EM菌在水產(chǎn)養(yǎng)殖上主要有兩種使用方式：一是投入水中,，可利用水中的硫化氫、有機(jī)酸,、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亞硝酸銨,，能抑制病原微生物和有害物質(zhì)，調(diào)整養(yǎng)殖生態(tài)環(huán)境,，改善水質(zhì)，保持養(yǎng)殖水體的生態(tài)平衡,；二是拌餌投喂,，可增強魚類的吸收功能和防病抗逆能力，促進(jìn)健康生長,。其主要應(yīng)用有如下三種：

一,、應(yīng)用于池塘養(yǎng)魚
1、水質(zhì)改良：在放養(yǎng)前3d,，用EM菌100倍稀釋液潑灑水面,。放養(yǎng)后，視水質(zhì)情況,，每10-15d使用1次,，用量為2-3ml/m3。
2,、拌飼投喂：由于魚飼料為顆粒狀,，可用200倍的EM菌原液稀釋液噴灑餌料，噴濕為度,，現(xiàn)配現(xiàn)喂,，以免散開。
3,、有機(jī)肥和糞便的處理：要投入水體的有機(jī)肥（青草液肥）和糞便應(yīng)先用EM菌原液處理,，發(fā)酵后方可投入水面。
4,、預(yù)防浮頭：如出現(xiàn)魚浮頭和泛塘現(xiàn)象,，可用EM菌原液稀釋液均勻潑灑水面，3-5h可好轉(zhuǎn),，魚恢復(fù)正常,。此后可隔1-2d再潑1次,。

二、應(yīng)用于網(wǎng)箱養(yǎng)魚
用海綿等蜂窩狀的物體在EM菌原液的混合液（用1%的紅糖水溶液稀釋10倍左右）中浸泡24h,，再懸掛在網(wǎng)箱中間,，通過魚的游動使EM菌原液不斷地擴(kuò)散，EM菌原液懸掛物7d左右更換1次,，可使網(wǎng)箱的水體環(huán)境完全改觀,。

三、應(yīng)用于特種水產(chǎn)養(yǎng)殖
1,、環(huán)境處理：在池塘放水前1周,，用100倍的EM菌稀釋液代替石灰等均勻噴灑塘底，凈化環(huán)境,。放養(yǎng)前3d,，用EM菌原液稀釋液潑灑水面，用量為5 ml/m3,。以后每10-15d使用一次,。水質(zhì)較差時可適當(dāng)加大用量或縮短間隔使用時間。
2,、調(diào)節(jié)水質(zhì)的方法（鰻池）：高密度換水的水池,，不宜直接均勻潑入，而應(yīng)潑在增氧機(jī)邊或進(jìn)水口,，使EM菌原液微生物不斷流動擴(kuò)散,。
3、魚飼料的加工：把EM菌原液加清水兌成100倍稀釋液后,，與粉狀的飼料一起攪拌均勻,，成團(tuán)狀飼喂。
4,、食臺處理：每次投飼前要檢查食臺,，用200-500倍的EM菌原液稀釋液凈化食臺、清掃食臺殘飼,。
5,、水產(chǎn)品保鮮：每隔1-2d噴灑一次500倍的EM菌原液稀釋液，可有效延長水產(chǎn)品活鮮期,。

四,、注意事項
1、EM菌種發(fā)酵液不要與化學(xué)藥劑同時混用,。若混用造成池水變臭,，要立即換水，再按技術(shù)要求用EM菌種發(fā)酵液拌料投喂和稀釋液噴灑,。
2,、EM菌種發(fā)酵液飼料須保持新鮮,，喂養(yǎng)時即配即喂，混合1次喂1天,，全部喂完,，如有剩余應(yīng)密封保存，防止變質(zhì),。