應(yīng)仁之亂后,，雖然幕府的影響力大幅喪失，可是當(dāng)時的各任幕府將軍仍試圖改變整個局面,。

將軍不但多次下令討伐鄰近的細(xì)川氏,、六角氏等守護(hù)大名，還屢屢頒布征討令,，令諸國大名對抗那些對京都當(dāng)局造成威脅的勢力,。然而，將軍的權(quán)威已經(jīng)大不如前,，將軍的詔令除了作為大名奪權(quán)的工具外,，幾乎無人愿意服從。

京都等持院靈光殿的足利義稙?zāi)鞠?/p>

到了明應(yīng)2年（1493年），第十代將軍足利義材（即后來的足利義稙,，他在1508年再任第十二代將軍）親自討伐細(xì)川氏,，后者反而策動京都當(dāng)局，罷免了義材將軍的職位,。是為明應(yīng)之變。

自此以后,，室町幕府的威信完全喪失,，幕府將軍淪為大名上洛后用以操控政局的傀儡罷了。

除了近畿動蕩不安外,，關(guān)東的局勢也不甚安穩(wěn),。當(dāng)初足利尊氏開創(chuàng)室町幕府的時候，為了對抗南朝,，不得不把幕府設(shè)在京都,，而他把其根據(jù)地關(guān)東地方的鐮倉分封給自己的兒子，是為鐮倉公方,。鐮倉公方由關(guān)東管領(lǐng)為輔佐,。鐮倉公方府與室町幕府的體制類似，逐漸發(fā)展到能與幕府對抗的程度,。

最終,，在室町時代中期,、第六代將軍足利義教時，爆發(fā)了永享之亂,。叛亂后來被幕府平定,。鐮倉公方足利持氏自殺。后來持氏之子足利成氏再次被幕府擁立為鐮倉公方,。后來鐮倉公方足利成氏不滿關(guān)東管領(lǐng)上杉憲忠,，進(jìn)而將其暗殺。此舉引發(fā)關(guān)東管領(lǐng)和公方的長期對抗,，導(dǎo)致幕府派遣駿河守護(hù)今川氏前去討伐鐮倉公方,，迫使足利成氏逃往下總古河，從而成為初代的古河公方,。這次事件被稱為享德之亂,。

這次事件之后，關(guān)東形成兩大勢力：得到關(guān)東管領(lǐng)上杉氏支持的堀越公方足利政知和得到北關(guān)東豪族支持的古河公方,。雙方對抗了近三十年,。后來因為山內(nèi)上杉氏重臣長尾景春叛亂，扇谷上杉氏趁機(jī)擴(kuò)張自己的勢力,，促使山內(nèi)上杉氏選擇和古河公方和解來對抗扇谷上杉氏,。而扇谷上杉氏為了對抗山內(nèi)上杉氏，和伊勢長氏結(jié)盟,，使兩方又陷入拉鋸戰(zhàn)中,。

小田原城天守閣

延德2年（1491年）,，堀越公方發(fā)生內(nèi)亂，被伊勢長氏消滅,。伊勢長氏（即后來的北條早云）的后北條氏借此實力大增,。

不久，上杉定正猝死,，扇谷上杉氏形勢轉(zhuǎn)衰,，后北條氏利用這個機(jī)會轉(zhuǎn)而攻擊扇谷上杉氏，并消滅了相模三浦氏,，還占領(lǐng)了小田原城,，這個結(jié)果反而促成兩上杉聯(lián)合對抗后北條氏的新局面。后北條氏第二代家督北條氏綱更入侵武藏國,，取代舊有的足利,、兩上杉氏，成為關(guān)東地方最強(qiáng)的大名。

1500年各地戰(zhàn)國大名的勢力范圍簡圖