崇禎九年(1636)五月,，清軍以阿濟(jì)格為將，率師八萬余,，從獨(dú)石口入犯,，襲擊延慶、昌平等地,，侵掠京城,，掠人畜18萬東歸。由于這次未能抵御清軍的進(jìn)犯,，丁魁楚被囚禁遣戍邊衛(wèi),。崇禎十一年(1638)，他向朝廷交納餉銀獲得釋放,，隨后便家居故鄉(xiāng)永城,。

　　在家居永城期間，了魁楚經(jīng)歷了總兵劉超叛亂的事件,。劉超也是永城人,，原為貴州總兵，后獲罪免職歸故里,。崇禎十五年(1642),，李自成農(nóng)民軍圍攻開封，震動(dòng)朝野,。劉被起用,，與農(nóng)民軍作戰(zhàn)獲勝，主持永城的防務(wù)時(shí),，與家居永城的免職御史魏景琦及舉人喬明旃產(chǎn)生嫌隙,。那時(shí)正巧劉超被新任命為真定總兵，即將赴任,，魏景琦懷怨于心,，便派通于朝廷的人上書制止，指責(zé)劉超私通農(nóng)民軍。劉超得知此事,，大怒,，率部殺死魏、喬,，據(jù)永城叛明,。時(shí)值農(nóng)民軍橫掃河南之時(shí)，明廷萬分震恐,，便急派上任不久的河南巡撫王漢前往平亂,，王漢也被劉超殺死。明廷又令風(fēng)陽總督馬士英率兵平叛,。丁魁楚偕同練國(guó)事輔助馬士英設(shè)誘降免罪之計(jì),，擒獲劉超殺死。由于這個(gè)功勞,，丁魁楚又被起復(fù)為總督河南湖廣加兵部尚書銜,。同時(shí)，因平劉超之亂與馬士英的共事,，為他南明時(shí)期的宦海生涯奠下了基礎(chǔ),。

　　1644年6月，馬士英,、史可法等在南京擁立福王朱由崧,，建立弘光政權(quán)，便任命丁魁楚總督河南,、湖廣,，兼巡撫承天、德安,、襄陽,。還未上任，適逢兩廣總督沈猶龍入朝中任侍郎,，丁魁楚便改任兩廣總督,。不久，加兵部尚書銜,。清順治二年(1645)五月弘光政權(quán)亡,，唐王朱聿鍵又在福州建立隆武政權(quán)，丁魁楚仍以原官協(xié)理戎政,。

　　敦光,、隆武期間，他都任事于兩廣,。那時(shí)清軍南下的步伐日益加快,，時(shí)局十分緊張,。兩廣地處大陸最南，地理?xiàng)l件又十分好,，倘若很好地經(jīng)營(yíng),，建成抗清的后方基地，是很能成就一番事業(yè)的,。然而,，丁魁楚對(duì)于地利的認(rèn)識(shí)卻不同。嶺南未遭清軍蹂躪之時(shí),，他卻“怙安不修戎備”,，日以享樂為事。他派水軍到今天肇慶附近的羚羊峽,，放干河水,，在斧柯山下的老坑取硯石。行政用人方面,，也是弊端叢生,，“將吏以賄為進(jìn)退”。

　　亂世之秋,，明朝宗室仍相爭(zhēng)不已。隆武帝福州建元后,，封于廣西桂林的靖江王朱亨嘉派其親信孫金鼎,，唆使平蠻將軍楊國(guó)威擁戴自已．自稱監(jiān)國(guó)于桂林。靖江王曾派孫金鼎勸瞿式耜主持擁立,，遭其拒絕,，便將瞿式耜囚禁。瞿式耜暗中派人聯(lián)絡(luò)丁魁楚,、陳邦傅和楊國(guó)威的部下焦璉,。丁魁楚等率兵以武力制止了靖江王謀立事件，擊殺楊國(guó)威,，擒獲朱亨嘉(《永歷實(shí)錄》卷2)此事上奏隆武朝廷后,，丁魁楚被封為平粵伯。

　　隆武二年(1646)秋,，唐王 朱聿鍵在福建汀州被清軍俘殺,，隆武小朝廷敗亡。在廣西主持抗清事務(wù)的瞿式耜打算擁立桂王朱由榔,，征求丁魁楚的意見,。丁以唐王死無確信，態(tài)度遲疑,，且以桂王“無兵無餉”相 詰難,。待到隆武舊臣相繼到達(dá)廣東,，隆武帝的死訊已確鑿無疑，丁魁楚又“以廣城諸紳無至者”為由,，不敢定議,。由于丁魁楚總制兩廣，“帶甲五嶺”,，擁有實(shí)力,，所以是建立新的南明政權(quán)的不可缺少的支柱。瞿式耜以“ 同仇恢復(fù)”和“立賢立親”為由提出擁立桂王朱由榔的建議,，并對(duì)丁魁楚明確指出：擁立朱由榔,，關(guān)鍵靠丁魁楚和瞿式耜本人。后來,，隆武朝臣 何吾騶自閩返粵致書丁魁楚,，再次證實(shí)了隆武帝死難的消息。丁魁楚同意了瞿式耜的 倡議,，與呂 大器,、瞿式耜、 李永茂等擁立桂王朱由榔,。十月,，桂王監(jiān)國(guó)于 肇慶，十一月十八日在此地稱帝,，以府署為行宮,，明年為 永歷元年。南明史上的最后一個(gè)小朝廷就這樣誕生了,。

　　丁魁楚由于兩廣總督的地位和擁立之功,，被永歷政權(quán)任命為首輔。實(shí)際上,，他是憑借自身在兩廣的實(shí)力和基礎(chǔ)獲得這些“殊榮”的,。那時(shí)，宦官王坤從福建而來,，因?yàn)橹獣詫m中事務(wù)得到朱由榔的器重,。王坤專橫跋扈，擅改朝政,，私定黜陟,。而丁魁楚則與王坤相結(jié)納，不去改進(jìn)行政,，剔除弊端,。在與同僚的關(guān)系上，也以自己的權(quán)力和利益為依歸,。大學(xué)士呂大器因與他爭(zhēng)掌兵權(quán)麗不得,，不辭而別,。前大學(xué)士陳子壯得知朝中由丁魁楚秉政，也不接受永歷帝對(duì)他的任命,。臣僚之間因職位和偏見相互掣肘,，一點(diǎn)也不團(tuán)結(jié)。

　　在桂王監(jiān)國(guó)肇慶之時(shí),，蘇觀生等人又在廣州擁立隆武帝之弟稱尊于廣州,。建元紹武。雙方調(diào)解不成,，便兵戎相見,。隆武二年(1646)十一月末，永歷政權(quán)方面派林佳鼎與蘇觀生的大將陳際泰戰(zhàn)于三水,，取得勝利,。但爭(zhēng)端并未了結(jié)。那時(shí)王化澄代替丁魁楚總督兩廣,，懦弱而無決斷,。林佳鼎又代替王化澄于十二月初二日與蘇觀生所派大將林察，大戰(zhàn)于?？?，林察設(shè)詐大敗林佳鼎。當(dāng)時(shí)瞿式耜正在峽口地方爭(zhēng)取義師的援助,，倡議捐資助餉,。他自捐五千金，希望丁魁楚捐資萬金,，或者數(shù)千金亦可。丁魁楚卻“吝而不予”,。

　　 隆武二年(1646)十二月十五日,，李成棟率領(lǐng)降清 偽軍攻入廣州。 瞿式耜主張立足 肇慶,，組織堅(jiān)決的抵抗,。但膽小的永歷帝不聽，匆匆西上 梧州,。丁魁楚也不主持抗清的戰(zhàn)斗,，唯以 身家私財(cái)為慮，到了梧州,?！熬共?隨扈”別走 岑溪。丁魁楚的 輜重繁多,。原來他自從 南雄回到肇慶后,，就任命 中軍蘇聘的 岳父 鐘鳴遠(yuǎn)為岑溪令,，日運(yùn)財(cái)貨到此作為退身之地。他一夜之間便派出 侍女十七人,，供為他出力的那些沒有妻室的壯士享用,。到了岑溪，又西上左江,， 舳艫相接,。李成棟清軍十八人追至，蘇聘想殺死他們?cè)僮?，丁魁楚卻不允許,，以此作為“偷生保貨”的退路。他密派 親信攜帶 金寶賄送李成棟,，“恃以無恐”,。李成棟率兵至，便剃發(fā)迎降,。李成棟表面上接受丁魁楚投降,，卻暗地設(shè)計(jì)誘殺丁魁楚，“籍其家口數(shù)百人,，凡男子少長(zhǎng)悉斬之,。”丁魁楚曾哀求免殺其一子,。李成棟譏諷道,，“汝身且莫保，尚求活人耶!”全部予以殺死,。

　　南明兩廣總督