在尋找分子差異表達(dá)的上游機(jī)制（二）一文中,，小張舉例的時候選了ZHX1這個轉(zhuǎn)錄因子，文獻(xiàn)報導(dǎo)稱ZHX1在膽管癌和胃癌中表達(dá)和功能完全相反,，相信大家可能遇到過這種情況：文獻(xiàn)里面報導(dǎo)的某分子在A腫瘤里面的功能在B腫瘤里面完全重復(fù)不出來,，甚至做出來是相反的。當(dāng)然,，首先要排除掉技術(shù)和實驗的問題,，今天我們就從理論上說一下這種現(xiàn)象的原因,。

首先我們先看什么樣的分子會出現(xiàn)這種情況，昨天我們列舉了幾類：轉(zhuǎn)錄因子,、泛素連接酶,、翻譯（調(diào)控）因子、修飾酶（比如甲基轉(zhuǎn)移酶DNMT1）,。這類分子都有一個特性：屬于“混掃一大片”分子（在這篇文章中介紹過分子機(jī)制研究的兩種模式,，你的研究屬于哪種？）,，意思是說這類分子可能影響了一系列下游分子的功能,，這些分子可能既包括疾病促進(jìn)分子，又包括疾病抑制分子,。

比如,，甲基化轉(zhuǎn)移酶DNMT1，我們就常?？吹皆诓煌哪[瘤里面表達(dá)是相反的,，那么問題來了：既然DNMT1是可以修飾幾乎所有基因的甲基化狀態(tài)，如果甲基化修飾后抑制了基因表達(dá),，為什么DNMT1高表達(dá)以后會促進(jìn)疾病發(fā)生呢,？難道不是既促進(jìn)（疾病促進(jìn)基因）甲基化又促進(jìn)（疾病抑制基因）甲基化嗎？同樣的問題也適用于轉(zhuǎn)錄因子,、泛素連接酶等等,。

問題的答案在選取的分子這里：因為這些分子是“工具型”分子，就像是機(jī)槍,，既能殺好人也能殺壞人,，之所以只殺特定的人群（好人或者壞人）是因為有某個決定因素在起作用，在分子機(jī)制里面,，一般我們叫“共”分子,，比如轉(zhuǎn)錄共激活（抑制）分子。比如我們可以說A蛋白被高甲基化是由B分子（RNA或者蛋白）通過DNMT1介導(dǎo)的,，或者A蛋白被泛素化降解是由B分子（RNA或者蛋白）調(diào)控MDM2泛素連接酶所導(dǎo)致的,。也就是說，既要有決策者,，又要有執(zhí)行者,，否則在寫標(biāo)書的時候可能遇到專家質(zhì)疑。

上面的角度是我們在研究某個分子的上游機(jī)制時選到這些工具型分子時需要考慮的因素,；但是,，如果你研究的關(guān)鍵分子就是這種工具型分子的話怎么辦？

首先要恭喜你，如果你找到了一個新的這種工具型分子,，是有可能發(fā)篇10+的大文章的,，比如新發(fā)現(xiàn)的DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶DNMT3C就是發(fā)在Science上：

原先我們知道哺乳動物的DNA甲基化機(jī)制包括DNMT1,，DNMT3A和DNMT3B和一個“共”分子DNMT3L,，他們發(fā)現(xiàn)DNMT3C調(diào)控雄性germ line中逆轉(zhuǎn)座子啟動子的甲基化。

接下來就是問題了,，理想很豐滿,，現(xiàn)實很骨感，首先第一步要先把這個分子的功能給做掉,，最好細(xì)胞與動物的功能都做掉,，對于從疾病出發(fā)的研究來說，如果連相對簡單的功能都沒有驗證,，機(jī)制還是別做了,。做過功能后，下面我們以一個RNA結(jié)合蛋白——IGF2BP3為例說明下游機(jī)制的做法,。

首先看Genecards數(shù)據(jù)庫里面對這個分子的注釋：

我們看到IGF2BP3有幾個KH結(jié)構(gòu)域,，對于RNA結(jié)合、合成和代謝有關(guān)鍵作用,，已經(jīng)報道疾病有胰腺癌和膽管癌,，還結(jié)合并穩(wěn)定CD44 mRNA，促進(jìn)細(xì)胞粘附和偽足形成,。

接下來,，我們看一個GEO的數(shù)據(jù)：

https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE47597

這個數(shù)據(jù)是胰腺癌細(xì)胞中IGF2BP3的RIP-seq（關(guān)于RIP看這里：（文章篇）S3E5：一文掌握LncRNA—蛋白—DNA互作研究方法）數(shù)據(jù)，既然IGF2BP3是一個RNA結(jié)合蛋白,，那它與哪些分子結(jié)合呢,？看頁面的這里：

一個是測序后有哪些RNA：

沒錯，我們看到了lncRNA MALAT1這個明星分子,，IGF2BP3與MALAT1的結(jié)合與對照相比還高了2倍,，而且沒有文章報道！

另外一個是這些RNA參與什么功能的GO注釋：

細(xì)胞周期,、細(xì)胞凋亡,，跟MALAT1的功能也匹配哦！大家知道該怎么辦了吧,。

好了,，今天的內(nèi)容先到這里吧，一不小心寫多了,，剩下的我們下期再接著說,。