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我叫林平之,，是莫愁師姐的師弟。我承認(rèn),，我計(jì)算機(jī)學(xué)的不咋地,，真心搞不懂GEO（Gene Expression Omnibus，NCBI的公共數(shù)據(jù)匯編,，要了解這個(gè)點(diǎn)這里）和TCGA（The Cancer Genome Atlas,，目前最大的癌癥基因信息的數(shù)據(jù)庫(kù)）是啥玩硬，也沒時(shí)間去學(xué)R語言啥的,。TCGA的數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)我來說太闊怕了,，就像尸洞水道一樣，到處是尸蟞,，到處是禁婆…… 師姐教的Oncomine（要看Oncomine用法就分別點(diǎn)這四個(gè)標(biāo)題,，直接點(diǎn)別猶豫： ①能不能少做點(diǎn)實(shí)驗(yàn)就搞高大上的科研呢？ ②簡(jiǎn)單策略：如何把別人的芯片變成我的Plos One ③給跪了,！如何設(shè)計(jì)科學(xué),、可行的課題！簡(jiǎn)單粗暴,！ ④還愁什么,？前期工作就這么設(shè)計(jì)！）是挺好用的,，但是歸根結(jié)底還要注冊(cè),，下載不到數(shù)據(jù)。還是沒辦法啊,，只能再去問萬能的師姐咋辦,。 莫愁：你這么懶，只能教你用這個(gè)了：cBioPortal 這個(gè)網(wǎng)頁(yè)全稱是cBio Cancer Genomics Portal,，是一個(gè)基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù),，進(jìn)行可視化分析的網(wǎng)頁(yè)。不比Oncomine差,。 首先進(jìn)入這個(gè)網(wǎng)頁(yè)（http://）,，然后可以看到下面這個(gè)界面，首先選擇你想要分析的數(shù)據(jù)庫(kù)和具體的數(shù)據(jù),，像下面這樣,，當(dāng)然可以多選,。 接著勾選你要分析的數(shù)據(jù)到底都是啥，主要可以分析的是MUT（Mutation,，突變）,，CNA(Copy Number Alterations,拷貝數(shù)變化），EXP（mRNA Expression,，mRNA表達(dá)）和PORT/RPPA（Protein/ phosphoprotein level,，蛋白表達(dá)或磷酸化變化）。但要注意的是,，并不是所有數(shù)據(jù)都具備這四個(gè)選項(xiàng),，大多數(shù)只有MUT和CNA這兩組數(shù)據(jù)，有些具有EXP數(shù)據(jù)和PORT數(shù)據(jù),。接著,，要選擇你要研究的基因，有一個(gè)下拉菜單可以給你參考,，比如會(huì)有類似信號(hào)通路上的明星分子集合這類,，你可以按照需要選擇。當(dāng)然,，也可以自己輸入基因名（Symbol,，不懂啥是基因名就點(diǎn)這里）。 確認(rèn)后就可以進(jìn)入結(jié)果頁(yè)面了,，主要是顯示樣本中較為直觀的變化,，比如突變、缺失,、RNA表達(dá),、磷酸化變化等等。 接著我們可以看下一個(gè)菜單頁(yè),，Mutual Exclusivity,，這個(gè)顯示的是基因間的排他性，這又是啥玩硬呢,？就是某個(gè)基因B和特定腫瘤相關(guān)的基因A，存在兩兩基因間的相互排斥,，也就是說這個(gè)腫瘤可能只與基因A有關(guān),，而和B關(guān)系不辣么大。反之就是相互共生,，兩者都和這個(gè)腫瘤相關(guān),。 舉個(gè)例子來說吧，比如研究三個(gè)特質(zhì)道具（短裙水手服,、胡子,、白頭發(fā)）和老大爺?shù)南嗷リP(guān)系,。我們可以明顯知道的是短裙水手服和胡子在老大爺身上是有排他性的，而胡子和白頭發(fā)有共生性,。不過也有特例,，比如： 好了，接下去我們來看PLOT,，這是一個(gè)可視化的離散基因分析,，可以看到mRNA表達(dá),，缺失等數(shù)據(jù)。 接著是突變的數(shù)據(jù),，突變的數(shù)據(jù)可以具體看到總樣本中該基因發(fā)生了那些突變，以及了解突變后的蛋白三維結(jié)構(gòu),，但我沒點(diǎn)出來過3D的，都死機(jī)了,。所以,，請(qǐng)不要在意這些細(xì)節(jié)。 接下來的是共表達(dá),，這個(gè)功能和Oncomine其實(shí)差不多,。 但優(yōu)點(diǎn)是，請(qǐng)注意,，這個(gè)優(yōu)點(diǎn)很重要,，就是能不花錢就下載……下載到TXT格式的數(shù)據(jù)。 接著是蛋白變化,，蛋白變化也是可以下載的,，可以直觀的看到各個(gè)樣本內(nèi)部，蛋白表達(dá)水平和磷酸化的變化,，不過是明星分子的,，數(shù)量并不是特別多。
接著是生存曲線,，當(dāng)然,，我選的這個(gè)數(shù)據(jù)沒有記錄患者生存曲線。會(huì)顯示成這樣：
于是我找了個(gè)有生存曲線的,，試了試,，是這樣的：
最后,，是蛋白的互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，會(huì)導(dǎo)出一個(gè)蛋白可能的互作網(wǎng)絡(luò)圖出來,，看上去還挺拉風(fēng)的有么有,？
當(dāng)然，你要是自己也沒什么好的思路的話,，學(xué)這些其實(shí)也并沒有什么卵用…… …華麗麗的分割線… 李莫愁博士：有很多人被TCGA折磨著呢,，還有一部分是被我們之前教給大家的Oncomine折磨著，哈哈哈,，這個(gè)cBioPortal相對(duì)TCGA來說更加直觀,，相對(duì)Oncomine而言呢，又更加簡(jiǎn)單方便,，而且可以下載數(shù)據(jù)結(jié)果,，光這一點(diǎn)我就很喜歡了，要好好利用哦,！用這些功能基本可以讓你的數(shù)據(jù)庫(kù)分析更傻瓜,，但有一點(diǎn)我還是要強(qiáng)調(diào)的，這網(wǎng)站經(jīng)常抽風(fēng),，請(qǐng)注意是經(jīng)常抽風(fēng),，有時(shí)候刷半天刷不出結(jié)果，和網(wǎng)絡(luò)絕壁也有很大的關(guān)系,，這些結(jié)果我也刷了很久才刷出來,，所以，不要再來問我打不開咋辦了,。我只能說,，要不你試試看給個(gè)打賞，刷刷人品,？ 要看Oncomine用法就分別點(diǎn)這四個(gè)標(biāo)題,，直接點(diǎn)別猶豫： ①能不能少做點(diǎn)實(shí)驗(yàn)就搞高大上的科研呢？ ②簡(jiǎn)單策略：如何把別人的芯片變成我的Plos One ③給跪了,！如何設(shè)計(jì)科學(xué),、可行的課題！簡(jiǎn)單粗暴,！
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