關(guān)于lncRNA,，我們已經(jīng)介紹了太多的分子機(jī)制,，也進(jìn)行了總結(jié)（國科金寫作，lncRNA的機(jī)制該怎么設(shè)計(jì),？）,。說實(shí)話，lncRNA的作用機(jī)制太復(fù)雜了,，不過總體上還有一些規(guī)律可循,，我們根據(jù)已知的lncRNA作用方式分別總結(jié)出了不同的套路，比如lncRNA分子與蛋白結(jié)合,、與RNA（microRNA,、mRNA等）結(jié)合、與DNA結(jié)合發(fā)揮功能（如何預(yù)測(cè)lncRNA的靶基因,？）,；或者lncRNA作用的Signal，Decoy,，Duide,，Scaffold模式；

以及根據(jù)lncRNA對(duì)靶基因調(diào)控模式進(jìn)行區(qū)分的cis（順式）和trans（反式）模式：

在cis（順式）調(diào)控模式中,，轉(zhuǎn)錄出來的lncRNA通過調(diào)控的是周圍的（靶）基因,，而trans（反式）模式中,，lncRNA跑到別的位置（不是在lncRNA轉(zhuǎn)錄位置周圍）發(fā)揮功能。

這些是老司機(jī)們辛辛苦苦總結(jié)出來的套路,，在幫我們做lncRNA有關(guān)的研究時(shí)基本上是夠用了,。

下面我們切入今天的主題（感謝frank wang的提議）。

在文章lncRNA總是干擾不掉,，這個(gè)原因你想過嗎,？中，我們說了通過RNAi技術(shù)干擾lncRNA對(duì)lncRNA本身定位有要求,，需要其定位在胞漿里,；而為了沉默掉定位于細(xì)胞核內(nèi)的lncRNA可以用的技術(shù)包括：啟動(dòng)子刪除、反義寡核苷酸,、CRISPR/Cas9等技術(shù),，其目的是從DNA水平抑制LncRNA的轉(zhuǎn)錄。

那么問題來了：DNA位點(diǎn)的刪除作用是否等同于lncRNA轉(zhuǎn)錄的阻斷作用,？

答案是否定的,！

具體情況如何，我們先看一篇文章：

這篇今年4月7日發(fā)表的在Molecular Cell的文章說的是：通過CRISPR/Cas9敲除lncRNA Lockd 的DNA序列后,，靶基因Cdkn1b的表達(dá)水平下降了70%,，在不影響Locked 的DNA情況下(通過插入Poly A序列)阻斷l(xiāng)ncRNA Locked轉(zhuǎn)錄時(shí)，靶基因Cdkn1b的表達(dá)并未受影響,。換句話說,，去掉lncRNA Locked對(duì)靶基因Cdkn1b表達(dá)并無影響，但是去掉lncRNA Locked的DNA序列卻是有影響的,，具體的原因是lncRNA Locked的DNA序列與靶基因Cdkn1b的啟動(dòng)子直接接觸,，發(fā)揮增強(qiáng)子的功能。

接下來在10月26號(hào)的Nature上刊出了這篇文章：（4月16日收到,，10月10日接收,，10月26日online,，這效率?。?br>

在這篇文章中，他們用CRISPR/Cas9對(duì)小鼠細(xì)胞的12個(gè)能轉(zhuǎn)錄出lncRNA的DNA位點(diǎn)進(jìn)行干預(yù),，結(jié)果發(fā)現(xiàn)有5個(gè)位點(diǎn)在被干預(yù)后周圍基因的表達(dá)出現(xiàn)了異常,，而這個(gè)效應(yīng)不是由lncRNA本身所造成，而是由lncRNA的產(chǎn)生過程所影響的：基因啟動(dòng)子的增強(qiáng)子活性,，轉(zhuǎn)錄過程和轉(zhuǎn)錄本的剪接過程,。另外，作者進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)：不僅是lncRNA,，連編碼基因的DNA位點(diǎn)干預(yù)也會(huì)影響周圍基因表達(dá),。

寫到這里就可以了,，我們最后做一下總結(jié)：

1. 以前我們以lncRNA本身為主題的研究總結(jié)的套路仍然適用，特別是對(duì)于研究定位于胞漿又通過ceRNA來發(fā)揮作用的lncRNA來說,，RNA干擾可以放心大膽的用,；

2. 如果lncRNA定位于細(xì)胞核，想通過CRISPR/Cas9技術(shù)敲除lncRNA的DNA來證明其功能,，還需要進(jìn)一步區(qū)分功能是DNA序列還是lncRNA阻斷的作用,；這一點(diǎn)不僅僅局限于lncRNA，編碼基因同樣如此,，因?yàn)榭赡苷鏜olecular Cell的結(jié)果所示,，靶基因的下調(diào)并不是由于RNA的阻斷影響，而是DNA的敲除所致,。

3. 區(qū)分lncRNA還是lncDNA（暫且這么稱呼吧）的技術(shù)可以參考molecular cell這篇文章進(jìn)行的ployA插入,，將lncRNA轉(zhuǎn)錄強(qiáng)行終止。

4. 最后,，通過CRISPR/Cas9敲除lncRNA并不總是可行的：

大家可以看這篇文章：Challenges of CRISPR/Cas9 applications for long non-coding RNA genes.Nucleic Acids Res. 2016 Sep 30.

That's all. Thank you!