)沒有顯著差異。（源于GEPIA,，F(xiàn)ig.11）

通篇文章,，更像是高中數(shù)學(xué)&幾何中的推理：

①cBioPortal：http://www./網(wǎng)站整合了上百個腫瘤基因組數(shù)據(jù)，無需注冊即可使用,，而且還可以直接生成圖表,；

②WGCNA：基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析

③WTF the GEPIA？http://gepia./

本篇文章5分Plus,，僅有RT-PCR實驗,。有些＜3分的文章，完全分析無實驗,。作為小青椒&小大夫,，沒有經(jīng)費(fèi)，晉職稱需要,；掙科研獎勵養(yǎng)家糊口需要,；積累申請課題SCI需要。辣么不得不多動動腦子,，在大數(shù)據(jù)時代玩轉(zhuǎn)各種數(shù)據(jù)庫,。