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如果基因突變的位點(diǎn)位于啟動(dòng)子上,,那將會(huì)發(fā)生什么,? |

 pgl147258 2014-12-15

【帥世民的回答(94票)】:

最近的課題涉及到了這個(gè)就來(lái)談一談吧。先給一個(gè)短答案,,啟動(dòng)子突變可能提高,、降低或不影響特定基因的表達(dá)量。后面會(huì)舉一些例子,。

首先,,對(duì)于樓主的題目我覺(jué)得應(yīng)該改成“突變的位點(diǎn)”而不是“基因突變的位點(diǎn)”,原因是啟動(dòng)子我們是把它當(dāng)成非編碼區(qū)(non-coding regions)的,。

第二,,我想談?wù)劵蚪M上什么樣的區(qū)域我們會(huì)把它定義為啟動(dòng)子。對(duì)于原核生物,,我們叫-10區(qū)和-35區(qū),,也就是轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS)上游10和35個(gè)核酸長(zhǎng)度處。而對(duì)于真核生物,,情況就復(fù)雜的多,。只有少數(shù)真核生物的啟動(dòng)子是實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過(guò)的,大部分都是預(yù)測(cè)的,,具體信息可以在真核生物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)(EPD The Eukaryotic Promoter Database)里查看,。

現(xiàn)在,就來(lái)談?wù)勅绻蛔儼l(fā)生在啟動(dòng)子里會(huì)怎么樣,。應(yīng)該說(shuō)以下幾種情況都可能發(fā)生,,對(duì)于每種情況我都盡量舉一個(gè)例子(以真核為例):

  1. 啟動(dòng)子突變提高基因的表達(dá)量。例子就是 @Tang Boyun 提到的TERT promoter突變與人類癌癥的關(guān)系,。TERT啟動(dòng)子的突變?cè)诙喾N癌癥中都廣泛存在,,超過(guò)一半的膀胱癌患者都攜帶這種突變,。在對(duì)黑色素瘤的研究過(guò)程中發(fā)現(xiàn)TERT啟動(dòng)子的突變可以使TERT基因的轉(zhuǎn)錄水平提高2-4倍,。
  2. 啟動(dòng)子突變降低基因的表達(dá)量。例子就是在一項(xiàng)對(duì)HD(亨廷頓氏病 Huntington's Disease)基因的啟動(dòng)子研究中(這個(gè)基因就叫某某病基因==),當(dāng)把HD基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游?126到?141這一段DNA刪除后,,HD基因的表達(dá)量顯著下降,。
  3. 啟動(dòng)子突變不影響基因的表達(dá)量。這其實(shí)應(yīng)該是最常見(jiàn)的情況,。在我自己的研究中,,我發(fā)現(xiàn)啟動(dòng)子里的突變是很多的,而且不同個(gè)體間的差異是很大的,,從沒(méi)有突變到3000+突變都有(下圖,,未發(fā)表)。但是大部分個(gè)體間的基因表達(dá)譜差異卻不是很大,,所以應(yīng)該說(shuō)大部分啟動(dòng)子內(nèi)部的突變對(duì)基因表達(dá)的影響是微乎其微的,。

如果基因突變的位點(diǎn)位于啟動(dòng)子上,那將會(huì)發(fā)生什么,?

參考文獻(xiàn):參考文獻(xiàn):

  1. Vinagre, Jo?o, et al. "Frequency of TERT promoter mutations in human cancers." Nature communications 4 (2013).

  2. Coles, Rhian, Richard Caswell, and David C. Rubinsztein. "Functional analysis of the Huntington's disease (HD) gene promoter." Human molecular genetics7.5 (1998): 791-800.

  3. Huang, Franklin W., et al. "Highly recurrent TERT promoter mutations in human melanoma." Science 339.6122 (2013): 957-959.

【李歡的回答(14票)】:

看來(lái)很多人對(duì)這個(gè)問(wèn)題挺感興趣的,,詳細(xì)回答下吧。

如果啟動(dòng)子上的位點(diǎn)發(fā)生突變,,可能會(huì)影響下游基因是否表達(dá),,或者調(diào)控基因的表達(dá)量,這個(gè)得實(shí)驗(yàn)去驗(yàn)證,。

而且這個(gè)方法已經(jīng)用在生物學(xué)的研究當(dāng)中,,如何研究的呢?

在研究某個(gè)基因的功能和作用的時(shí)候,,通常會(huì)用基因敲出的方法,,敲掉基因組上的目的基因,或者使用iRNA干擾技術(shù)沉默基因,,以此來(lái)觀察細(xì)胞表型的變化,,從而推斷該基因可能參與的代謝途徑和功能。

在人類基因的研究中,,iRNA干擾技術(shù)應(yīng)用很成熟,。但在古菌的研究中,還無(wú)法使用iRNA干擾技術(shù),,因此選擇基因敲除的方法,,但是生物體內(nèi)有些必須基因是不可敲的,敲除會(huì)致死,,那么用什么方法來(lái)研究這類基因的功能呢,?

就是對(duì)啟動(dòng)子進(jìn)行改造,通過(guò)改造啟動(dòng)子來(lái)調(diào)控下游基因的表達(dá)水平,,借此分析基因的功能,。下圖研究的是在古菌中,,通過(guò)改變啟動(dòng)子元件,來(lái)改變基因的表達(dá)水平,。從圖中可以看出,,和野生型相比,突變的啟動(dòng)子的活性有的降低到?jīng)]有,,有的會(huì)超過(guò)野生型,,這就是啟動(dòng)子位點(diǎn)突變后的結(jié)果 。

如果基因突變的位點(diǎn)位于啟動(dòng)子上,,那將會(huì)發(fā)生什么,?

參考文獻(xiàn):Nan Peng,.An upstream activation element exerting differential transcriptional activation on an archaeal promoter參考文獻(xiàn):Nan Peng,.An upstream activation element exerting differential transcriptional activation on an archaeal promoter

【catlazy的回答(2票)】:

依發(fā)生的突變的不同,可以發(fā)生各種情況,,或者什么都不發(fā)生,。。,。題主應(yīng)該不是干這行的吧,。就是說(shuō),依突變發(fā)生的不同,,可以對(duì)下游基因的表達(dá)產(chǎn)生各種影響,,或者根本不產(chǎn)生影響。單純說(shuō)一個(gè)在啟動(dòng)子上發(fā)生突變,,沒(méi)有什么意義的,,一切皆有可能

【TangBoyun的回答(2票)】:

談點(diǎn)具體的問(wèn)題。突變可以問(wèn)題很嚴(yán)重,,也可以毫無(wú)表型,。應(yīng)該具體到,哪一條promoter的哪個(gè)位點(diǎn),。

這不,,這月nature就有篇相關(guān)的發(fā)現(xiàn):翻譯過(guò)來(lái)就是,根據(jù)對(duì)505例,,14類腫瘤病人的基因組非編碼區(qū)的突變篩查,,發(fā)現(xiàn)TERT啟動(dòng)子區(qū)的突變對(duì)于拷貝數(shù)穩(wěn)定的癌癥類型,有顯著相關(guān)性,,但具體機(jī)理尚未進(jìn)行詳細(xì)的論證,。除此以外未能找到其他常見(jiàn)的癌基因promoter區(qū)域突變與癌癥的相關(guān)性。

Systematic analysis of noncoding somatic mutations and gene alterations across 14 tumor types

Somatic mutations in noncoding sequences are poorly explored in cancer, a rare exception being the recent identification of activating mutations in TERT regulatory DNA. Although this finding is suggestive of a general mechanism for oncogene activation, this hypothesis remains untested. Here we map somatic mutations in 505 tumor genomes across 14 cancer types and systematically screen for associations between mutations in regulatory regions and RNA-level changes. We identify recurrent promoter mutations in several genes but find that TERT mutations are exceptional in showing a strong and genome-wide significant association with increased . Detailed analysis of TERT across cancers shows that the strength of this association is highly variable and is strongest in copy number–stable cancers such as thyroid carcinoma. We additionally propose that TERT promoter mutations control of the nearby gene CLPTM1L. Our analysis provides a detailed pan-cancer view of TERT transcriptional activation but finds no clear evidence for frequent oncogenic promoter mutations beyond TERT.

http://www.nature.com/ng/journal/v46/n12/full/ng.3141.html

【知乎用戶的回答(1票)】:

增強(qiáng),,抑制,,或不影響基因表達(dá)量;不同基因,,不同啟動(dòng)子的不同位置都無(wú)法對(duì)基因表達(dá)下定論,。

【W(wǎng)enLiu的回答(0票)】:

該條基因無(wú)法被轉(zhuǎn)錄了,?

原文地址:知乎

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