寫(xiě)在前面優(yōu)秀的作品都有三部曲，如駭客帝國(guó),、教父,、指環(huán)王等。 擴(kuò)增子系列課程也分為三部曲： 《擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)繪圖》系列文章介紹《擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)繪圖》是之前發(fā)布的《擴(kuò)增子圖表解讀》和《擴(kuò)增子分析解讀》的進(jìn)階篇,，是在大家可以看懂文獻(xiàn)圖表,，并能開(kāi)展標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增子分析的基礎(chǔ)上，進(jìn)行結(jié)果的統(tǒng)計(jì)與可視化,。其章節(jié)設(shè)計(jì)與《擴(kuò)增子圖表解讀》對(duì)應(yīng),，為八節(jié)課八種常用圖形(箱線(xiàn)圖、散點(diǎn)圖,、熱圖,、曼哈頓圖、火山圖,、維恩圖,、三元圖和網(wǎng)絡(luò)圖)，基本滿(mǎn)足文章常用的圖片種類(lèi)需求,。 也適合對(duì)公司標(biāo)準(zhǔn)化分析返回結(jié)果的進(jìn)一步統(tǒng)計(jì)、可視化及美化,，達(dá)到出版級(jí)別,，沖擊高分文章。 本課程中所需的測(cè)序數(shù)據(jù),、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),；和課程分析生成的中間文件，均可以直去百度云下載,。后臺(tái)回復(fù)"擴(kuò)增子"獲取,。 繪制Alpha多樣性線(xiàn)箱圖繪圖和統(tǒng)計(jì)全部為R語(yǔ)言，建議復(fù)制代碼,，在Rstuido中運(yùn)行,，并設(shè)置工作目錄為存儲(chǔ)之前分析結(jié)果文件的result目錄。 # 運(yùn)行前,，請(qǐng)?jiān)赗studio中菜單欄選擇“Session - Set work directory -- Choose directory”,，彈窗選擇之前分析目錄中的result文件夾
# 安裝相關(guān)軟件包,，如果末安裝改為T(mén)RUE運(yùn)行即可安裝
if (FALSE){
source("https:///biocLite.R")
biocLite(c("ggplot2"))
}
# 加載相關(guān)軟件包
library("ggplot2") # load related packages
# 讀入實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和Alpha多樣性值
design = read.table("design.txt", header=T, row.names= 1, sep="\t")
alpha = read.table("alpha.txt", header=T, row.names= 1, sep="\t")
# 以O(shè)bserved OTU為例進(jìn)行可視化和統(tǒng)計(jì)分析，其它指數(shù)將observed_otus替換為shannon, chao1, PD_whole_tree即可計(jì)算
# 合并Alpha指數(shù)與實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
index = cbind(alpha, design[match(rownames(alpha), rownames(design)), ])
# 繪圖代碼,、預(yù)覽,、保存PDF
p = ggplot(index, aes(x=genotype, y=observed_otus, color=genotype))+
geom_boxplot(alpha=1, outlier.size=0, size=0.7, width=0.5, fill="transparent") +
geom_jitter( position=position_jitter(0.17), size=1, alpha=0.7)+
labs(x="Groups", y="observed_otus index")
p
ggsave(paste("alpha_observed_otus.pdf", sep=""), p, width = 5, height = 3)
# 統(tǒng)計(jì)組間是否顯著差異
# anova對(duì)指數(shù)與分組統(tǒng)計(jì)
observed_otus_stats <- aov(observed_otus ~ genotype, data = index)
# 使用TukeyHSD對(duì)組間進(jìn)行檢驗(yàn)，效正pvalue
Tukey_HSD_observed_otus <- TukeyHSD(observed_otus_stats, ordered = FALSE, conf.level = 0.95)
# 結(jié)果中提取需要的結(jié)果
Tukey_HSD_observed_otus_table <- as.data.frame(Tukey_HSD_observed_otus$genotype)
# 預(yù)覽結(jié)果
Tukey_HSD_observed_otus_table
# 保存結(jié)果到文件,，按Pvaule值由小到大排序
write.table(Tukey_HSD_observed_otus_table[order(Tukey_HSD_observed_otus_table$p, decreasing=FALSE), ], file="alpha_observed_otus_stats.txt",append = FALSE, quote = FALSE, sep="\t",eol = "\n", na = "NA", dec = ".", row.names = TRUE,col.names = TRUE)Observed OTU多樣性箱線(xiàn)圖 詳細(xì)的圖片講解,，可參考1箱線(xiàn)圖：Alpha多樣性，老板再也不操心我的文獻(xiàn)閱讀 各組間的統(tǒng)計(jì)結(jié)果如下：主要看最后一列p adj(Adjust P-value)是否顯著,，本文數(shù)據(jù)不顯著 diff lwr upr p adj
OE-KO -7.52380952380952 -24.480725165752 9.43310611813294 0.515429907536906
WT-KO -6.11111111111111 -21.9728532782553 9.75063105603303 0.604309699204896
WT-OE 1.4126984126984 -15.5442172292441 18.3696140546409 0.976169656924344其它箱線(xiàn)圖繪制教程 |
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來(lái)自： 宏基因組 > 《待分類(lèi)》
