真菌大多數(shù)是由分支或不分支地菌絲,、菌絲體構(gòu)成,。真菌的共同特征是：體內(nèi)無葉綠素和其他熒光合作用的色素，不能利用二氧化碳制造有機物，只能靠腐食性或吸收營養(yǎng)方式取得碳源,，能源和其他營養(yǎng)物質(zhì),；細胞貯藏的養(yǎng)料是肝糖元而不是淀粉。真菌細胞一般都有細胞壁,，細胞壁的主要成分是幾丁質(zhì)（Chitin）（低等真菌多為纖維素）,。

有記載的真菌約12萬種。根據(jù)真菌的形態(tài)結(jié)構(gòu),，繁殖方式及細胞壁的化學(xué)成分分為四個門：藻菌門,，屬低等真菌；子囊菌門,、擔(dān)子菌門屬高等真菌,；半知菌門是一類尚未發(fā)現(xiàn)有性生殖過程的高等真菌。

⑴藻菌門（Phycomycetes）,，約有1500多種,。本門主要特征是菌體為單細胞或由無隔多核的菌絲所組成。如常見的葡枝根霉（R.Siolonifer(Ehenbex.Fr)Vuill）,、制腐乳的總狀毛霉等,。

⑵子囊菌門（Ascomycetes）是真菌中最大的一門高等真菌，約35000種,，主要特征是除少數(shù)原始種類為單細胞類型外,，都是由有橫隔的菌絲組成的菌絲體。例如酵母菌,、紅色面包霉,、赤霉、冬蟲夏草等,。

⑶擔(dān)子菌門（Basidiomycetes）是高等真菌中的一類,，約25000余種，主要特征是有擔(dān)子（basidium）,，它能產(chǎn)生擔(dān)孢子（basidiospores）,，每個擔(dān)子上通常生長4個擔(dān)孢子。最常見的有各種蘑菇,、木耳,、銹病菌等。擔(dān)子菌沒有單細胞類型,，都是由多細胞的菌絲體組成的有機體,。菌絲均有橫膈膜。

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⑷半知菌門（Deuteromycetes）,，約25000種,，絕大多數(shù)種類為有隔菌絲組成的菌絲體，僅發(fā)現(xiàn)它們以分生孢子進行繁殖，尚未發(fā)現(xiàn)其有性生殖過程,；有些種類僅發(fā)現(xiàn)菌絲,，連分生孢子也未發(fā)現(xiàn)，故名半知菌,。

半知菌絕大多數(shù)是腐生,，約1/3是寄生在人、動物和植物體內(nèi),，可引起疾病,，如人的頭癬、灰指甲,、腳癬（香港腳）等均是由半知菌類的菌株引起的,。半知菌代表如曲霉、青霉,、木霉等,。青霉產(chǎn)生青霉素；黃青霉主要寄生在玉米,、小麥等主要糧食作物上,，產(chǎn)生的霉素可致小白鼠肝細胞癌變；黃曲霉產(chǎn)生黃曲霉素,，可引發(fā)肝癌,。

⑸地衣門，地衣是真菌中的子囊菌和綠藻或藍細菌的共生體,，兩者緊密結(jié)合,，使地衣表現(xiàn)為單一的植物體。真菌依靠藻類或藍細菌光合作用制造的有機物為養(yǎng)料,；而藻類或藍細菌得到真菌的支持和保護,，并且真菌還可以從分化巖石中吸收微量元素。