人類(lèi)體細(xì)胞核中含有23對(duì)染色體（22對(duì)常染色體和1對(duì)性染色體）,。對(duì)于女性來(lái)說(shuō)，細(xì)胞中的每一對(duì)染色體都是一個(gè)來(lái)自母方,，一個(gè)來(lái)自父方,，有同樣的大小，形狀,，基因座,，在細(xì)胞分裂過(guò)程中可以重組互換，因此女性細(xì)胞內(nèi)的23對(duì)染色體均為同源染色體,。男性細(xì)胞中的22對(duì)常染色體毫無(wú)疑問(wèn)也是同源染色體,。但男性的性染色體則是由一個(gè)X染色體和一個(gè)Y染色體組成，這兩者的形態(tài),、大小、結(jié)構(gòu)相差很大,。

有的學(xué)者認(rèn)為：X染色體和Y染色體雖然也是一個(gè)來(lái)自父方,一個(gè)來(lái)自母方,，都與控制人的性別有關(guān),，但兩者的形態(tài)、大小,、結(jié)構(gòu)相差很大,，人類(lèi)的Y染色體比X染色體小得多，所以不是同源染色體,。而瑞典烏普薩拉大學(xué)進(jìn)化生物學(xué)教授Hans Ellegren撰文指出：目前已經(jīng)達(dá)成共識(shí)的是,，性染色體是由一對(duì)控制性別的常染色體進(jìn)化而來(lái)的。進(jìn)化過(guò)程中,，通過(guò)未知手段,，Y染色體上許多基因要么被關(guān)閉,，變成了失去功能的假基因；要么丟失了,，失去了與X染色體在重組過(guò)程中的片段交換能力,，逐漸退化和小型化，成為人類(lèi)最小的染色體,，兩個(gè)染色體在進(jìn)化過(guò)程中出現(xiàn)差異,，差異的結(jié)果被保留下來(lái)。

2003年6月美國(guó)科學(xué)家完成了對(duì)人類(lèi)Y染色體的DNA序列分析,，其長(zhǎng)度大約為60Mb,，僅有大約78個(gè)功能基因。2005年3月,，200多名科學(xué)家聯(lián)名發(fā)表了對(duì)X染色體DNA序列測(cè)定的結(jié)果,，確認(rèn)其全長(zhǎng)約為155Mb，有1098個(gè)編碼蛋白質(zhì)的基因,。在X染色體上的1098個(gè)基因中,，僅有54個(gè)基因是與Y染色體共同具有的，這些相同基因的大部分（29個(gè)）位于X,、Y染色體的末端——擬常染色體區(qū),。擬常染色體區(qū)是X、Y染色體兩頭兩段很短的區(qū)域,，在染色體復(fù)制時(shí),，僅這擬常染色體區(qū)會(huì)發(fā)生聯(lián)會(huì)。由此可見(jiàn),，人類(lèi)的X與Y染色體除了其末端極少部分的擬常染色體區(qū)外,，大部分由其特異區(qū)段組成。

綜上所述,，稱(chēng)X染色體和Y染色體為部分同源的染色體比較貼切,。