昨天那篇兩分半的文章（沒看過就點這里），有好多人覺得現(xiàn)在沒法發(fā)了,，但這篇文章就是今年八月份發(fā)表的,，所以也不是什么“最近”發(fā)不了啦。但這也需要有一定的運氣的,。不管這樣的思路是不是能發(fā)出什么文章,，但如果只有這樣的數(shù)據(jù)挖掘分析，其實并不是很有價值就對了,，因為基本上都是各說各話,，各找各媽。

如果在這個基礎(chǔ)上,，有一定的實驗驗證的話,，發(fā)個一兩分的應(yīng)該還是可以的。什么驗證,？比如免疫組化,，驗證一下是不是樣本中有這樣的表達現(xiàn)象啊，或者做個qPCR驗證驗證,，這都是比較快速的驗證方法,。今天我們就把這篇文獻到底是怎么做的，一步步分析一遍,。

首先,，在這篇文獻里，大家如果認真看的話,，會發(fā)現(xiàn)我平時教大家挖便宜數(shù)據(jù)的時候,，都讓大家去下載的GEO上的GDS數(shù)據(jù),，就是那種有熱圖的。那些,，可以直接在GEO的Analysis Tool里面進行分析,。但這篇文章用的是GSE的數(shù)據(jù)，有什么區(qū)別呢,？

首先我們講GEO的數(shù)據(jù)有這么幾種：GDS,GSM,GSE和GPL,。GSM是單個樣品的表達數(shù)據(jù)，這個樣品可能是某個芯片里的一個樣本,。GPL是表達檢測所用的平臺,，換句話說就是檢測方法，用的是基因芯片還是qPCR,，還是蛋白芯片,，基因芯片用的是哪個公司的那種芯片。GDS當然是我們最熟悉的,，某個題目下的多個樣本表達的集合,，由于使用的實驗平臺是一致的，所以可以形成熱圖,。GSE比較特殊,，是一個實驗中多個芯片的組合，可能是用的一樣的平臺,，可能是不同的平臺,。

好了，我們首先搜一下這個GSE的數(shù)據(jù),。

打開后,，我們會看到這個芯片的數(shù)據(jù)，所使用的平臺,，包含的樣本情況等等,。接著，我們要下載這個“Series Matrix File(s).txt”文件,。

雖然是txt文件,，但其實很大。

用Excel打開后,，會看到這樣的數(shù)據(jù),，開頭幾行是對這個GSE的注釋，而下面是基因名和表達量,，基因名其實都是所用平臺的基因名,，所以我們需要搜索找到GPL的注釋文件。

打開剛才的GSE21815界面中的GPL的鏈接，可以看到里面有對所有這些基因的對應(yīng)基因名,、基因ID,、NM號以及探針序列之類的所有注釋。就下載下來就可以了,。

把對應(yīng)的基因名復(fù)制下來,，替換到剛才的表格中。

接著,，把GSE數(shù)據(jù)的表格中的數(shù)據(jù)部分復(fù)制下來,，貼到一個新建的txt文件里，這需要蠻多時間,，但只有這樣我們才能用Morpheus來分析,，雖然文獻里所采用的GeneSpring也還好啦，但是操作不是很方便,，所以我不喜歡用,，我們還是用Morpheus吧（不知道怎么用就點這里）。

導(dǎo)入到Morpheus后,，進行分析,，按照文獻里所說的，用T檢驗來分析,，就可以得到這樣的和文獻里差不多的芯片熱圖了,。

…華麗麗的分割線…

李莫愁博士：今天就先說到這里吧，說多了大家估計大概大家也接受不了,。和文獻里的這個對比一下，是不是差不多了,？我隨機挑了個比較了下（上面是文獻中的,，下面是我分析的）：

明天繼續(xù)來接著將得到的數(shù)據(jù)他們是怎么來進行GO、Pathway和PPI分析的吧,。今天就先策到這里吧,。